R语言CNVScope包函数列表及帮助文档

R语言CNVScope包说明文档（版本 3.3.7）

		averageMatrixEdges	矩阵的平均边以便于下采样。
		calcCNVKernelProbDist	用快速核计算CNV一致性事件的概率分布
		calcVecLMs	创建线性回归矩阵。
		CNVScopeserver	CNVScope应用程序的服务器组件。
		createChromosomalMatrixSet	为CNVScope应用程序创建染色体相互作用矩阵。
		downsample_genomic_matrix	重新缩放正负数据，保留符号信息。
		extractNegLogPval	求一对向量的负对数p值。
		formSampleMatrixFromRawGDCData	从GDC拷贝数数据文件形成样本矩阵。
		freadGDCfile	读取低通测序数据的GDC分段数据文件。
		getAnnotationMatrix	获得由行和列标签指示的基因组范围内的基因。
		getAsymmetricBlockIndices	从非对称（或对称）矩阵获取块索引。
		getBlockAverageMatrixFromBreakpoints	计算给定断点的矩阵中的块平均值和面积。
		getGlobalRescalingStats	计算颜色重缩放的几个基本统计信息。
		getInterchromosomalInteractivePlot	为给定的一对染色体创建一个HTML小部件，以便在shiny或webshot中使用。
		GRanges_to_underscored_pos	将GRanges对象转换为下划线位置。
		importBreakpointBed	导入断点文件。
		mathead	获取一小块矩阵（左上角）以供查看，而不是拖动前n行。
		nbl_result_matrix_sign_small	神经母细胞瘤样本CNV关系矩阵
		postProcessLinRegMatrix	后处理线性回归矩阵。
		rebinGenomicInteractions	将基因组相互作用分配给与基因组矩阵相对应的行和列的预定义容器序列。
		runCNVScopeLocal	运行CNVScope plotly应用程序。
		runCNVScopeShiny	运行CNVScope plotly应用程序。
		signedRescale	重新缩放正负数据，保留符号信息。
		underscored_pos_to_GRanges	将带下划线格式的坐标转换为GRanges对象。
		writeAsymmetricMeltedChromosomalMatrixToDisk	把一个全基因组相互作用矩阵的子矩阵和基因一起写进磁盘。
		writeMeltedChromosomalMatrixToDisk	把一个全基因组相互作用矩阵的子矩阵和基因一起写进磁盘。