R语言alakazam包说明文档(版本 1.0.2)

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ABBREV_AA 氨基酸缩写翻译
AbundanceCurve S4类定义克隆丰度曲线
AbundanceCurve-class S4类定义克隆丰度曲线
AbundanceCurve-method S4类定义克隆丰度曲线
alakazam 阿拉卡萨姆套餐
aliphatic 计算氨基酸序列的脂肪族指数
alphaDiversity 计算克隆α多样性
aminoAcidProperties 计算序列数据的氨基酸化学性质
baseTheme 标准绘图设置
buildPhylipLineage 用PHYLIP推断Ig谱系
bulk 计算氨基酸序列的平均体积
calcCoverage 计算样本覆盖率
calcDiversity 计算多样性指数
ChangeoClone S4类定义克隆
ChangeoClone-class S4类定义克隆
charge 计算氨基酸序列的净电荷。
checkColumns 检查数据框对于有效列,如果无效则发出消息
collapseDuplicates 删除重复的DNA序列并合并注释
combineIgphyml 将IgPhyML对象参数组合到一个数据帧中
countClones 将克隆大小制成表格
countGenes 将V(D)J等位基因、基因或家族用法制成表格。
countPatterns 计数序列模式
cpuCount 可用CPU内核
DEFAULT_COLORS 默认颜色
DiversityCurve S4类定义多样性曲线
DiversityCurve-class S4类定义多样性曲线
DiversityCurve-method S4类定义多样性曲线
DNA_COLORS 默认颜色
EdgeTest S4类定义边缘重要性
EdgeTest-class S4类定义边缘重要性
EdgeTest-method S4类定义边缘重要性
estimateAbundance 估计完整的克隆相对丰度分布
ExampleDb AIRR数据库示例
ExampleDbChangeo Change-O数据库示例
ExampleTrees Ig谱系树示例
extractVRegion 从IMGT间隙序列中提取FWRs和cdr
getAAMatrix 建立AA距离矩阵
getAllele 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称
getDNAMatrix 构建DNA距离矩阵
getFamily 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称
getGene 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称
getMRCA 检索沿袭树的第一个非根节点
getPathLengths 从树根计算路径长度
getSegment 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称
graphToPhylo 将igraph“graph”格式的树转换为ape“philo”格式。
gravy 计算氨基酸序列的疏水性
gridPlot 打印多个打印对象
groupGenes 通过基因分配对序列进行分组
IG_COLORS 默认颜色
IMGT_REGIONS IMGT V段区域
isValidAASeq 验证氨基酸序列
IUPAC_AA IUPAC歧义字符
IUPAC_CODES IUPAC歧义字符
IUPAC_DNA IUPAC歧义字符
makeChangeoClone 为沿袭构造生成ChangeoClone对象
makeTempDir 创建临时文件夹
maskSeqEnds 遮罩对齐的DNA序列的不规则的前缘和后缘
maskSeqGaps DNA序列中的缺口特征
MRCATest S4类定义边缘重要性
MRCATest-class S4类定义边缘重要性
MRCATest-method S4类定义边缘重要性
nonsquareDist 计算序列之间的成对距离
padSeqEnds 排列的DNA序列的不规则的末端
pairwiseDist 计算序列之间的成对距离
pairwiseEqual 计算序列之间的成对等价
permuteLabels 排列树的节点标签
phyloToGraph 将ape“phylo”格式的树转换为igraph“graph”格式。
plot-method S4类定义克隆丰度曲线
plot-method S4类定义多样性曲线
plot-method S4类定义边缘重要性
plot-method S4类定义边缘重要性
plotAbundanceCurve 绘制克隆丰度分布图
plotDiversityCurve 绘制字母多样性的结果
plotDiversityTest 绘制多样性测试结果
plotEdgeTest 绘制边置换测试的结果
plotMRCATest 绘制方正排列测试的结果
plotSubtrees 绘制多棵树的子树统计信息
polar 计算氨基酸序列的平均极性
print-method S4类定义克隆丰度曲线
print-method S4类定义多样性曲线
print-method S4类定义边缘重要性
print-method S4类定义边缘重要性
progressBar 标准进度条
rarefyDiversity 生成克隆多样性指数曲线
readChangeoDb 读取Change-O制表符分隔的数据库文件
readIgphyml 从IgPhyML读入输出
seqDist 计算两个序列之间的距离
seqEqual 测试DNA序列是否相等。
sortGenes 排序V(D)J基因
stoufferMeta Stouffer方法对p值的加权meta分析
summarizeSubtrees 生成树的子树摘要统计信息
tableEdges 将沿袭树中批注之间的边数制成表格
testDiversity 多样性指数的两两检验
testEdges 谱系树中父子注释加密的测试
testMRCA MRCA注释在谱系树中的富集测试
translateDNA 将核苷酸序列翻译成氨基酸
translateStrings 翻译字符串向量
TR_COLORS 默认颜色
writeChangeoDb 编写Change-O制表符分隔的数据库文件