R语言amt包说明文档(版本 0.1.3)

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amt-package 动物运动工具
amt 动物运动工具
amt_fisher 四个渔民的GPS轨迹
amt_fisher_covar 渔民环境数据
append_x1 追加must
as_bcpa 将曲目强制为其他格式。
as_bcpa.track_xyt 将曲目强制为其他格式。
as_degree 将角度转换为弧度
as_ltraj 将曲目强制为其他格式。
as_ltraj.track_xy 将曲目强制为其他格式。
as_ltraj.track_xyt 将曲目强制为其他格式。
as_move 将曲目强制为其他格式。
as_move.track_xyt 将曲目强制为其他格式。
as_moveHMM 将曲目强制为其他格式。
as_moveHMM.track_xy 将曲目强制为其他格式。
as_rad 将角度转换为弧度
as_sf_lines 将轨迹导出到线条
as_sf_points 将轨迹导出到点
as_sp 将曲目强制为其他格式。
as_sp.steps_xy 将曲目强制为其他格式。
as_telemetry 将曲目强制为其他格式。
as_telemetry.track_xyt 将曲目强制为其他格式。
as_track 强迫跟踪
as_track.sfc_POINT 强迫跟踪
as_track.SpatialPoints 强迫跟踪
as_track.steps_xyt 强迫跟踪
available_distr 显示步长和转角的可用分布。
bbox 获取轨迹的边界框。
bbox.steps_xy 获取轨迹的边界框。
bbox.track_xy 获取轨迹的边界框。
centroid 计算轨迹的质心。
centroid.track_xy 计算轨迹的质心。
coercion 将曲目强制为其他格式。
convert_angles 将角度转换为弧度
coords 轨道的坐标。
coords.track_xy 轨道的坐标。
crs 坐标参考系
cum_dist 移动度量
cum_ud 计算累计UD
deer 1只马鹿搬迁
diff_x 跟踪方法
diff_x.track_xy 跟踪方法
diff_y 跟踪方法
diff_y.track_xy 跟踪方法
direction_abs 创建和使用步骤的函数
direction_abs.track_xy 创建和使用步骤的函数
direction_rel 创建和使用步骤的函数
direction_rel.track_xy 创建和使用步骤的函数
dispersal_kernel 创建分散内核
distance_to_center 中心距
distance_to_center.numeric 中心距
distance_to_center.track_xy 中心距
distance_to_centers 中心距
distance_to_centers.track_xy 中心距
distributions 将分布作为对象使用的函数
distr_name 步长分布和转角分布的名称
dist_cent 中心距
extent_both 轨道的坐标。
extent_both.track_xy 轨道的坐标。
extent_max 轨道的坐标。
extent_max.track_xy 轨道的坐标。
extent_x 轨道的坐标。
extent_x.track_xy 轨道的坐标。
extent_y 轨道的坐标。
extent_y.track_xy 轨道的坐标。
extract_covariates 提取协变量值
extract_covariates.random_points 提取协变量值
extract_covariates.steps_xy 提取协变量值
extract_covariates.track_xy 提取协变量值
extract_covariates_along 提取协变量值
extract_covariates_along.steps_xy 提取协变量值
extract_covariates_var_time 提取协变量值
extract_covariates_var_time.steps_xyt 提取协变量值
extract_covariates_var_time.track_xyt 提取协变量值
filter_min_n_burst 按重定位次数过滤突发事件
filter_min_n_burst.track_xy 按重定位次数过滤突发事件
fit_clogit 拟合条件logistic回归
fit_ctmm 用“ctmm”拟合连续时间运动模型
fit_distr 根据数据调整分布
fit_issf 拟合条件logistic回归
fit_logit 拟合逻辑回归
fit_rsf 拟合逻辑回归
fit_ssf 拟合条件logistic回归
from 轨道持续时间
from.track_xyt 轨道持续时间
from_to 轨道持续时间
from_to.track_xyt 轨道持续时间
get_crs 坐标参考系
get_distr 获取分布和参数
habitat_kernel 从已安装的SSF模拟UD
has_crs 坐标参考系
helper 轨道的坐标。
hr 主范围
hr_akde 主范围
hr_akde.track_xyt 主范围
hr_area 主范围
hr_area.hr 主范围
hr_cud 计算累计UD
hr_cud.RasterLayer 计算累计UD
hr_intersection 计算原点交点的不同方法
hr_intersection.hr_prob 计算原点交点的不同方法
hr_isopleths 主范围
hr_kde 主范围
hr_kde.track_xy 主范围
hr_kde_lscv 主范围
hr_kde_pi 主范围
hr_kde_pi.track_xy 主范围
hr_kde_ref 主范围
hr_kde_ref.track_xy 主范围
hr_kde_ref_scaled 选择用于核密度估计的带宽
hr_locoh 主范围
hr_locoh.track_xy 主范围
hr_mcp 主范围
hr_mcp.track_xy 主范围
hr_od 主范围
hr_od.track_xyt 主范围
hr_overlap 计算原点重叠的不同方法
hr_overlap.hr 计算原点重叠的不同方法
hr_overlap.list 计算原点重叠的不同方法
hr_overlaps 计算原点重叠的不同方法
hr_to_sf 转换
hr_to_sf.tbl_df 转换
hr_ud 获得概率归属范围的利用率分布
inspect 检查轨道
inspect.track_xy 检查轨道
intensity_use 移动度量
log_rss 计算拟合模型的对数RSS
log_rss.fit_clogit 计算拟合模型的对数RSS
log_rss.glm 计算拟合模型的对数RSS
make_distribution 将分布作为对象使用的函数
make_exp_distr 将分布作为对象使用的函数
make_gamma_distr 将分布作为对象使用的函数
make_track 创建a_b*
make_trast 轨道的坐标。
make_trast.track_xy 轨道的坐标。
make_unif_distr 将分布作为对象使用的函数
make_vonmises_distr 将分布作为对象使用的函数
mk_track 创建a_b*
movement_kernel 从已安装的SSF模拟UD
movement_metrics 移动度量
msd 移动度量
nsd 跟踪方法
nsd.track_xy 跟踪方法
od 产状分布
od.track_xyt 产状分布
params 从(拟合的)分布中获取参数
plot.log_rss 绘制a_b对象
plot_sl 绘制步长分布图
plot_sl.fit_clogit 绘制步长分布图
plot_sl.random_steps 绘制步长分布图
random_numbers 将分布作为对象使用的函数
random_numbers.amt_distr 将分布作为对象使用的函数
random_numbers.vonmises_distr 将分布作为对象使用的函数
random_points 生成随机点
random_points.hr 生成随机点
random_points.sf 生成随机点
random_points.SpatialPolygons 生成随机点
random_points.track_xy 生成随机点
random_steps 生成随机步骤
random_steps.numeric 生成随机步骤
random_steps.steps_xy 生成随机步骤
range_both 轨道的坐标。
range_both.track_xy 轨道的坐标。
range_x 轨道的坐标。
range_x.track_xy 轨道的坐标。
range_y 轨道的坐标。
range_y.track_xy 轨道的坐标。
remove_capture 移除捕捉效果
remove_capture_effect 移除捕捉效果
remove_capture_effect.track_xyt 移除捕捉效果
rolling_od 产状分布
rolling_od.track_xyt 产状分布
sh 1只马鹿搬迁
sh_forest 森林覆盖率
simulate_tud 从已安装的SSF模拟UD
simulate_ud 从已安装的SSF模拟UD
simulate_ud_from_dk 从分散内核模拟UD
simulate_xy 模拟轨迹
sim_ud 从已安装的SSF模拟UD
sinuosity 移动度量
site_fidelity 动物运动的现场逼真度试验。
site_fidelty 动物运动的现场逼真度试验。
site_fidelty.steps_xy 动物运动的现场逼真度试验。
sl_distr 获取分布和参数
sl_distr.fit_clogit 获取分布和参数
sl_distr.random_steps 获取分布和参数
sl_distr_name 步长分布和转角分布的名称
sl_distr_name.fit_clogit 步长分布和转角分布的名称
sl_distr_name.random_steps 步长分布和转角分布的名称
sl_distr_params 从(拟合的)分布中获取参数
sl_distr_params.fit_clogit 从(拟合的)分布中获取参数
sl_distr_params.random_steps 从(拟合的)分布中获取参数
speed 速度
speed.track_xyt 速度
steps 创建和使用步骤的函数
steps.track_xy 创建和使用步骤的函数
steps.track_xyt 创建和使用步骤的函数
steps_by_burst 创建和使用步骤的函数
steps_by_burst.track_xyt 创建和使用步骤的函数
step_lengths 创建和使用步骤的函数
step_lengths.track_xy 创建和使用步骤的函数
straightness 移动度量
summarize_sampling_rate 返回采样率的摘要
summarize_sampling_rate.track_xyt 返回采样率的摘要
summarize_sampling_rate_many 返回采样率的摘要
summarize_sampling_rate_many.track_xyt 返回采样率的摘要
tac 移动度量
ta_distr 获取分布和参数
ta_distr.fit_clogit 获取分布和参数
ta_distr.random_steps 获取分布和参数
ta_distr_name 步长分布和转角分布的名称
ta_distr_name.fit_clogit 步长分布和转角分布的名称
ta_distr_name.random_steps 步长分布和转角分布的名称
ta_distr_params 从(拟合的)分布中获取参数
ta_distr_params.fit_clogit 从(拟合的)分布中获取参数
ta_distr_params.random_steps 从(拟合的)分布中获取参数
time_of_day 一天中进行修复的时间
time_of_day.steps_xyt 一天中进行修复的时间
time_of_day.track_xyt 一天中进行修复的时间
to 轨道持续时间
to.track_xyt 轨道持续时间
tot_dist 移动度量
track 创建a_b*
track_align 选择适合新时间序列的重新定位
track_align.track_xyt 选择适合新时间序列的重新定位
track_methods 跟踪方法
track_resample 重采样轨迹
track_resample.track_xyt 重采样轨迹
transform_coords 转换CRS
transform_coords.track_xy 转换CRS
transform_crs 转换CRS
update_distr_man 手动更新a_b
update_exp 手动更新a_b
update_gamma 手动更新a_b
update_sl_distr 更新移动分布
update_ta_distr 更新移动分布
update_vonmises 手动更新a_b
velocity 跟踪方法
velocity.track_xyt 跟踪方法