R语言DSAIRM包 simulate_virusandtx_ode函数使用说明

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功能\作用概述:

此函数使用一组常微分方程运行车厢模型的模拟方程式模型描述了一个简单的病毒感染系统中存在的药物治疗用户提供的初始条件和参数值系统函数使用deSolve中的ODE解算器模拟ODE包裹。包裹功能返回一个列表,其中包含每个变量的时间序列和时间。灵感通过对丙型肝炎病毒和干扰素治疗的研究(Neumann等人,1998年,科学)


语法\用法:

simulate_virusandtx_ode(
U = 1e+05,
I = 0,
V = 10,
n = 10000,
dU = 0.1,
dI = 1,
dV = 2,
b = 1e-05,
p = 10,
g = 1,
f = 0,
e = 0,
tstart = 0,
tfinal = 30,
dt = 0.1,
steadystate = FALSE,
txstart = 0
)


参数说明:

U : :未感染目标细胞的初始数目:数字

I : :感染目标细胞的初始数目:数字

V : :传染性病毒粒子的初始数目:数字

n : :未感染细胞补充率:数字

dU : :未感染细胞的死亡率:数字

dI : :受感染细胞的死亡率:数字

dV : :清除传染性病毒的速率:数字

b : :病毒感染细胞的速率:数字

p : :受感染细胞产生病毒的速率:数字

g : :实验和模型病毒单位之间的转换:数字

f : :药物减少细胞感染的强度:数字

e : :药物减少病毒产生的强度:数字

tstart : :模拟开始时间:数字

tfinal : :最终模拟时间:数字

dt : :返回结果的次数:数字

steadystate : :在稳态下启动模拟:逻辑

txstart : :开始治疗的时间:数字


示例\实例:

# To run the simulation with default parameters just call the function:
result < - simulate_virusandtx_ode()
# To choose parameter values other than the standard one, specify them, like such:
result < - simulate_virusandtx_ode(V = 100, tfinal = 100, n = 1e5, dU = 1e-2)
# You should then use the simulation result returned from the function, like this:
plot(result$ts[,"time"],result$ts[,"V"],xlab='Time',ylab='Virus',type='l',log='y')