R语言COSINE包说明文档(版本 2.1)

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COSINE-package 特定条件子网识别
choose_lambda 选择最合适的权重参数lambda
cond.fyx 计算ECF统计量,测量基因对的差异相关性
COSINE 特定条件子网识别
DataSimu 六个数据集和案例数据集的模拟
diff_gen 计算F统计量和ECF统计量
diff_gen_for3 生成F统计量和ECF统计量,用于比较三个数据集
diff_gen_PPI 为背景网络中的节点和边生成缩放节点分数和缩放边分数
f.test 得到每个基因的F统计量
GA_search 利用遗传算法搜索全局最优子网
GA_search_PPI 用遗传算法搜索PPI子网
get_components_PPI 获取子网络的所有组件(连接的群集)
get_quantiles 得到权重参数lambda的五个分位数
get_quantiles_PPI 得到lambda的五个分位数值,用于基因表达和PPI网络数据分析
PPI 蛋白质相互作用网络数据
random_network_sampling_PPI 从PPI数据中随机抽取子网
scaled_edge_score 所有边的比例ECF统计
scaled_node_score 所有边的比例ECF统计
Score_adjust_PPI 使用随机抽样调整所选PPI子网的得分
score_scaling 得到正规化的F统计量和ECF统计量
set1_GA 模拟数据集1的遗传算法搜索结果
set1_scaled_diff 模拟数据与对照数据比较的标准化F统计量和ECF统计量
set1_unscaled_diff 模拟数据集1的非标准F统计量和ECF统计量
simulated_data 本文使用的模拟数据集