返回R语言DSAIRM包函数列表

功能\作用概述:

此函数使用一组常微分方程运行车厢模型的模拟方程式用户提供的初始条件和参数值系统函数使用deSolve中的ODE解算器模拟ODE包裹。包裹函数返回一个矩阵，其中包含每个变量和时间的时间序列。

语法\用法：

simulate_modelvariants_ode(
U = 1e+05,
I = 0,
V = 10,
F = 0,
A = 0,
n = 0,
dU = 0,
dI = 1,
dV = 4,
b = 1e-05,
p = 100,
pF = 1,
dF = 1,
f1 = 1e-04,
f2 = 0,
f3 = 0,
Fmax = 1000,
sV = 1e-10,
k1 = 0.001,
k2 = 0,
k3 = 0,
a1 = 1000,
a2 = 0,
a3 = 0,
hV = 1e-10,
k4 = 0.001,
k5 = 0,
k6 = 0,
sA = 1e-10,
dA = 0.1,
tstart = 0,
tfinal = 20,
dt = 0.01
)

参数说明：

U : ：未感染目标细胞的初始数目：数字

I : ：感染目标细胞的初始数目：数字

V : ：传染性病毒粒子的初始数目：数字

F : ：先天反应的初始水平：数字

A : ：自适应响应的初始级别：数字

n : ：未感染细胞产生率：数字

dU : ：未感染细胞的自然死亡率：数字

dI : ：受感染细胞的死亡率：数字

dV : ：清除传染性病毒的速率：数字

b : ：病毒感染细胞的速率：数字

p : ：受感染细胞产生病毒的速率：数字

pF : ：无感染时先天性反应产生率：数字

dF : ：无感染时先天性反应消除率：数字

f1 : ：先天性反应的增长备选方案1：数字

f2 : ：先天性反应的增长备选方案2：数字

f3 : ：先天性反应的增长备选方案3：数字

Fmax : ：备选方案1中固有反应的最大水平：数值

sV : ：备选方案2和3的先天性反应生长饱和：数值

k1 : ：先天反应的作用备选方案1：数字

k2 : ：先天性反应的作用备选方案2：数字

k3 : ：先天性反应的作用备选方案3：数字

a1 : ：适应性反应的增长备选方案1：数字

a2 : ：适应性反应的增长备选方案2：数字

a3 : ：适应性反应的增长备选方案3：数字

hV : ：备选方案2和3中适应性反应增长的饱和：数值

k4 : ：自适应响应选项1的操作：数字

k5 : ：自适应响应方案2：数字

k6 : ：自适应响应方案3：数字

sA : ：替代动作2的自适应响应抑制饱和：数值

dA : ：适应性免疫反应衰退：数字

tstart : ：模拟开始时间：数字

tfinal : ：最终模拟时间：数字

dt : ：返回结果的次数：数字

示例\实例：

# To run the simulation with default parameters just call the function:
result < - simulate_modelvariants_ode()
# To choose parameter values other than the standard one, specify them, like such:
result < - simulate_modelvariants_ode(V = 100, k1 = 0 , k2 = 0, k3 = 1e-4)
# You should then use the simulation result returned from the function, like this:
plot(result$ts[,"time"],result$ts[,"V"],xlab='Time',ylab='Virus',type='l',log='y')