addDefaultMed | 将生物体的默认培养基添加到竞技场。 | ||
addDefaultMed-method | 将生物体的默认培养基添加到竞技场。 | ||
addEssentialMed | 把一种有机体的最小培养基加到培养基中。 | ||
addEssentialMed-method | 把一种有机体的最小培养基加到培养基中。 | ||
addEval | 用于添加模拟步骤的函数 | ||
addEval-method | 用于添加模拟步骤的函数 | ||
addOrg | 将个人添加到环境中 | ||
addOrg-method | 将个人添加到环境中 | ||
addSubs | 向环境中添加物质 | ||
addSubs-method | 向环境中添加物质 | ||
Arena | S4类“竞技场类”的构造函数 | ||
Arena-class | S4级“竞技场”的结构 | ||
Arena-constructor | S4类“竞技场类”的构造函数 | ||
Bac | S4类“Bac类”的构造函数 | ||
Bac-class | S4类“Bac”的结构 | ||
Bac-Constructor | S4类“Bac类”的构造函数 | ||
BacArena | BacArena:一个基于Agent的蜂窝社区建模框架 | ||
cellgrowth | 实现人体细胞生长模型的函数 | ||
cellgrowth-method | 实现人体细胞生长模型的函数 | ||
changeDiff | 改变环境中的物质浓度模式 | ||
changeDiff-method | 改变环境中的物质浓度模式 | ||
changeFobj | 用于更改模型目标函数的函数 | ||
changeFobj-method | 用于更改模型目标函数的函数 | ||
changeOrg | 改变环境中的生物 | ||
changeOrg-method | 改变环境中的生物 | ||
changeSub | 改变环境中的物质 | ||
changeSub-method | 改变环境中的物质 | ||
checkCorr | 显示模拟生物或基质的相互关系的功能 | ||
checkCorr-method | 显示模拟生物或基质的相互关系的功能 | ||
checkPhen | 在环境中检查表型的功能 | ||
checkPhen-method | 在环境中检查表型的功能 | ||
checkPhen_par | 在环境中检查表型的功能 | ||
checkPhen_par-method | 在环境中检查表型的功能 | ||
chemotaxis | 细菌对其偏爱底物的趋化作用 | ||
chemotaxis-method | 细菌对其偏爱底物的趋化作用 | ||
colpal1 | 调色板 | ||
colpal2 | 调色板 | ||
colpal3 | 调色板 | ||
colpal4 | 调色板 | ||
colpal5 | 调色板 | ||
colpal6 | 调色板 | ||
constrain | 基于代谢物浓度约束模型的函数 | ||
constrain-method | 基于代谢物浓度约束模型的函数 | ||
consume | 说明物质的消费和生产的功能 | ||
consume-method | 说明物质的消费和生产的功能 | ||
createGradient | 根据梯度改变环境中的物质浓度模式 | ||
createGradient-method | 根据梯度改变环境中的物质浓度模式 | ||
dat2mat | 用于将生物体数据帧转换为生物体存在/不存在矩阵的函数 | ||
dat2mat-method | 用于将生物体数据帧转换为生物体存在/不存在矩阵的函数 | ||
diffuse | 扩散函数 | ||
diffuse-method | 扩散函数 | ||
diffusePDE | 物质基质扩散函数 | ||
diffusePDE-method | 物质基质扩散函数 | ||
diffuseR | 物质矩阵的自然扩散(邻域)函数 | ||
diffuseR-method | 物质矩阵的自然扩散(邻域)函数 | ||
diffuse_par | 平行扩散函数 | ||
diffuse_par-method | 平行扩散函数 | ||
emptyHood | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
emptyHood-method | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
Eval | S4类“Eval class”的构造函数 | ||
Eval-class | S4类“Eval”的结构 | ||
Eval-constructor | S4类“Eval class”的构造函数 | ||
evalArena | 绘制种群和/或浓度时空变化的功能 | ||
evalArena-method | 绘制种群和/或浓度时空变化的功能 | ||
extractMed | 从模拟中重建介质浓度的函数 | ||
extractMed-method | 从模拟中重建介质浓度的函数 | ||
findFeeding | 表型间摄食的功能研究 | ||
findFeeding-method | 表型间摄食的功能研究 | ||
findFeeding2 | 表型间摄食的功能研究 | ||
findFeeding2-method | 表型间摄食的功能研究 | ||
findFeeding3 | 表型间摄食的功能研究 | ||
findFeeding3-method | 表型间摄食的功能研究 | ||
findFeeding3rep | 用于研究复制模拟的交叉进给模式的函数 | ||
findInArena | 用于搜索竞技场和媒体中的关键字的函数 | ||
findInArena-method | 用于搜索竞技场和媒体中的关键字的函数 | ||
findrBiomass | 在模型中寻找生物量反应 | ||
findRxnFlux | 函数获取与给定交换反应的代谢物相关的所有反应通量 | ||
findRxnFlux-method | 函数获取与给定交换反应的代谢物相关的所有反应通量 | ||
flushSubs | 清除环境中的所有物质 | ||
flushSubs-method | 清除环境中的所有物质 | ||
fluxVarSim | 函数计算模拟对象上的流量变化分析,以获得物质使用的最小/最大值 | ||
fluxVarSim-method | 函数计算模拟对象上的流量变化分析,以获得物质使用的最小/最大值 | ||
getArena | 用于从模拟步骤重新构建竞技场对象的函数 | ||
getArena-method | 用于从模拟步骤重新构建竞技场对象的函数 | ||
getCorrM | 函数计算并返回相关矩阵 | ||
getCorrM-method | 函数计算并返回相关矩阵 | ||
getPhenoMat | 用于从数据集获取表型矩阵的函数 | ||
getPhenoMat-method | 用于从数据集获取表型矩阵的函数 | ||
getPhenotype | 提取有机体对象的表型的函数 | ||
getPhenotype-method | 提取有机体对象的表型的函数 | ||
getSubHist | 函数获取物质的时间线 | ||
getSubHist-method | 函数获取物质的时间线 | ||
getSublb | 用于计算每个生物体的底物浓度的函数 | ||
getSublb-method | 用于计算每个生物体的底物浓度的函数 | ||
getVarSubs | 功能得到不同的物质 | ||
getVarSubs-method | 功能得到不同的物质 | ||
growExp | 使有机体呈指数增长的功能 | ||
growExp-method | 使有机体呈指数增长的功能 | ||
growLin | 使有机体线性生长的功能 | ||
growLin-method | 使有机体线性生长的功能 | ||
growth | 实现细菌生长模型的函数 | ||
growth-method | 实现细菌生长模型的函数 | ||
growth_par | 实现细菌生长模型的函数 | ||
growth_par-method | 实现细菌生长模型的函数 | ||
Human | S4类“人类类”的构造函数 | ||
Human-class | S4类“人”的结构 | ||
Human-constructor | S4类“人类类”的构造函数 | ||
lsd | 计算机标准差下限 | ||
lysis | 在培养基中加入must对机体细胞的溶解作用 | ||
lysis-method | 在培养基中加入must对机体细胞的溶解作用 | ||
minePheno | 挖掘/分析竞技场上发生的表型的功能 | ||
minePheno-method | 挖掘/分析竞技场上发生的表型的功能 | ||
move | 有机体随机运动的函数 | ||
move-method | 有机体随机运动的函数 | ||
NemptyHood | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
NemptyHood-method | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
openArena | 开始模拟 | ||
optimizeLP | 根据模型结构计算线性规划的函数 | ||
optimizeLP-method | 根据模型结构计算线性规划的函数 | ||
Organism | S4类“有机体类”的构造函数 | ||
Organism-class | S4类“有机体”的结构 | ||
Organism-constructor | S4类“有机体类”的构造函数 | ||
plotAbundance | 物种丰富度 | ||
plotCurves | 用于将整体变化绘制为曲线的函数 | ||
plotCurves-method | 用于将整体变化绘制为曲线的函数 | ||
plotCurves2 | 用于将整体变化绘制为具有最大不同颜色的曲线的函数 | ||
plotCurves2-method | 用于将整体变化绘制为具有最大不同颜色的曲线的函数 | ||
plotFluxVar | 绘制人口流量变化图 | ||
plotFVA | 从FVA获得的最优解中绘制种群水平最小和最大通量的函数 | ||
plotGrowthCurve | 绘制多个模拟的增长曲线 | ||
plotInterNum | 绘制多个模拟中交互作用次数的变化次数 | ||
plotPhenCurve | 绘制多个模拟的增长曲线 | ||
plotPhenNum | 几种模拟的表型曲线图 | ||
plotReaActivity | 用于绘制每个物种的反应活性的函数 | ||
plotShadowCost | 函数来绘制一个物种的物质阴影成本 | ||
plotShadowCost-method | 函数来绘制一个物种的物质阴影成本 | ||
plotSpecActivity | 用于绘制每个物种的物质使用情况 | ||
plotSubCurve | 绘制多个模拟的物质曲线 | ||
plotSubDist | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
plotSubDist-method | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
plotSubDist2 | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
plotSubDist2-method | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
plotSubUsage | 按物种划分物质用途的函数 | ||
plotSubVar | 绘制物质变化图 | ||
plotTotFlux | 用于绘制反应活性总体变化的函数 | ||
plotTotFlux-method | 用于绘制反应活性总体变化的函数 | ||
readMATmod | 阅读matlab模型 | ||
redEval | 通过压缩介质浓度来减小评估对象大小的函数 | ||
redEval-method | 通过压缩介质浓度来减小评估对象大小的函数 | ||
reset_screen | 重置打印屏幕 | ||
rmSubs | 清除物质 | ||
rmSubs-method | 清除物质 | ||
selPheno | 从特定的迭代和物种中选择在竞技场上发生的表型的功能 | ||
selPheno-method | 从特定的迭代和物种中选择在竞技场上发生的表型的功能 | ||
setKinetics | 设置物质吸收的米氏-门汀动力学的函数 | ||
setKinetics-method | 设置物质吸收的米氏-门汀动力学的函数 | ||
sihumi_test | 多品种试验数据集 | ||
simBac | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
simBac-method | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
simBac_par | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
simBac_par-method | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
simEnv | 模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
simEnv-method | 模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
simEnv_par | 用于并行模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
simEnv_par-method | 用于并行模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
simHum | 类对象的一次模拟迭代函数 | ||
simHum-method | 类对象的一次模拟迭代函数 | ||
statPheno | 研究有机体特定表型的功能 | ||
statPheno-method | 研究有机体特定表型的功能 | ||
stirEnv | 搅拌/混合整个环境的功能 | ||
stirEnv-method | 搅拌/混合整个环境的功能 | ||
Substance | S4类“物质”的构造器 | ||
Substance-class | S4类“物质”的结构 | ||
Substance-constructor | S4类“物质”的构造器 | ||
unit_conversion | 单位换算函数 | ||
unit_conversion-method | 单位换算函数 | ||
usd | 计算机标准差上界 |