| DMRMark-package | 基于非齐次隐马尔可夫模型的甲基化阵列数据DMR检测 | ||
| BLCA | TCGA中BLCA-chr18的单对M值 | ||
| boundFinder | 根据两组差异的分位数，找出一对合理的高甲基化和低甲基化的组均值距离。 | ||
| DMRMark | 用Gibbs采样器估计模型参数 | ||
| DMRViterbi | 估计DMRs后验概率的Viterbi算法。 | ||
| FullSample | 用旧版本接口实现Gibbs采样器的函数 | ||
| MakeGSoptions | 封装先验参数和Gibbs采样器（GS）控制参数 | ||
| mvScatter | 可视化差异甲基化CpG位点（DMC）和非DMC的M值对分布 | ||
| reformData | 将M值改为两列矩阵。 |