R语言DSAIRM包 simulate_pkpdmodel_ode函数使用说明

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功能\作用概述:

此函数用于模拟基本的3室病毒感染模型,包括药物的药代动力学和药效学。用户提供的初始条件和参数值系统函数使用deSolve包中的ODE解算器模拟ODE。


语法\用法:

simulate_pkpdmodel_ode(
U = 1e+05,
I = 0,
V = 10,
n = 0,
dU = 0,
dI = 1,
dV = 2,
b = 1e-05,
g = 1,
p = 10,
C0 = 1,
dC = 1,
C50 = 1,
k = 1,
Emax = 0,
txstart = 10,
txinterval = 1,
tstart = 0,
tfinal = 20,
dt = 0.01
)


参数说明:

U : :未感染目标细胞的初始数目:数字

I : :感染目标细胞的初始数目:数字

V : :传染性病毒粒子的初始数目:数字

n : :新未感染细胞补充率:数字

dU : :未感染细胞的死亡率:数字

dI : :受感染细胞的死亡率:数字

dV : :清除传染性病毒的速率:数字

b : :病毒感染细胞的速率:数字

g : :单位换算系数:数字

p : :受感染细胞产生病毒的速率:数字

C0 : :在指定时间给予的药物剂量:数字

dC : :药物浓度衰减率:数字

C50 : :效应为最大值一半的药物浓度:数字

k : :浓度依赖性药物效应陡度:数值

Emax : :最大药物疗效(0-1):数字

txstart : :药物治疗开始时间:数字

txinterval : :给药间隔时间:数字

tstart : :模拟开始时间:数字

tfinal : :最终模拟时间:数字

dt : :返回结果的次数:数字


示例\实例:

# To run the simulation with default parameters just call the function:
result < - simulate_pkpdmodel_ode()
# To choose parameter values other than the standard one, specify them, like such:
result < - simulate_pkpdmodel_ode(V = 100, txstart = 10, n = 1e5, dU = 1e-2)
# You should then use the simulation result returned from the function, like this:
plot(result$ts[,"time"],result$ts[,"V"],xlab='Time',ylab='Virus',type='l',log='y')