R语言adiv包说明文档(版本 2.0.1)

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adiv-package 多样性分析
abgaptree 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
abgdivparam 多样性参数指数的分配
abgevodivparam 系统发育多样性参数指标的分配
adiv 多样性分析
apd 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
aptree 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
barp4d 系统发育树和数据图
batcomm 新热带雨林沿扰动梯度的蝙蝠丰度和系统发育
betastatjac 物种存在/缺失数据的多地点相异性度量
betastatsor 物种存在/缺失数据的多地点相异性度量
betaTreeUniqueness 图对图功能或系统发育的差异性和独特性
birdData 沿演替森林梯度的鸟类群落
CFbinary 种内和种间相似矩阵
CFprop 种内和种间相似矩阵
crossdpcoa_maineffect 交叉DPCoA
crossdpcoa_version1 交叉DPCoA
crossdpcoa_version2 交叉DPCoA
decdiv 基于特征的多样性沿系统发育树节点的分解
discomQE 二次熵
dissABC 群落间的系统发育和功能相似性
dissRicotta 图到图功能或系统发育的不同
distinctDis 基于异质性的物种创新
distinctTopo 基于拓扑的物种创新
distinctTree 树种的原创性
distinctUltra 基于超尺度树的物种创新
distMS 马尔泽夫斯基-斯坦豪斯系数
divparam 物种多样性参数指数
DJac 有无数据的功能相异度量
dotp4d 系统发育树和数据图
DP 图到图功能或系统发育的不同
dsimcom 物种和群落之间的功能或系统发育相似性
dsimFun 物种和群落之间的功能或系统发育相似性
dsimTaxo 物种和群落之间的功能或系统发育相似性
dsimTree 物种和群落之间的功能或系统发育相似性
dspca 双相似主成分分析
EH 信仰系统发育多样性
EqRao 多样性分配
EqRS 多样性分配
EqRSintra 多样性分配
eveparam 物种均匀度的参数指标
evoCA 进化对应分析
evodiss 群落间的成对系统发育差异
evodiss_family 一个致力于群落间成对系统发育差异的索引家族
evodiss_ternaryplot 一个致力于群落间成对系统发育差异的索引家族
evodiv 系统发育多样性指数
evodivparam 系统发育多样性的参数指标
evoeveparam 系统发育均匀度的参数指标
evoNSCA 演化非对称对应分析
evopcachord 进化主成分分析
evopcahellinger 进化主成分分析
evouniparam 系统发育唯一性的参数指标
generalized_Tradidiss 考虑到物种间的功能差异,图到图的差异性
gridp4d 系统发育树和数据图
Jac 有无数据的功能相异度量
K 系统发育信号的K、Kstar和Kw指数
Kstar 系统发育信号的K、Kstar和Kw指数
Kw 系统发育信号的K、Kstar和Kw指数
multiCFbinary 种内和种间相似矩阵
multiCFprop 种内和种间相似矩阵
optimEH Nee和May的优化过程
orisaved 在最佳条件下保存的最大或最小的原创性
PADDis 有无数据的功能相异度量
pIa 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
plot.abgdivparam 多样性参数指数的分配
plot.abgevodivparam 系统发育多样性参数指标的分配
plot.aptree 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
plot.decdiv 基于特征的多样性沿系统发育树节点的分解
plot.divparam 物种多样性参数指数
plot.dspca 双相似主成分分析
plot.eveparam 物种均匀度的参数指标
plot.evoCA 进化对应分析
plot.evodivparam 系统发育多样性的参数指标
plot.evoeveparam 系统发育均匀度的参数指标
plot.evouniparam 系统发育唯一性的参数指标
plot.phylo4d 系统发育树和数据图
plot.rlqESLTP 系统发育、性状、非生物变量和空间的连接模式
plot.rtestaptree 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
qDT 系统发育树上的平均多样性
QE 二次熵
qHdiv 包括一致的种间和种内成分的生物多样性度量
randEH 保存随机物种时保存的进化历史数量
rare_Rao 物种丰度数据的函数稀疏性
RDMCCP16 Ricotta等人(2016)使用的理论数据集
Rentropy Pavoine等人(2017)《功能或系统发育熵》
rlqESLTP 系统发育、性状、非生物变量和空间的连接模式
rockfish 南加州湾石斑鱼系统发育多样性研究
RP15EI Ricotta和Pavoine(2015)在生态指标中使用的理论数据集
RP15JVS 《植被科学杂志》Ricotta和Pavoine(2015)中使用的理论数据集
RPP16EE Ricotta等人(2016)在《生态学与进化》中使用的理论数据集
rtestaptree 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
rtestdecdiv 基于特征的多样性沿系统发育树节点的分解
rtestEqRao 多样性分配
rtestEqRS 多样性分配
rtestEqRSintra 多样性分配
rtestwapqe 多样性分配
RutorGlacier 冰川沉积物原生演替过程中植物群落的功能和系统发育组成。
speciesdiv 物种多样性指数
specieseve 物种均匀度指数
SQ 物种和群落之间的功能或系统发育相似性
summary.rlqESLTP 系统发育、性状、非生物变量和空间的连接模式
tecAptree 系统发育结构物种组合组织中进化和生态模式的层次划分
treeUniqueness 群落级系统发育(或功能)冗余
twoHmax 多样性指数TwoH的最大化
uniqueness 生物群落的功能唯一性与功能冗余
wapqe 多样性分配