R语言AFM包说明文档（版本 2.0）

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addNode 添加节点
AFM 原子力显微镜图像工具
AFMImage AFM图像类
AFMImage-class AFM图像类
AFMImage3DModelAnalysis AFM图像功率谱密度分析类
AFMImage3DModelAnalysis-class AFM图像功率谱密度分析类
AFMImageAnalyser AFM图像分析仪类
AFMImageAnalyser-class AFM图像分析仪类
AFMImageCollagenNetwork AFM图像样本
AFMImageFractalDimensionMethod AFM图像分形维数方法类
AFMImageFractalDimensionMethod-class AFM图像分形维数方法类
AFMImageFractalDimensionsAnalysis AFM图像分形维数分析类
AFMImageFractalDimensionsAnalysis-class AFM图像分形维数分析类
AFMImageGaussianMixAnalysis AFM图像高斯混合分析类
AFMImageGaussianMixAnalysis-class AFM图像高斯混合分析类
AFMImageNetworksAnalysis AFM图像网络分析类
AFMImageNetworksAnalysis-class AFM图像网络分析类
AFMImageOfAluminiumInterface AFM图像样本
AFMImageOfNormallyDistributedHeights AFM图像样本
AFMImageOfOnePeak AFM图像样本
AFMImageOfRegularPeaks AFM图像样本
AFMImagePSDAnalysis AFM图像功率谱密度分析类
AFMImagePSDAnalysis-class AFM图像功率谱密度分析类
AFMImagePSDSlopesAnalysis AFM图像psd斜率分析
AFMImagePSDSlopesAnalysis-class AFM图像psd斜率分析
AFMImageVariogramAnalysis AFM图像变异函数分析类
AFMImageVariogramAnalysis-class AFM图像变异函数分析类
AFMImageVariogramModel AFM图像变异函数模型类
AFMImageVariogramModel-class AFM图像变异函数模型类
analyse 分析AFM图像
AreNodesConnected 检查圆表示的节点是否连接。该函数定义圆之间所有可能的线段，并检查是否至少存在一个线段。
calculate3DModel 计算三维打印的三维模型
calculate3DModel-method 计算三维打印的三维模型
calculateDirectionalVariograms 计算实验方向半变异函数
calculateGaussianMixture 从AFM图像中计算两分量的高斯混合。
calculateHolesCharacteristics 获取网络参数
calculateIgraph 从AFMImage计算iGraph
calculateNetworkParameters 获取网络参数
calculateNetworks 计算曲面上的网络
calculateNetworks-method 计算曲面上的网络
calculateNetworkSkeleton 克尔顿
calculateOmnidirectionalVariogram 计算实验全方位半变异函数
calculatePhysicalDistanceFromPath 计算节点之间的物理距离
calculateShortestPaths 计算相邻节点之间的最短路径
canBeRemoved 无法移动
checkIsotropy 检查样品的各向同性
checkNormality 目视检查样品是否正常
createGraph 从节点和边创建igraph加权图
densityCurvesAllHeights AFM图像高斯混合分析类
densityCurvesAllHeights-method AFM图像高斯混合分析类
directionalVariograms AFM图像变异函数分析类
directionalVariograms-method AFM图像变异函数分析类
displayColoredNetworkWithVerticesSize 显示带Verticessize的彩色网络
displaygridIgraphPlot 显示节点和边的网络
displaygridIgraphPlotFromEdges 显示节点和边的网络
displayHolesIn3D 显示AFMImage中孔的3D图像并将其存储在磁盘上。
displayIn3D 显示AFMImage的3D图像并将其存储在磁盘上。
dnormalmix D正态混合密度
eachComponentsCounts AFM图像高斯混合分析类
eachComponentsCounts-method AFM图像高斯混合分析类
epsilonGaussianMix AFM图像高斯混合分析类
epsilonGaussianMix-method AFM图像高斯混合分析类
evaluateVariogramModels 评价变异函数模型方法评价基本变异函数模型
evaluateVariogramModels-method 评价变异函数模型方法评价基本变异函数模型
existsEdge 边缘存在吗？
existsSegment existsSegment检查AFMImage中是否存在段；检查段坐标处的所有高度是否都不同于零。
exportToSTL 将AFM图像导出为STL格式文件。
extractAFMImage 提取AFM图像的一部分。
filterAFMImage 用最小值和最大值过滤AFMImage的高度
fractalDimensionMethods AFM图像分形维数分析类
fractalDimensionMethods-method AFM图像分形维数分析类
fusionCloseNodes 融合相交的节点
gaussianMix AFM图像高斯混合分析类
gaussianMix-method AFM图像高斯混合分析类
generateAFMImageReport 从afmimageanalyzer对象生成分析报告
generateCheckReport 为一个AFMImage生成检查报告
generatePolygonEnvelope 生成多边形信封
generateReport 为一个AFMImage生成分析报告
generateReportFromNanoscopeImageDirectory 为目录中的所有AFM图像生成pdf报告
get3DImageFullfilename 获取三维图像完整文件名
getAllPointsToRemove getAllPointsToRemove公司
getAngle 计算两个向量之间的角度
getAutoIntersectionForOmnidirectionalVariogram 计算变差函数中的斜率和交点'getAutoIntersectionForOmnidirectionalVariogram'返回全向变差函数中的斜率
getAutoIntersectionForRoughnessAgainstLengthscale 求切线与高原的交点
getAutomaticWidthForVariogramCalculation 计算用于实验变异函数计算的宽度
getBresenham2DSegment 利用Bresenham线算法得到一段点
getCircleSpatialPoints 得到圆上的空间点，包括圆心
getCoordinatesFromVertexId 从顶点id获取x，y坐标
getDTModelEvaluation getDTModelEvaluation方法
getDTModelEvaluation-method getDTModelEvaluation方法
getDTModelSillRange getDTModelSillRange方法
getDTModelSillRange-method getDTModelSillRange方法
getFractalDimensions 计算原子力显微镜图像的二维分形维数和尺度
getHolesStatistics 计算二值图像中孔洞的统计信息
getIntersectionForRoughnessAgainstLengthscale 求切线与高原的交点
getIntersectionPointWithBorder getIntersectionPointWithBorder待描述
getListOfDiameters getListOfDiameters公司
getLogLogOmnidirectionalSlopeGraph Get the graph of the Log omnidirection variogram'GetLogomnidirectionalSlopegraph'返回Get the graph of the Log omnidirectional variogram
getMaxCircleMatrix getMaxCircleMatrix公司
getNetworkGridLayout #'@export getCoordinatesFromVertexId2<-函数（AFMImage，vId）vertexId<-作为数字（vId）y<-floor（vertexId/HASHSIZE）x<-vertexId-y*HASHSIZE返回(数据表（vId=vId，coords.x1=x，coords.x2=y））获取getNetworkGridLayout
getNetworkParameters 获取网络参数
getNetworkParameters-method 获取网络参数
getNyquistSpatialFrequency 得到奈奎斯特空间频率
getNyquistSpatialFrequency-method 得到奈奎斯特空间频率
getPaddedAFMImage 得到一个零填充AFM图像
getRoughnessParameters 获取粗糙度参数
getRoughnessParameters-method 获取粗糙度参数
getSpplotFromAFMImage 获得一个AFMImage作为格子（格子）图
getSurroundingVertexesList 从x，y坐标获取周围顶点
getTopologyAFMImage 计算拓扑图（TBC）
getTriangle 从中心开始画一个三角形，长度为r的两段，角度为deg1和deg2
getVertexId 从x，y坐标获取顶点id
gridIgraphPlot 网格图
identifyEdgesFromCircles 显示节点和边的网络
identifyIsolatedNodes 通过比较边列表和节点列表来识别孤立节点
identifyMaxCircleRadius 确定最大循环
identifyNodesAndEdges 识别节点和边缘
identifyNodesWithCircles 二值图像中最大圆的识别
importFromNanoscope 从nanoscope analysis（tm）工具导入数据
initialize-method AFM图像类
initialize-method afmimageanalyzer类的构造函数方法。
initialize-method AFM图像分形维数方法类
initialize-method AFM图像分形维数分析类
initialize-method AFM图像高斯混合分析类
initialize-method AFM图像网络分析类
initialize-method AFM图像功率谱密度分析类
initialize-method AFM图像psd斜率分析
initialize-method AFM图像变异函数分析类
initialize-method AFM图像变异函数模型类
initialize-method AFM成像测井实验变异函数斜率分析
intersections AFM图像功率谱密度分析类
intersections-method AFM图像功率谱密度分析类
invertBinaryAFMImage 反转二进制AFMImage
isAdjacentToBetterVertex IsAdjacentTobettertex公司
isAngleBetweenEdgesAlwaysSuperiorToMinAngle 检查一条边与一列边之间的所有角度是否优于指定值。
isBinary AFM图像高度为0或1
loglike.normalmix 混合法向量密度的对数和
makeBinaryAFMImage 制作一个二进制AFMImage，将所有高度设置为0到1。
maxGaussianMix AFM图像高斯混合分析类
maxGaussianMix-method AFM图像高斯混合分析类
minGaussianMix AFM图像高斯混合分析类
minGaussianMix-method AFM图像高斯混合分析类
multiplyHeightsAFMImage 把一张照片的高度相乘
omnidirectionalVariogram AFM图像变异函数分析类
omnidirectionalVariogram-method AFM图像变异函数分析类
omniVariogramSlopeAnalysis AFM成像测井实验变异函数斜率分析
omniVariogramSlopeAnalysis-class AFM成像测井实验变异函数斜率分析
performAllPSDCalculation 执行PSD开发的所有计算
performGaussianMixCalculation 对高斯混合进行计算
pnormmix 混合正态的pnormmix分布
printVariogramModelEvaluations 打印变异函数模型评估
psd1d AFM图像功率谱密度分析类
psd1d-method AFM图像功率谱密度分析类
PSD1DAgainstFrequency 计算1D功率谱密度；根据空间频率返回PSD 1D和PSD 2D值的数据表。如Sidick2009中所述，此函数通过使用日志空间中的中断来求PSD 2D和频率值之和，根据“PSD2DAgainstFrequency”中的1D空间频率计算PSD。
PSD1DAgainstFrequency-method 计算1D功率谱密度；根据空间频率返回PSD 1D和PSD 2D值的数据表。如Sidick2009中所述，此函数通过使用日志空间中的中断来求PSD 2D和频率值之和，根据“PSD2DAgainstFrequency”中的1D空间频率计算PSD。
psd1d_breaks AFM图像功率谱密度分析类
psd1d_breaks-method AFM图像功率谱密度分析类
psd2d AFM图像功率谱密度分析类
psd2d-method AFM图像功率谱密度分析类
PSD2DAgainstFrequency 计算二维功率谱密度
PSD2DAgainstFrequency-method 计算二维功率谱密度
psd2d_maxHighLengthScale AFM图像功率谱密度分析类
psd2d_maxHighLengthScale-method AFM图像功率谱密度分析类
psd2d_truncHighLengthScale AFM图像功率谱密度分析类
psd2d_truncHighLengthScale-method AFM图像功率谱密度分析类
putAnalysisOnDisk 将AFM图像分析中的所有数据导出为rdata文件
putAnalysisOnDisk-method 将AFM图像分析中的所有数据导出为rdata文件
putImagesFromAnalysisOnDisk 把所有分析的图像放到磁盘上
removeLonguestEdge 删除语言边缘
removeNode 脱模
roughnessAgainstLengthscale AFM图像功率谱密度分析类
roughnessAgainstLengthscale-method AFM图像功率谱密度分析类
RoughnessByLengthScale 根据长度标度计算样品的粗糙度
RoughnessByLengthScale-method 根据长度标度计算样品的粗糙度
runAFMApp 启动AFM应用程序
sampleAFMImage 获取AFM图像的样本。
saveOnDisk 在磁盘上保存AFM图像。
saveOnDiskIntersectionForRoughnessAgainstLengthscale 根据长度比例计算保存粗糙度图像
saveSpplotFromAFMImage 将AFMImage保存在磁盘上作为晶格（网格）图
shiftedPSDuv 计算移位PSD矩阵
shiftFFT2D 移动FFT 2D的象限
simplifyAFMImage 简化AFM图像。
simplifyNetwork 简化网络
summaryMixture AFM图像高斯混合分析类
summaryMixture-method AFM图像高斯混合分析类
tcdfsEcdfsCheck AFM图像高斯混合分析类
tcdfsEcdfsCheck-method AFM图像高斯混合分析类
thinImage 以矩阵格式精简图像
totalRMSRoughness 计算总均方根粗糙度（Rrms total）
transformAFMImageForNetworkAnalysis 乘法，过滤高度，并从变换后的AFMImage生成二进制AFMImage
transformAFMImageForNetworkAnalysis-method 乘法，过滤高度，并从变换后的AFMImage生成二进制AFMImage
updateProgress 更新进程
updateProgress-method 更新进程
variogramModels AFM图像变异函数分析类
variogramModels-method AFM图像变异函数分析类
variogramSlopeAnalysis AFM图像变异函数分析类
variogramSlopeAnalysis-method AFM图像变异函数分析类