返回R语言DSAIRM包函数列表

功能\作用概述:

这个函数模拟一个隔间模型，跟踪未感染和感染的细胞、病毒、固有免疫反应、T细胞、B细胞和抗体使用deSolve软件包将模型实现为常微分方程组。

语法\用法：

simulate_virusandir_ode(
U = 1e+05,
I = 0,
V = 10,
T = 0,
B = 0,
A = 0,
n = 0,
dU = 0,
dI = 1,
dV = 4,
b = 1e-05,
p = 1000,
sF = 0.01,
kA = 1e-05,
kT = 1e-05,
pF = 1,
dF = 1,
gF = 1,
Fmax = 1000,
hV = 1e-06,
hF = 1e-05,
gB = 1,
gT = 1e-04,
rT = 0.5,
rA = 10,
dA = 0.2,
tstart = 0,
tfinal = 30,
dt = 0.05
)

参数说明：

U : ：未感染目标细胞的初始数目：数字

I : ：感染目标细胞的初始数目：数字

V : ：传染性病毒粒子的初始数目：数字

T : ：初始T细胞数：数字

B : ：初始B细胞数：数字

A : ：抗体初始数量：数字

n : ：新未感染细胞补充率：数字

dU : ：未感染细胞的死亡率：数字

dI : ：受感染细胞的死亡率：数字

dV : ：清除传染性病毒的速率：数字

b : ：病毒感染细胞的速率：数字

p : ：受感染细胞产生病毒的速率：数字

sF : ：减少病毒产生的先天反应强度：数字

kA : ：抗体去除病毒的速率：数字

kT : ：T细胞杀死感染细胞的比率：数字

pF : ：无感染时先天性反应产生率：数字

dF : ：无感染时先天性反应消除率：数字

gF : ：感染期间先天性反应增长率：数字

Fmax : ：固有反应的最大水平：数字

hV : ：固有生长饱和常数：数字

hF : ：B细胞生长饱和常数：数字

gB : ：B细胞的最大生长率：数字

gT : ：T细胞诱导率：数字

rT : ：T细胞膨胀率：数字

rA : ：B细胞产生抗体的速率：数字

dA : ：抗体衰减率：数字

tstart : ：模拟开始时间：数字

tfinal : ：最终模拟时间：数字

dt : ：返回结果的次数：数字

示例\实例：

# To run the simulation with default parameters just call the function:
result < - simulate_virusandir_ode()
# To choose parameter values other than the standard one, specify them, like such:
result < - simulate_virusandir_ode(V = 100, tfinal = 50, n = 1e5, dU = 1e-2, kT=1e-7)
# You should then use the simulation result returned from the function, like this:
plot(result$ts[,"time"],result$ts[,"V"],xlab='Time',ylab='Virus',type='l',log='y')