R语言amt包说明文档(版本 0.1.3)
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amt-package
动物运动工具
amt
动物运动工具
amt_fisher
四个渔民的GPS轨迹
amt_fisher_covar
渔民环境数据
append_x1
追加must
as_bcpa
将曲目强制为其他格式。
as_bcpa.track_xyt
将曲目强制为其他格式。
as_degree
将角度转换为弧度
as_ltraj
将曲目强制为其他格式。
as_ltraj.track_xy
将曲目强制为其他格式。
as_ltraj.track_xyt
将曲目强制为其他格式。
as_move
将曲目强制为其他格式。
as_move.track_xyt
将曲目强制为其他格式。
as_moveHMM
将曲目强制为其他格式。
as_moveHMM.track_xy
将曲目强制为其他格式。
as_rad
将角度转换为弧度
as_sf_lines
将轨迹导出到线条
as_sf_points
将轨迹导出到点
as_sp
将曲目强制为其他格式。
as_sp.steps_xy
将曲目强制为其他格式。
as_telemetry
将曲目强制为其他格式。
as_telemetry.track_xyt
将曲目强制为其他格式。
as_track
强迫跟踪
as_track.sfc_POINT
强迫跟踪
as_track.SpatialPoints
强迫跟踪
as_track.steps_xyt
强迫跟踪
available_distr
显示步长和转角的可用分布。
bbox
获取轨迹的边界框。
bbox.steps_xy
获取轨迹的边界框。
bbox.track_xy
获取轨迹的边界框。
centroid
计算轨迹的质心。
centroid.track_xy
计算轨迹的质心。
coercion
将曲目强制为其他格式。
convert_angles
将角度转换为弧度
coords
轨道的坐标。
coords.track_xy
轨道的坐标。
crs
坐标参考系
cum_dist
移动度量
cum_ud
计算累计UD
deer
1只马鹿搬迁
diff_x
跟踪方法
diff_x.track_xy
跟踪方法
diff_y
跟踪方法
diff_y.track_xy
跟踪方法
direction_abs
创建和使用步骤的函数
direction_abs.track_xy
创建和使用步骤的函数
direction_rel
创建和使用步骤的函数
direction_rel.track_xy
创建和使用步骤的函数
dispersal_kernel
创建分散内核
distance_to_center
中心距
distance_to_center.numeric
中心距
distance_to_center.track_xy
中心距
distance_to_centers
中心距
distance_to_centers.track_xy
中心距
distributions
将分布作为对象使用的函数
distr_name
步长分布和转角分布的名称
dist_cent
中心距
extent_both
轨道的坐标。
extent_both.track_xy
轨道的坐标。
extent_max
轨道的坐标。
extent_max.track_xy
轨道的坐标。
extent_x
轨道的坐标。
extent_x.track_xy
轨道的坐标。
extent_y
轨道的坐标。
extent_y.track_xy
轨道的坐标。
extract_covariates
提取协变量值
extract_covariates.random_points
提取协变量值
extract_covariates.steps_xy
提取协变量值
extract_covariates.track_xy
提取协变量值
extract_covariates_along
提取协变量值
extract_covariates_along.steps_xy
提取协变量值
extract_covariates_var_time
提取协变量值
extract_covariates_var_time.steps_xyt
提取协变量值
extract_covariates_var_time.track_xyt
提取协变量值
filter_min_n_burst
按重定位次数过滤突发事件
filter_min_n_burst.track_xy
按重定位次数过滤突发事件
fit_clogit
拟合条件logistic回归
fit_ctmm
用“ctmm”拟合连续时间运动模型
fit_distr
根据数据调整分布
fit_issf
拟合条件logistic回归
fit_logit
拟合逻辑回归
fit_rsf
拟合逻辑回归
fit_ssf
拟合条件logistic回归
from
轨道持续时间
from.track_xyt
轨道持续时间
from_to
轨道持续时间
from_to.track_xyt
轨道持续时间
get_crs
坐标参考系
get_distr
获取分布和参数
habitat_kernel
从已安装的SSF模拟UD
has_crs
坐标参考系
helper
轨道的坐标。
hr
主范围
hr_akde
主范围
hr_akde.track_xyt
主范围
hr_area
主范围
hr_area.hr
主范围
hr_cud
计算累计UD
hr_cud.RasterLayer
计算累计UD
hr_intersection
计算原点交点的不同方法
hr_intersection.hr_prob
计算原点交点的不同方法
hr_isopleths
主范围
hr_kde
主范围
hr_kde.track_xy
主范围
hr_kde_lscv
主范围
hr_kde_pi
主范围
hr_kde_pi.track_xy
主范围
hr_kde_ref
主范围
hr_kde_ref.track_xy
主范围
hr_kde_ref_scaled
选择用于核密度估计的带宽
hr_locoh
主范围
hr_locoh.track_xy
主范围
hr_mcp
主范围
hr_mcp.track_xy
主范围
hr_od
主范围
hr_od.track_xyt
主范围
hr_overlap
计算原点重叠的不同方法
hr_overlap.hr
计算原点重叠的不同方法
hr_overlap.list
计算原点重叠的不同方法
hr_overlaps
计算原点重叠的不同方法
hr_to_sf
转换
hr_to_sf.tbl_df
转换
hr_ud
获得概率归属范围的利用率分布
inspect
检查轨道
inspect.track_xy
检查轨道
intensity_use
移动度量
log_rss
计算拟合模型的对数RSS
log_rss.fit_clogit
计算拟合模型的对数RSS
log_rss.glm
计算拟合模型的对数RSS
make_distribution
将分布作为对象使用的函数
make_exp_distr
将分布作为对象使用的函数
make_gamma_distr
将分布作为对象使用的函数
make_track
创建a_b*
make_trast
轨道的坐标。
make_trast.track_xy
轨道的坐标。
make_unif_distr
将分布作为对象使用的函数
make_vonmises_distr
将分布作为对象使用的函数
mk_track
创建a_b*
movement_kernel
从已安装的SSF模拟UD
movement_metrics
移动度量
msd
移动度量
nsd
跟踪方法
nsd.track_xy
跟踪方法
od
产状分布
od.track_xyt
产状分布
params
从(拟合的)分布中获取参数
plot.log_rss
绘制a_b对象
plot_sl
绘制步长分布图
plot_sl.fit_clogit
绘制步长分布图
plot_sl.random_steps
绘制步长分布图
random_numbers
将分布作为对象使用的函数
random_numbers.amt_distr
将分布作为对象使用的函数
random_numbers.vonmises_distr
将分布作为对象使用的函数
random_points
生成随机点
random_points.hr
生成随机点
random_points.sf
生成随机点
random_points.SpatialPolygons
生成随机点
random_points.track_xy
生成随机点
random_steps
生成随机步骤
random_steps.numeric
生成随机步骤
random_steps.steps_xy
生成随机步骤
range_both
轨道的坐标。
range_both.track_xy
轨道的坐标。
range_x
轨道的坐标。
range_x.track_xy
轨道的坐标。
range_y
轨道的坐标。
range_y.track_xy
轨道的坐标。
remove_capture
移除捕捉效果
remove_capture_effect
移除捕捉效果
remove_capture_effect.track_xyt
移除捕捉效果
rolling_od
产状分布
rolling_od.track_xyt
产状分布
sh
1只马鹿搬迁
sh_forest
森林覆盖率
simulate_tud
从已安装的SSF模拟UD
simulate_ud
从已安装的SSF模拟UD
simulate_ud_from_dk
从分散内核模拟UD
simulate_xy
模拟轨迹
sim_ud
从已安装的SSF模拟UD
sinuosity
移动度量
site_fidelity
动物运动的现场逼真度试验。
site_fidelty
动物运动的现场逼真度试验。
site_fidelty.steps_xy
动物运动的现场逼真度试验。
sl_distr
获取分布和参数
sl_distr.fit_clogit
获取分布和参数
sl_distr.random_steps
获取分布和参数
sl_distr_name
步长分布和转角分布的名称
sl_distr_name.fit_clogit
步长分布和转角分布的名称
sl_distr_name.random_steps
步长分布和转角分布的名称
sl_distr_params
从(拟合的)分布中获取参数
sl_distr_params.fit_clogit
从(拟合的)分布中获取参数
sl_distr_params.random_steps
从(拟合的)分布中获取参数
speed
速度
speed.track_xyt
速度
steps
创建和使用步骤的函数
steps.track_xy
创建和使用步骤的函数
steps.track_xyt
创建和使用步骤的函数
steps_by_burst
创建和使用步骤的函数
steps_by_burst.track_xyt
创建和使用步骤的函数
step_lengths
创建和使用步骤的函数
step_lengths.track_xy
创建和使用步骤的函数
straightness
移动度量
summarize_sampling_rate
返回采样率的摘要
summarize_sampling_rate.track_xyt
返回采样率的摘要
summarize_sampling_rate_many
返回采样率的摘要
summarize_sampling_rate_many.track_xyt
返回采样率的摘要
tac
移动度量
ta_distr
获取分布和参数
ta_distr.fit_clogit
获取分布和参数
ta_distr.random_steps
获取分布和参数
ta_distr_name
步长分布和转角分布的名称
ta_distr_name.fit_clogit
步长分布和转角分布的名称
ta_distr_name.random_steps
步长分布和转角分布的名称
ta_distr_params
从(拟合的)分布中获取参数
ta_distr_params.fit_clogit
从(拟合的)分布中获取参数
ta_distr_params.random_steps
从(拟合的)分布中获取参数
time_of_day
一天中进行修复的时间
time_of_day.steps_xyt
一天中进行修复的时间
time_of_day.track_xyt
一天中进行修复的时间
to
轨道持续时间
to.track_xyt
轨道持续时间
tot_dist
移动度量
track
创建a_b*
track_align
选择适合新时间序列的重新定位
track_align.track_xyt
选择适合新时间序列的重新定位
track_methods
跟踪方法
track_resample
重采样轨迹
track_resample.track_xyt
重采样轨迹
transform_coords
转换CRS
transform_coords.track_xy
转换CRS
transform_crs
转换CRS
update_distr_man
手动更新a_b
update_exp
手动更新a_b
update_gamma
手动更新a_b
update_sl_distr
更新移动分布
update_ta_distr
更新移动分布
update_vonmises
手动更新a_b
velocity
跟踪方法
velocity.track_xyt
跟踪方法