| archipelagos41 | DAISIE datalist对象，包括41个群岛的鸟类系统发育数据和物理数据 | ||
| archipelago_data | 41个群岛的物理数据 | ||
| Bats_GreaterAntilles | 大安的列斯群岛夜蛾类蝙蝠的定殖和分枝时间。 | ||
| Biwa_datalist | 68种鱼类的定殖和分枝时间。 | ||
| create_area_pars | 创建区域参数的命名列表 | ||
| create_CS_version | 为filename_points_covered_by_landmarks中的filename_edges_strength参数创建列表对象 | ||
| create_hyper_pars | 创建超参数列表 | ||
| create_trait_pars | 创建特征状态参数的命名列表 | ||
| DAISIE_convertprobdist | 将雏菊模型下特有和非特有的联合分布转换为列表格式 | ||
| DAISIE_create_island | 将模拟输出转换为孤岛输出 | ||
| DAISIE_dataprep | 准备在DAISIE中运行的殖民和分支时间数据。 | ||
| DAISIE_ExpEIN | 雏菊模式下特有和非特有的预期数量 | ||
| DAISIE_format_CS_full_stt | 将特定于clade的模拟输出格式化为标准DAISIE列表输出 | ||
| DAISIE_get_brts_mya | 以百万年前为单位提取分类的分枝时间。从数据表 | ||
| DAISIE_IC | 从DAISIE ML估计值计算信息标准？ | ||
| DAISIE_loglik_IW | 在给定数据和一组模型参数的情况下，计算具有全岛多样性依赖性的DAISIE模型的对数似然 | ||
| DAISIE_margprobdist | 戴西模型下地方性与非地方性的边际分布 | ||
| DAISIE_ML | 具有分支特异多样性依赖的DAISIE模型下对数似然的最大化 | ||
| DAISIE_ML_CS | 具有分支特异多样性依赖的DAISIE模型下对数似然的最大化 | ||
| DAISIE_ML_IW | 具有全岛多样性依赖的DAISIE模型下对数似然的最大化 | ||
| DAISIE_MW_ML | MacArthur&-Wilson假设的DAISIE模型下对数似然的最大化，该模型具有分支特定多样性依赖性和岛屿面积和隔离度的显式依赖性 | ||
| DAISIE_numcol | 戴西模型下殖民地（谱系）数量的期望和边际分布 | ||
| DAISIE_plot_age_diversity | 根据分支多样性划分分支年龄。 | ||
| DAISIE_plot_input | 雏菊园 | ||
| DAISIE_plot_island | 在岛屿数据集上发现的物种的图殖民和分枝时间。 | ||
| DAISIE_plot_sims | 通过时间（STT）图绘制岛屿物种 | ||
| DAISIE_probdist | 戴西模型下地方性与非地方性的联合分布 | ||
| DAISIE_sim | 在时间常数率下用给定参数模拟（非）海洋岛屿 | ||
| DAISIE_sim_constant_rate | 在时间常数率下用给定参数模拟（非）海洋岛屿 | ||
| DAISIE_sim_constant_rate_shift | 在速率漂移机制下用给定参数模拟（非）海洋岛屿 | ||
| DAISIE_sim_MW | 基于描述面积、隔离度和局部参数之间关系的超参数来模拟多个孤岛 | ||
| DAISIE_sim_relaxed_rate | 在松弛速率模型下用给定参数模拟（非）海洋岛屿 | ||
| DAISIE_sim_time_dependent | 在时间相关的情况下用给定的参数模拟（非）海洋岛屿 | ||
| DAISIE_sim_trait_dependent | 用给定的参数模拟孤岛。 | ||
| DAISIE_SR_loglik_all | 在给定数据和一组可能在某个时间发生变化的模型参数的情况下，计算具有特定分支多样性依赖性的DAISIE模型的对数似然 | ||
| DAISIE_SR_loglik_CS | 在给定数据和一组可能在某个时间发生变化的模型参数的情况下，计算具有特定分支多样性依赖性的DAISIE模型的对数似然 | ||
| DAISIE_SR_ML | 具有分支特异多样性依赖的DAISIE模型下对数似然的最大化 | ||
| DAISIE_SR_ML_CS | 具有分支特异多样性依赖的DAISIE模型下对数似然的最大化 | ||
| frogs_datalist | 伊斯帕尼奥拉岛5个指甲虫分支的定殖和分枝时间。 | ||
| frogs_datatable | 伊斯帕尼奥拉岛5种蛙科的定殖和分枝时间。 | ||
| Galapagos_datalist | filename_edges和filename_points_covered_by_landmarks接受的8个陆生鸟类类群的定殖和分枝次数 | ||
| Galapagos_datalist_2types | filename_edges和filename_points_covered_by_landmarks接受的8个陆生鸟类类群的定殖和分枝次数 | ||
| Galapagos_datatable | 8个陆生鸟类区系Galèpagos分支的定殖和分枝时间见表。 | ||
| islands_10reps_RAW | 用加拉帕戈斯数据CR模型的ML参数以原始格式模拟1000个岛屿。 | ||
| islands_1type_1000reps | 用加拉帕戈斯数据CR模型的ML参数模拟了1000个DAISIE格式的岛屿 | ||
| islands_2types_1000reps | 用加拉帕戈斯数据filename_points_covered_by_landmarks模型的ML参数模拟了1000个DAISIE格式的岛屿（2种物种） | ||
| Macaronesia_datalist | 来自亚速尔群岛、加那利群岛、佛得角和马德拉群岛的陆生鸟类分支的定殖和分支时间，以列表形式，被filename_edges和filename_points_covered_by_landmarks接受 | ||
| NewZealand_birds_datalist | 新西兰鸟类的定殖和分枝时间。 |