R语言DSAIRM包 simulate_basicvirus_fit函数使用说明

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功能\作用概述:

此函数使用一组常微分方程运行车厢模型的模拟方程式模型描述了一个简单的病毒感染系统。


语法\用法:

simulate_basicvirus_fit(
U = 1e+06,
I = 0,
V = 1,
n = 0,
dU = 0,
dI = 2,
g = 0,
p = 0.001,
plow = 1e-04,
phigh = 100,
psim = 10,
b = 0.1,
blow = 0.001,
bhigh = 10,
bsim = 1e-04,
dV = 1,
dVlow = 0.01,
dVhigh = 100,
dVsim = 5,
noise = 0,
iter = 1,
solvertype = 1,
usesimdata = 0
)


参数说明:

U : :未感染目标细胞的初始数目:数字

I : :感染目标细胞的初始数目:数字

V : :传染性病毒粒子的初始数目:数字

n : :未感染细胞产生率:数字

dU : :未感染细胞的死亡率:数字

dI : :受感染细胞的死亡率:数字

g : :单位换算系数:数字

p : :受感染细胞产生病毒的速率:数字

plow : :p的下限:数字

phigh : :p的上限:数字

psim : :受感染细胞为模拟数据生成病毒的速率:数字

b : :病毒感染细胞的速率:数字

blow : :感染率下限:数字

bhigh : :感染率上限:数字

bsim : :模拟数据中病毒感染细胞的速率:数字

dV : :清除传染性病毒的速率:数字

dVlow : :病毒清除率下限:数字

dVhigh : :病毒清除率的上限:数字

dVsim : :针对模拟数据清除感染性病毒的速率:数字

noise : :要添加到模拟数据的噪声:数值

iter : :优化器要执行的最大步骤数:数字

solvertype : :要使用的解算器/优化器的类型(1-3):数字

usesimdata : :如果应拟合模拟数据,则设置为1,否则设置为0:数字


示例\实例:

# To run the code with default parameters just call the function:
## Not run: result < - simulate_basicvirus_fit()
# To apply different settings, provide them to the simulator function, like such:
result < - simulate_basicvirus_fit(iter = 5)