| BioMedR-package | 药物发现中的复合蛋白质相互作用工具箱 | ||
| AA2DACOR | Dragon计算的20种氨基酸的二维自相关描述符 | ||
| AA3DMoRSE | Dragon计算的20种氨基酸的3D MoRSE描述符 | ||
| AAACF | Dragon计算的20种氨基酸的原子中心片段描述符 | ||
| AABLOSUM100 | 20种氨基酸的BLOSUM100基质 | ||
| AABLOSUM45 | 20种氨基酸的BLOSUM45基质 | ||
| AABLOSUM50 | 20种氨基酸的BLOSUM50基质 | ||
| AABLOSUM62 | 20种氨基酸的BLOSUM62基质 | ||
| AABLOSUM80 | 20种氨基酸的BLOSUM80基质 | ||
| AABurden | Dragon计算的20种氨基酸的负荷特征值描述符 | ||
| AAConn | Dragon计算的20种氨基酸的连接性指数描述符 | ||
| AAConst | Dragon计算的20种氨基酸的组成描述符 | ||
| AACPSA | 由Discovery Studio计算的20种氨基酸的CPSA描述符 | ||
| AADescAll | Dragon计算的20种氨基酸的所有2D描述符 | ||
| AAEdgeAdj | Dragon计算的20种氨基酸的边缘邻接指数描述符 | ||
| AAEigIdx | Dragon计算的20种氨基酸的特征值指标描述符 | ||
| AAFGC | Dragon计算的20种氨基酸的官能团计数描述符 | ||
| AAGeom | Dragon计算的20种氨基酸的几何描述符 | ||
| AAGETAWAY | Dragon计算的20种氨基酸的逃逸描述符 | ||
| AAindex | 20种氨基酸544种理化和生物学特性指标数据 | ||
| AAInfo | Dragon计算的20种氨基酸的信息指数描述符 | ||
| AAMetaInfo | 20种氨基酸的元信息 | ||
| AAMOE2D | MOE 2011.10计算的20种氨基酸的2D描述符 | ||
| AAMOE3D | MOE 2011.10计算的20种氨基酸的3D描述符 | ||
| AAMolProp | Dragon计算的20种氨基酸的分子性质描述符 | ||
| AAPAM120 | 20种氨基酸的PAM120基质 | ||
| AAPAM250 | 20种氨基酸的PAM250基质 | ||
| AAPAM30 | 20种氨基酸的PAM30基质 | ||
| AAPAM40 | 20种氨基酸的PAM40基质 | ||
| AAPAM70 | 20种氨基酸的PAM70基质 | ||
| AARandic | Dragon计算的20种氨基酸的Randic分子图谱描述符 | ||
| AARDF | Dragon计算的20种氨基酸的RDF描述符 | ||
| AATopo | Dragon计算的20种氨基酸的拓扑描述符 | ||
| AATopoChg | Dragon计算的20种氨基酸的拓扑电荷指数描述符 | ||
| AAWalk | 由Dragon计算的20种氨基酸的行走和路径计数描述符 | ||
| AAWHIM | Dragon计算的20种氨基酸的突发奇想描述符 | ||
| acc | 自互协方差（ACC）用于生成相同长度的基于尺度的描述符 | ||
| apfp | 频繁原子对 | ||
| atomprop | 标准原子量 | ||
| Autocorrelation | 使用偏电荷计算Moreau-Broto自相关描述符 | ||
| bcl | bcl2的二维描述符 | ||
| BioMedR | 药物发现中的复合蛋白质相互作用工具箱 | ||
| BMDrugMolCAS | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDNAGenBank | 通过GI-ID从Genbank获取DNA/RNA序列 | ||
| BMgetDrug | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugMolChEMBL | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugMolDrugBank | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugMolKEGG | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugMolPubChem | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugSmiChEMBL | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugSmiDrugBank | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugSmiKEGG | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetDrugSmiPubChem | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| BMgetProt | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| BMgetProtFASTAKEGG | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| BMgetProtFASTAUinProt | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| BMgetProtPDBRCSBPDB | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| BMgetProtSeqKEGG | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| BMgetProtSeqRCSBPDB | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| BMgetProtSeqUniProt | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| calcDrugFPSim | 利用分子指纹图计算药物分子相似度 | ||
| calcParProtGOSim | 基于基因本体相似度的蛋白质序列相似度计算 | ||
| calcParProtSeqSim | 基于序列比对的蛋白质序列相似性并行计算 | ||
| calcTwoProtGOSim | 基于基因本体相似度的蛋白质相似度计算 | ||
| calcTwoProtSeqSim | 两个蛋白质序列的蛋白质序列比对 | ||
| checkDNA | 检查DNA序列是否在4种默认类型中 | ||
| checkProt | 检查蛋白质序列的氨基酸类型是否为默认的20种类型 | ||
| clusterCMP | 使用描述符数据库对化合物进行聚类 | ||
| clusterJP | 贾维斯·帕特里克 | ||
| clusterMDS | 基于多维尺度的聚类结果可视化 | ||
| clusterPlotSOMmap | 绘制自组织图 | ||
| clusterStat | 生成群集大小的统计信息 | ||
| connectivity | 计算3级、4级、5级、6级和7级的Kier和Hall Chi链指数 | ||
| Constitutional | 计算氨基酸的数目 | ||
| convAPtoFP | 描述向量的指纹 | ||
| convSDFtoAP | 原子对库 | ||
| extrDNADAC | 基于二核苷酸的自协方差描述符 | ||
| extrDNADACC | 基于二核苷酸的自互协方差描述符 | ||
| extrDNADCC | 基于二核苷酸的互协方差描述符 | ||
| extrDNAIncDiv | 多样性描述符的增量 | ||
| extrDNAkmer | 基本Kmer描述符 | ||
| extrDNAPseDNC | 伪二核苷酸组成描述符 | ||
| extrDNAPseKNC | 伪K元组组合描述符 | ||
| extrDNATAC | 基于三核苷酸的自协方差描述符 | ||
| extrDNATACC | 基于三核苷酸的自互协方差描述符 | ||
| extrDNATCC | 基于三核苷酸的互协方差描述符 | ||
| extrDrugAIO | 一次计算BioMedR包中的所有分子描述符 | ||
| extrDrugALOGP | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugAminoAcidCount | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugAP | 计算原子对指纹 | ||
| extrDrugApol | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugAromaticAtomsCount | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugAromaticBondsCount | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugAtomCount | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugAutocorrelationcharge | 使用偏电荷计算Moreau-Broto自相关描述符 | ||
| extrDrugAutocorrelationMass | 使用偏电荷计算Moreau-Broto自相关描述符 | ||
| extrDrugAutocorrelationPolarizability | 使用偏电荷计算Moreau-Broto自相关描述符 | ||
| extrDrugBCUT | 基于特征值的BCUT描述子 | ||
| extrDrugBondCount | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugBPol | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugCarbonTypes | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugChiChain | 计算3级、4级、5级、6级和7级的Kier和Hall Chi链指数 | ||
| extrDrugChiCluster | 计算3级、4级、5级、6级和7级的Kier和Hall Chi链指数 | ||
| extrDrugChiPath | 计算3级、4级、5级、6级和7级的Kier和Hall Chi链指数 | ||
| extrDrugChiPathCluster | 计算3级、4级、5级、6级和7级的Kier和Hall Chi链指数 | ||
| extrDrugCPSA | 结合表面积和部分电荷信息的各种描述符 | ||
| extrDrugECI | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugEstate | 计算电子态分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugEstateComplete | 计算电子态分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugExtended | 计算扩展分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugExtendedComplete | 计算扩展分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugFMF | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugFragmentComplexity | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugGraph | 计算分子指纹图（紧凑格式） | ||
| extrDrugGraphComplete | 计算分子指纹图（完整格式） | ||
| extrDrugGravitationalIndex | 描述分子质量分布的描述符。 | ||
| extrDrugHBondAcceptorCount | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugHBondDonorCount | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugHybridization | 计算杂交分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugHybridizationComplete | 计算杂交分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugHybridizationRatio | 用碳杂化态表征分子复杂性的描述符 | ||
| extrDrugIPMolecularLearning | 计算计算电离势的描述符 | ||
| extrDrugKappaShapeIndices | 计算Kier和Hall-Kappa分子形状指数的描述符 | ||
| extrDrugKierHallSmarts | 统计E状态片段出现次数的描述符 | ||
| extrDrugKR | 计算KR（Klekota和Roth）分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugKRComplete | 计算KR（Klekota和Roth）分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugLargestChain | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugLargestPiSystem | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugLengthOverBreadth | 描述分子质量分布的描述符。 | ||
| extrDrugLogP | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugLongestAliphaticChain | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugMACCS | 计算MACCS分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugMACCSComplete | 计算MACCS分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugMannholdLogP | 一种描述符，它使用碳原子和杂原子的数目，根据一个简单的方程计算LogP | ||
| extrDrugMDE | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugMomentOfInertia | 描述分子质量分布的描述符。 | ||
| extrDrugPetitjeanNumber | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugPetitjeanShapeIndex | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugPubChem | 计算PubChem分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugPubChemComplete | 计算PubChem分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugRotatableBondsCount | 计算氨基酸的数目 | ||
| extrDrugRuleOfFive | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugShortestPath | 计算最短路径分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugShortestPathComplete | 计算最短路径分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugStandard | 计算标准分子指纹（紧凑格式） | ||
| extrDrugStandardComplete | 计算标准分子指纹（完整格式） | ||
| extrDrugTPSA | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugVABC | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugVAdjMa | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugWeight | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| extrDrugWeightedPath | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugWHIM | 计算Todeschini等人描述的整体描述符。 | ||
| extrDrugWienerNumbers | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrDrugZagrebIndex | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| extrPCMBLOSUM | 广义BLOSUM和PAM矩阵衍生描述符 | ||
| extrPCMDescScales | 基于量表的描述符和20+类分子描述符 | ||
| extrPCMFAScales | 基于因子分析的广义尺度描述子 | ||
| extrPCMMDSScales | 基于多维尺度的广义尺度描述子 | ||
| extrPCMPropScales | 基于广义AA性质的尺度描述子 | ||
| extrPCMScaleGap | 由主成分分析得出的基于量表的描述符（有间隙支持） | ||
| extrPCMScales | 基于主成分分析的广义尺度描述子 | ||
| extrProtAAC | 氨基酸组成描述符 | ||
| extrProtAPAAC | 两亲性假氨基酸组成描述符 | ||
| extrProtCTDC | CTD描述符-组成 | ||
| extrProtCTDCClass | CTD描述符-组成（具有定制的氨基酸分类支持） | ||
| extrProtCTDD | CTD描述符-分布 | ||
| extrProtCTDDClass | CTD描述符-分布（支持定制氨基酸分类） | ||
| extrProtCTDT | CTD描述符-转换 | ||
| extrProtCTDTClass | CTD描述符-转换（支持自定义氨基酸分类） | ||
| extrProtCTriad | 联合三元组描述符 | ||
| extrProtCTriadClass | 联合三元组描述符（支持自定义氨基酸分类） | ||
| extrProtDC | 二肽组成描述符 | ||
| extrProtFPGap | 基于Gap支持的氨基酸特征量表描述符（蛋白质指纹） | ||
| extrProtGeary | 齿轮自相关描述符 | ||
| extrProtMoran | 莫兰自相关描述符 | ||
| extrProtMoreauBroto | 归一化Moreau-Broto自相关描述符 | ||
| extrProtPAAC | 伪氨基酸组成描述符 | ||
| extrProtPSSM | 计算给定蛋白质序列的PSSM（位置特异性评分矩阵） | ||
| extrProtPSSMAcc | 基于PSSM（位置特异性评分矩阵）和自互协方差的蛋白质表达谱 | ||
| extrProtPSSMFeature | 基于PSSM（位置特异性评分矩阵）的蛋白质表达谱 | ||
| extrProtQSO | 准序描述符 | ||
| extrProtSOCN | 顺序耦合数 | ||
| extrProtTC | 三肽组成描述符 | ||
| geometric | 描述分子质量分布的描述符。 | ||
| getCCI | 生成交互描述符 | ||
| getCDI | 生成交互描述符 | ||
| getCPI | 生成交互描述符 | ||
| getDDI | 生成交互描述符 | ||
| getDPI | 生成交互描述符 | ||
| getDrug | 从数据库中检索MOL和SMILES格式的药物分子 | ||
| getPPI | 生成交互描述符 | ||
| getProt | 从数据库中检索各种格式的蛋白质序列 | ||
| IncDiv | 多样性描述符的增量 | ||
| make_kmer_index | 计算基本Kmer特征向量 | ||
| NNeighbors | 近邻 | ||
| OptAA3d | OptAA3d.sdf-20氨基酸与MOE 2011.10优化（半经验AM1） | ||
| parGOSim | 基于基因本体相似度的蛋白质/DNA序列相似度计算 | ||
| parSeqSim | 基于序列比对的并行化蛋白质/DVA序列相似性计算 | ||
| plotStructure | 绘制存储在SDF和SDFset容器中的分子的化合物结构 | ||
| pls.cv | 偏最小二乘分类回归模型的交叉验证 | ||
| property | 计算原子加性logP和摩尔折射率值 | ||
| readFASTA | 以FASTA格式读取蛋白质/DNA序列 | ||
| readMolFromSDF | 从SDF文件读取分子并返回解析的Java分子对象 | ||
| readMolFromSmi | 从SMILES文件中读取分子并返回解析的Java分子对象或纯文本列表 | ||
| readPDB | 以PDB格式读取蛋白质序列 | ||
| revchars | 反面的字符 | ||
| rf.cv | 随机森林分类回归模型的交叉验证 | ||
| rf.fs | 用于特征选择的随机森林交叉评价 | ||
| sdfbcl | “SDFset”对象中的SD文件 | ||
| searchDrug | 基于分子指纹相似度或最大公共子结构搜索的并行药物分子相似度搜索 | ||
| segProt | 蛋白质序列分割 | ||
| som.bcl | kohonen对象 | ||
| topology | 用杂交表征碳连通性的拓扑描述符 | ||
| twoGOSim | 基于基因本体相似度的蛋白质/DNA相似度计算 | ||
| twoSeqSim | 两种蛋白质序列的蛋白质/DNA序列比对 |