R语言BEDASSLE包说明文档（版本 1.5）

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BEDASSLE-package 地理和生态隔离对遗传分化的贡献
a0_gibbs_rate 内部BEDASSLE函数
BB_Likelihood_counts 内部BEDASSLE函数
BB_Prior_prob_phi 内部BEDASSLE函数
BB_Update_mu 内部BEDASSLE函数
BB_Update_phi 内部BEDASSLE函数
BB_Update_thetas 内部BEDASSLE函数
BEDASSLE 地理和生态隔离对遗传分化的贡献
calculate.all.pairwise.Fst 计算所有采样总体之间的无偏成对Fst
calculate.pairwise.Fst 计算一对总体之间的无偏成对Fst
Covariance 参数协方差矩阵
HGDP.bedassle.data 用于BEDASSLE分析的HGDP数据集的欧亚子集
identify_invariant_loci 内部BEDASSLE函数
Initialize.params 内部BEDASSLE函数
Likelihood_counts 内部BEDASSLE函数
Likelihood_thetas 内部BEDASSLE函数
link.up.posteriors 链接多个MCMC输出对象
load_MCMC_output 内部BEDASSLE函数
load_posterior_predictive_samples 内部BEDASSLE函数
make.continuing.params 生成一个R对象，其中包含MCMC运行的最后一个参数值（用于后续运行）
MCMC 使用标准（二项式）模型运行马尔可夫链蒙特卡罗
mcmc.operators 控制MCMC操作的操作员参数
MCMC_BB 运行马尔可夫链蒙特卡罗与过度分散（贝塔二项式）模型
plot_acceptance_rate 绘制跨MCMC代的参数接受率
plot_all_acceptance_rates 绘制MCMC各代中所有参数的接受率
plot_all_joint_marginals 绘制所有参数对的关节边缘
plot_all_marginals 绘制所有参数的边缘密度
plot_all_phi_marginals 绘制所有总体的phi参数的所有边缘
plot_all_phi_trace 绘制所有总体的phi参数的所有轨迹图
plot_all_trace 绘制所有参数的所有轨迹图
plot_joint_marginal 绘制一对参数的关节边缘
plot_marginal 绘制参数的边际密度
plot_phi_marginal 绘制单个总体中估计的功率因数参数的边际值
plot_phi_trace 绘制单个总体中估计的功率因数参数的迹线图
plot_posterior_predictive_samples 后验预测抽样
plot_trace 绘制参数的轨迹图
posterior.predictive.sample 生成后验预测样本
Prior_prob_alpha0 内部BEDASSLE函数
Prior_prob_alpha2 内部BEDASSLE函数
Prior_prob_alphaD 内部BEDASSLE函数
Prior_prob_alphaE 内部BEDASSLE函数
Prior_prob_beta 内部BEDASSLE函数
Prior_prob_mu 内部BEDASSLE函数
Shift 内部BEDASSLE函数
simulate_allele_count_data 内部BEDASSLE函数
transform_frequencies 内部BEDASSLE函数
Update_a0 内部BEDASSLE函数
Update_a2 内部BEDASSLE函数
Update_aD 内部BEDASSLE函数
Update_aE 内部BEDASSLE函数
Update_beta 内部BEDASSLE函数
Update_mu 内部BEDASSLE函数
Update_thetas 内部BEDASSLE函数