ABBREV_AA | 氨基酸缩写翻译 | ||
AbundanceCurve | S4类定义克隆丰度曲线 | ||
AbundanceCurve-class | S4类定义克隆丰度曲线 | ||
AbundanceCurve-method | S4类定义克隆丰度曲线 | ||
alakazam | 阿拉卡萨姆套餐 | ||
aliphatic | 计算氨基酸序列的脂肪族指数 | ||
alphaDiversity | 计算克隆α多样性 | ||
aminoAcidProperties | 计算序列数据的氨基酸化学性质 | ||
baseTheme | 标准绘图设置 | ||
buildPhylipLineage | 用PHYLIP推断Ig谱系 | ||
bulk | 计算氨基酸序列的平均体积 | ||
calcCoverage | 计算样本覆盖率 | ||
calcDiversity | 计算多样性指数 | ||
ChangeoClone | S4类定义克隆 | ||
ChangeoClone-class | S4类定义克隆 | ||
charge | 计算氨基酸序列的净电荷。 | ||
checkColumns | 检查数据框对于有效列,如果无效则发出消息 | ||
collapseDuplicates | 删除重复的DNA序列并合并注释 | ||
combineIgphyml | 将IgPhyML对象参数组合到一个数据帧中 | ||
countClones | 将克隆大小制成表格 | ||
countGenes | 将V(D)J等位基因、基因或家族用法制成表格。 | ||
countPatterns | 计数序列模式 | ||
cpuCount | 可用CPU内核 | ||
DEFAULT_COLORS | 默认颜色 | ||
DiversityCurve | S4类定义多样性曲线 | ||
DiversityCurve-class | S4类定义多样性曲线 | ||
DiversityCurve-method | S4类定义多样性曲线 | ||
DNA_COLORS | 默认颜色 | ||
EdgeTest | S4类定义边缘重要性 | ||
EdgeTest-class | S4类定义边缘重要性 | ||
EdgeTest-method | S4类定义边缘重要性 | ||
estimateAbundance | 估计完整的克隆相对丰度分布 | ||
ExampleDb | AIRR数据库示例 | ||
ExampleDbChangeo | Change-O数据库示例 | ||
ExampleTrees | Ig谱系树示例 | ||
extractVRegion | 从IMGT间隙序列中提取FWRs和cdr | ||
getAAMatrix | 建立AA距离矩阵 | ||
getAllele | 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称 | ||
getDNAMatrix | 构建DNA距离矩阵 | ||
getFamily | 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称 | ||
getGene | 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称 | ||
getMRCA | 检索沿袭树的第一个非根节点 | ||
getPathLengths | 从树根计算路径长度 | ||
getSegment | 获取Ig片段等位基因、基因和家族名称 | ||
graphToPhylo | 将igraph“graph”格式的树转换为ape“philo”格式。 | ||
gravy | 计算氨基酸序列的疏水性 | ||
gridPlot | 打印多个打印对象 | ||
groupGenes | 通过基因分配对序列进行分组 | ||
IG_COLORS | 默认颜色 | ||
IMGT_REGIONS | IMGT V段区域 | ||
isValidAASeq | 验证氨基酸序列 | ||
IUPAC_AA | IUPAC歧义字符 | ||
IUPAC_CODES | IUPAC歧义字符 | ||
IUPAC_DNA | IUPAC歧义字符 | ||
makeChangeoClone | 为沿袭构造生成ChangeoClone对象 | ||
makeTempDir | 创建临时文件夹 | ||
maskSeqEnds | 遮罩对齐的DNA序列的不规则的前缘和后缘 | ||
maskSeqGaps | DNA序列中的缺口特征 | ||
MRCATest | S4类定义边缘重要性 | ||
MRCATest-class | S4类定义边缘重要性 | ||
MRCATest-method | S4类定义边缘重要性 | ||
nonsquareDist | 计算序列之间的成对距离 | ||
padSeqEnds | 排列的DNA序列的不规则的末端 | ||
pairwiseDist | 计算序列之间的成对距离 | ||
pairwiseEqual | 计算序列之间的成对等价 | ||
permuteLabels | 排列树的节点标签 | ||
phyloToGraph | 将ape“phylo”格式的树转换为igraph“graph”格式。 | ||
plot-method | S4类定义克隆丰度曲线 | ||
plot-method | S4类定义多样性曲线 | ||
plot-method | S4类定义边缘重要性 | ||
plot-method | S4类定义边缘重要性 | ||
plotAbundanceCurve | 绘制克隆丰度分布图 | ||
plotDiversityCurve | 绘制字母多样性的结果 | ||
plotDiversityTest | 绘制多样性测试结果 | ||
plotEdgeTest | 绘制边置换测试的结果 | ||
plotMRCATest | 绘制方正排列测试的结果 | ||
plotSubtrees | 绘制多棵树的子树统计信息 | ||
polar | 计算氨基酸序列的平均极性 | ||
print-method | S4类定义克隆丰度曲线 | ||
print-method | S4类定义多样性曲线 | ||
print-method | S4类定义边缘重要性 | ||
print-method | S4类定义边缘重要性 | ||
progressBar | 标准进度条 | ||
rarefyDiversity | 生成克隆多样性指数曲线 | ||
readChangeoDb | 读取Change-O制表符分隔的数据库文件 | ||
readIgphyml | 从IgPhyML读入输出 | ||
seqDist | 计算两个序列之间的距离 | ||
seqEqual | 测试DNA序列是否相等。 | ||
sortGenes | 排序V(D)J基因 | ||
stoufferMeta | Stouffer方法对p值的加权meta分析 | ||
summarizeSubtrees | 生成树的子树摘要统计信息 | ||
tableEdges | 将沿袭树中批注之间的边数制成表格 | ||
testDiversity | 多样性指数的两两检验 | ||
testEdges | 谱系树中父子注释加密的测试 | ||
testMRCA | MRCA注释在谱系树中的富集测试 | ||
translateDNA | 将核苷酸序列翻译成氨基酸 | ||
translateStrings | 翻译字符串向量 | ||
TR_COLORS | 默认颜色 | ||
writeChangeoDb | 编写Change-O制表符分隔的数据库文件 |