| bd_loglik | 多元独立多元化模型的对数似然分析 | ||
| bd_ML | 多样性独立、可能时间相关的多样化模型下对数似然的最大化 | ||
| brts2phylo | 函数将一组分支时间转换为具有随机拓扑结构的系统发育图此代码取自Sebastian Hoehna的包TESS，其中调用了该函数苔丝.创造.菲洛 | ||
| conv | 对两个向量进行卷积的函数 | ||
| dd_KI_loglik | t=files时一个子类与主类解耦的多样性相关多样化模型的对数似然性 | ||
| dd_KI_ML | 多样性相关多样性模型下的对数似然最大化，子类多样性动态与主类多样性动态解耦 | ||
| dd_KI_sim | 函数来模拟宏观进化中的关键创新，创新分支与主分支的多样性依赖的多样化动力学解耦 | ||
| dd_loglik | 多样性相关多元化模型的对数似然分析 | ||
| dd_LR | 多样性相关多元化模型的Bootstrap似然比检验 | ||
| dd_ML | 多样性相关多元化模型下的对数似然最大化 | ||
| dd_MS_loglik | t=files时关键创新与多样性相关多元化下宏观演化演替的对数似然性 | ||
| dd_MS_ML | 多样性相关多样性模型下的对数似然最大化，子类多样性动态与主类多样性动态解耦 | ||
| dd_MS_sim | 函数来模拟宏观进化演替过程，假设多样性依赖于多样化 | ||
| dd_multiple_KI_loglik | 具有多重解耦（率漂移）事件的多样性相关多元化模型的对数似然性 | ||
| dd_sim | 函数来模拟依赖于多样性的多样化过程 | ||
| dd_SR_loglik | t=tshift时参数变化的多样性相关多样化模型的对数似然性 | ||
| dd_SR_ML | 参数变化的多样性相关多元化模型下对数似然的最大化 | ||
| dd_SR_sim | 函数来模拟一个或多个参数发生变化的多样性相关的多样化过程 | ||
| L2brts | 函数将包含物种形成和灭绝事件的表转换为一组分支时间 | ||
| L2phylo | 函数将包含物种形成和灭绝事件的表转换为系统发育 | ||
| optimizer | 进行优化（寻找最小值） | ||
| phylo2L | 函数将系统发育转换为包含物种形成和灭绝事件的表 | ||
| rng_respecting_sample | 去掉零概率的抽样 | ||
| roundn | 以通常的方式聚集起来 | ||
| sample2 | 以通常的方式取样 | ||
| simplex | 使用单纯形算法进行优化（寻找最小值） | ||
| td_sim | 类多样性时变过程的模拟 | ||
| transform_pars | 将-Inf到Inf的参数转换为-1到1的参数 | ||
| untransform_pars | 正在将参数从-1转换为-Inf到Inf。 |