| bagpipe | 确定候选α/β对。 | ||
| chain_scores | 计算α链和β链对之间的关联分数。 | ||
| combine_freq_results | 结合来自单个TCR克隆和双TCR克隆的频率估计结果 | ||
| create_clones | 创建一组具有特定克隆结构的合成克隆 | ||
| create_data | 用指定的克隆结构模拟从alphabetr方法获得的测序数据 | ||
| create_data_singlecells | 模拟测序数据获得单细胞测序 | ||
| dual_discrim_dual_likelihood | 计算两个共享候选alpha-beta对的可能性 | ||
| dual_discrim_shared_likelihood | 计算两个共享候选alpha-beta对的可能性 | ||
| dual_eval | 为模拟alphabetr实验计算双深度和假双速率 | ||
| dual_tail | 区分β共享克隆和双αTCR克隆（针对稀有克隆优化） | ||
| dual_top | 区分beta共享克隆和双alpha TCR克隆（针对普通克隆优化） | ||
| freq_estimate | 用alphabetr鉴定克隆的频率估计 | ||
| freq_eval | 计算频率估计的精度、CV和精度 | ||
| likelihood_dual | 计算双α或双βTCR克隆频率估计的似然曲线 | ||
| likelihood_dualdual | 计算双α和双βTCR克隆频率估计的似然曲线 | ||
| likelihood_single | 计算单个TCR克隆频率估计的似然曲线 | ||
| read_alphabetr | 将字母测序数据读入bagpipe（）所需的二进制矩阵形式 |