R语言DIscBIO包说明文档(版本 1.1.0)

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as.DISCBIO 将单单元格数据对象转换为DISCBIO。
check.format 检查格式
ClassVectoringDT 生成用于决策树分析的类向量。
ClassVectoringDT-method 生成用于决策树分析的类向量。
ClustDiffGenes 丛生
ClustDiffGenes-method 丛生
Clustexp 单细胞转录组数据的聚类分析
Clustexp-method 单细胞转录组数据的聚类分析
clustheatmap 在细胞距离的热图表示中绘制簇
clustheatmap-method 在细胞距离的热图表示中绘制簇
comptSNE 计算tSNE
comptSNE-method 计算tSNE
customConvertFeats 自动功能Id转换。
DEGanalysis 确定所有个体簇之间的差异表达基因(DEGs)。
DEGanalysis-method 确定所有个体簇之间的差异表达基因(DEGs)。
DEGanalysis2clust 确定两个特定簇之间的差异表达基因。
DEGanalysis2clust-method 确定两个特定簇之间的差异表达基因。
DISCBIO DISCBIO课程
DISCBIO-class DISCBIO课程
DISCBIO-class, DISCBIO课程
DISCBIO2SingleCellExperiment 将DISCBIO对象转换为单细胞实验。
Exprmclust 基于表达式值执行基于模型的聚类
Exprmclust-method 基于表达式值执行基于模型的聚类
FinalPreprocessing 最终预处理
FinalPreprocessing-method 最终预处理
FindOutliers 异常单元格的推断
FindOutliers-method 异常单元格的推断
foldchange.seq.twoclass.unpaired 两类非配对测序数据的折叠变换
HumanMouseGeneIds 人类和小鼠的基因标识符。
J48DT J48决策树
J48DTeval 评价J48决策树的性能。
Jaccard 贾卡德的相似性
KmeanOrder 基于k均值聚类的伪时间序列
KmeanOrder-method 基于k均值聚类的伪时间序列
NetAnalysis 网络分析。
Networking 绘制网络。
NoiseFiltering 噪声滤波
NoiseFiltering-method 噪声滤波
Normalizedata 规范化和过滤
Normalizedata-method 规范化和过滤
PCAplotSymbols 绘制PCA符号
PCAplotSymbols-method 绘制PCA符号
plotExptSNE 在t-SNE图谱中突出基因表达
plotExptSNE-method 在t-SNE图谱中突出基因表达
plotGap 绘制间隙统计
plotGap-method 绘制间隙统计
plotLabelstSNE 带标签的tSNE地图
plotLabelstSNE-method 带标签的tSNE地图
PlotMBpca PCA模型聚类中伪时序或基因表达的绘制
PlotmclustMB 在PCA中绘制基于模型的聚类。
PlotmclustMB-method 在PCA中绘制基于模型的聚类。
plotOrderTsne t-SNE图中伪时序的绘制
plotOrderTsne-method t-SNE图中伪时序的绘制
plotSilhouette K-均值聚类的轮廓图
plotSilhouette-method K-均值聚类的轮廓图
plotSymbolstSNE 带符号K均值聚类的tSNE图
plotSymbolstSNE-method 带符号K均值聚类的tSNE图
plottSNE tSNE地图
plottSNE-method tSNE地图
PPI 定义一系列基因上的蛋白质相互作用(PPI),
prepExampleDataset 准备示例数据集
pseudoTimeOrdering 伪时序
pseudoTimeOrdering-method 伪时序
rankcols 排列列
reformatSiggenes 重新格式化Siggenes表
replaceDecimals 替换小数
resa 重采样
RpartDT RPART决策树
RpartEVAL 评估RPART决策树的性能。
sammy 微阵列的显著性分析
samr.estimate.depth 估计排序深度
valuesG1msTest 黏液样脂肪肉瘤细胞系的单细胞数据
VolcanoPlot 火山区
wilcoxon.unpaired.seq.func 两类Wilcoxon统计量