R语言ape包说明文档（版本 5.4-1）

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ape-package 系统发育与进化分析
AAbin 氨基酸序列
AAsubst 氨基酸序列
abbreviateGenus 标签管理
ace 祖先特征估计
add.scale.bar 向系统发育图添加比例尺
additive 不完全距离矩阵填充
AIC.ace 祖先特征估计
alex 多设备对齐资源管理器
all.equal.DNAbin 比较DNA集
all.equal.phylo 两种系统发育的整体比较
alview 打印DNA或AA序列比对
anova.ace 祖先特征估计
ape 系统发育与进化分析
apetools 浏览文件的工具
arecompatible 检查拆分的兼容性
as.AAbin 氨基酸序列
as.AAbin.AAMultipleAlignment 氨基酸序列
as.AAbin.AAString 氨基酸序列
as.AAbin.AAStringSet 氨基酸序列
as.AAbin.character 氨基酸序列
as.AAbin.list 氨基酸序列
as.alignment DNA序列内部格式的转换
as.bitsplits 分裂频率和分裂类间的转换
as.bitsplits.prop.part 分裂频率和分裂类间的转换
as.character.AAbin 氨基酸序列
as.character.DNAbin DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.alignment DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.character DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.DNAMultipleAlignment DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.DNAString DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.DNAStringSet DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.list DNA序列内部格式的转换
as.DNAbin.PairwiseAlignmentsSingleSubject DNA序列内部格式的转换
as.evonet 进化网络
as.evonet.phylo 进化网络
as.hclust.phylo 树和网络对象之间的转换
as.igraph 树和网络对象之间的转换
as.igraph.evonet 进化网络
as.igraph.phylo 树和网络对象之间的转换
as.list.AAbin 氨基酸序列
as.list.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
as.matching Phylo和匹配对象之间的转换
as.matching.phylo Phylo和匹配对象之间的转换
as.matrix.AAbin 氨基酸序列
as.matrix.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
as.network.evonet 进化网络
as.network.phylo 树和网络对象之间的转换
as.networx.evonet 进化网络
as.phyDat.AAbin 氨基酸序列
as.phylo 树和网络对象之间的转换
as.phylo.evonet 进化网络
as.phylo.formula 从分类学变量到系统发育树的转换
as.phylo.hclust 树和网络对象之间的转换
as.phylo.matching Phylo和匹配对象之间的转换
as.phylo.phylog 树和网络对象之间的转换
as.prop.part 分裂频率和分裂类间的转换
as.prop.part.bitsplits 分裂频率和分裂类间的转换
axisPhylo 系统发育轴
balance 二叉系统发育树的平衡
base.freq DNA序列的碱基频率
bd.ext 估计物种形成和灭绝率的生灭模型的扩展版本
bd.time 含时生灭模型
binaryPGLMM 二元数据系统发育广义线性混合模型
binaryPGLMM.sim 二元数据系统发育广义线性混合模型
bind.tree 绑定树
bionj 基于改进NJ算法的树估计
bionjs 用NJ*或bio-NJ从不完全距离重建树*
biplot.pcoa 主坐标分析
bird.families 西伯利亚和阿奎斯特鸟类科的系统发育
bird.orders 西伯利亚和阿奎斯特鸟类目的系统发育
birthdeath 用生灭模型估计物种形成和灭绝率
bitsplits 分裂频率和分裂类间的转换
boot.phylo 树二分与自举系统发育
branching.times 系统发育树的分枝时间
bydir 浏览文件的工具
c.AAbin 氨基酸序列
c.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
c.multiPhylo 构建树列表
c.phylo 构建树列表
CADM 距离矩阵间的同余
CADM.global 距离矩阵间的同余
CADM.post 距离矩阵间的同余
carnivora 食肉动物体型和生活史特征
cbind.AAbin 氨基酸序列
cbind.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
checkAlignment 检查DNA比对
checkLabel 检查标签
checkValidPhylo 检查“phylo”对象的结构
cherry 樱桃数和树的空模型
chiroptera 蝙蝠系统发育
chronoMPL 平均路径长度的分子定年
chronopl 惩罚似然的分子定年
chronos 惩罚似然法和极大似然法测定分子年龄
chronos.control 惩罚似然法和极大似然法测定分子年龄
cladewise 树的内部重新排序
clustal 与外部应用程序的多序列比对
clustalomega 与外部应用程序的多序列比对
coalescent.intervals 聚结层
coalescent.intervals.default 聚结层
coalescent.intervals.phylo 聚结层
coef.corBlomberg Blomberg等人的相关结构
coef.corBrownian 布朗相关结构
coef.corGrafen Grafen（1989）关联结构
coef.corMartins 马丁斯（1997）相关结构
coef.corPagel Pagel的lambda关联结构
collapse.singles 折叠单个节点
collapsed.intervals 塌陷的聚结层段
compar.cheverud 切弗鲁德比较法
compar.gee 与GEEs的对比分析
compar.lynch 林奇比较法
compar.ou 连续字符的Ornstein-Uhlenbeck模型
comparePhylo 比较两个“phylo”对象
complement 从DNA到氨基酸序列的翻译
compute.brlen 分支长度计算
compute.brtime 计算并设置分支时间
consensus 共析树
cophenetic.phylo 系统发育树的成对距离
cophyloplot 绘制两个系统发育树面对面与链接之间的提示。
corBlomberg Blomberg等人的相关结构
corBrownian 布朗相关结构
corClasses 系统发育相关结构
corGrafen Grafen（1989）关联结构
corMartins 马丁斯（1997）相关结构
corMatrix.corBlomberg Blomberg等人的相关结构
corMatrix.corBrownian 布朗相关结构
corMatrix.corGrafen Grafen（1989）关联结构
corMatrix.corMartins 马丁斯（1997）相关结构
corMatrix.corPagel Pagel的lambda关联结构
corPagel Pagel的lambda关联结构
corPhyl 系统发育相关结构
corphylo 系统发育信号与多性状间的相关性
correlogram.formula 系统发育相关图
countBipartitions 分裂频率和分裂类间的转换
cynipids NEXUS数据示例
data.nex NEXUS数据示例
dbd 生灭模型下的概率密度
dbdTime 生灭模型下的概率密度
def 用于打印或注释的向量的定义
del.colgapsonly 删除DNA序列中的比对间隙
del.gaps 删除DNA序列中的比对间隙
del.rowgapsonly 删除DNA序列中的比对间隙
delta.plot 三角洲图
deviance.ace 祖先特征估计
di2multi 折叠和解析多个照片
di2multi.multiPhylo 折叠和解析多个照片
di2multi.phylo 折叠和解析多个照片
dist.aa 氨基酸序列
dist.dna DNA序列的成对距离
dist.gene 遗传数据的成对距离
dist.nodes 系统发育树的成对距离
dist.topo 两棵树的拓扑距离
diversi.gof 固定多样化比率测试
diversi.time 多元化经营的生存模型分析
diversity.contrast.test 多样性对比试验
DNAbin 以位级格式操作DNA序列
DNAbin2indel 重新编码索引块
dnds dN/dS比率
drawSupportOnEdges 绘制和注释系统发育的额外功能
drop.fossil 时间相关生灭模型下的树模拟
drop.tip 删除系统发育树中的提示
drop1.compar.gee 与GEEs的对比分析
dyule 生灭模型下的概率密度
edgelabels 标记树的节点、尖端和边
edges 在打印的树上绘制其他边
editFileExtensions 浏览文件的工具
estimate.dates 节点.日期
estimate.mu 节点.日期
evonet 进化网络
ewLasso 无根拓扑的不完全距离和边权
extract.clade 删除系统发育树中的提示
extract.popsize 用MCMC推断人口统计史
fancyarrows 在打印的树上绘制其他边
FastME 基于最小进化算法的树估计
fastme 基于最小进化算法的树估计
fastme.bal 基于最小进化算法的树估计
fastme.ols 基于最小进化算法的树估计
find.skyline.epsilon 有效种群规模的天际线图估计
Ftab DNA序列的碱基频率
gammaStat Pybus和Harvey的Gamma统计量
GC.content DNA序列的碱基频率
getAnnotationsGenBank 从GenBank读取注释
getMRCA 在对之间查找最近的共同祖先
gopher.D 寄主-寄生虫共进化试验
has.singles 折叠单个节点
hivtree 193个HIV-1基因序列的系统发育树分析
hivtree.newick 193个HIV-1基因序列的系统发育树分析
hivtree.table 193个HIV-1基因序列的系统发育树分析
howmanytrees 计算系统发育树的数目
HP.links 寄主-寄生虫共进化试验
identify.phylo 节点和提示的图形标识
image.AAbin 氨基酸序列
image.DNAbin DNA序列比对图
Initialize.corPhyl 初始化“corPhyl”结构对象
is.binary 二叉树测试
is.binary.multiPhylo 二叉树测试
is.binary.phylo 二叉树测试
is.binary.tree 二叉树测试
is.compatible 检查拆分的兼容性
is.compatible.bitsplits 检查拆分的兼容性
is.monophyletic 群是单系的吗
is.rooted 根系统发育树
is.rooted.multiPhylo 根系统发育树
is.rooted.phylo 根系统发育树
is.ultrametric 测试树是否是超度量的
is.ultrametric.multiPhylo 测试树是否是超度量的
is.ultrametric.phylo 测试树是否是超度量的
keep.tip 删除系统发育树中的提示
kronoviz 在同一刻度上绘制多个计时图
label2table 标签管理
labels.AAbin 氨基酸序列
labels.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
ladderize 使树变绿
latag2n 前导和尾随对齐间隙到N
lice.D 寄主-寄生虫共进化试验
lines.popsize 用MCMC推断人口统计史
lines.skyline 绘制天际线图
lmorigin 原点多元回归
lmorigin.ex1 原点多元回归
lmorigin.ex2 原点多元回归
logLik.ace 祖先特征估计
LTT 通过时间图的理论谱系
ltt.coplot 通过时间图的谱系
ltt.lines 通过时间图的谱系
ltt.plot 通过时间图的谱系
ltt.plot.coords 通过时间图的谱系
makeChronosCalib 惩罚似然法和极大似然法测定分子年龄
makeLabel 标签管理
makeLabel.character 标签管理
makeLabel.DNAbin 标签管理
makeLabel.multiPhylo 标签管理
makeLabel.phylo 标签管理
makeNodeLabel 生成节点标签
mantel.test 两矩阵相似性的Mantel检验
mat3 三矩阵
mat5M3ID 五棵树
mat5Mrand 五棵独立的树
matching Phylo和匹配对象之间的转换
matexpo 矩阵指数
mcconwaysims.test 同质多样化的McConway-Sims检验
mcmc.popsize 用MCMC推断人口统计史
mixedFontLabel 用于打印的混合字体标签
mltt.plot 通过时间图的谱系
Moran.I 莫兰I自相关指数
MPR 最节省的重建
mrca 在对之间查找最近的共同祖先
mst 最小生成树
multi2di 折叠和解析多个照片
multi2di.multiPhylo 折叠和解析多个照片
multi2di.phylo 折叠和解析多个照片
multiphylo 操纵树列表
muscle 与外部应用程序的多序列比对
mvr 最小方差缩减
mvrs 最小方差缩减
Nedge 打印系统发育摘要
Nedge.evonet 进化网络
Nedge.multiPhylo 打印系统发育摘要
Nedge.phylo 打印系统发育摘要
new2old.phylo 树和网络对象之间的转换
nexus2DNAbin 以NEXUS格式读取字符数据
nj 邻接树估计
njs 用NJ*或bio-NJ从不完全距离重建树*
Nnode 打印系统发育摘要
Nnode.multiPhylo 打印系统发育摘要
Nnode.phylo 打印系统发育摘要
node.dating 节点.日期
node.depth 节点和尖端的深度和高度
node.depth.edgelength 节点和尖端的深度和高度
node.height 节点和尖端的深度和高度
nodelabels 标记树的节点、尖端和边
nodepath 查找节点路径
Ntip 打印系统发育摘要
Ntip.multiPhylo 打印系统发育摘要
Ntip.phylo 打印系统发育摘要
old2new.phylo 树和网络对象之间的转换
parafit 寄主-寄生虫共进化试验
pcoa 主坐标分析
phydataplot 树批注
phylo 读取插入格式的树文件
phymltest 适合一组带有PhyML的模型
pic 系统发育独立对比
pic.ortho 系统发育独立的正态对照
plot.correlogram 绘制相关图
plot.correlogramList 绘制相关图
plot.evonet 进化网络
plot.mst 最小生成树
plot.multiPhylo 谱系发生
plot.phylo 谱系发生
plot.phylo.extra 绘制和注释系统发育的额外功能
plot.phymltest 适合一组带有PhyML的模型
plot.popsize 用MCMC推断人口统计史
plot.prop.part 树二分与自举系统发育
plot.skyline 绘制天际线图
plot.varcomp 绘制方差分量
plotBreakLongEdges 绘制和注释系统发育的额外功能
plotTreeTime 带时间轴的绘图树
postorder 树的内部重新排序
predict.compar.gee 与GEEs的对比分析
print.AAbin 氨基酸序列
print.ace 祖先特征估计
print.binaryPGLMM 二元数据系统发育广义线性混合模型
print.birthdeath 用生灭模型估计物种形成和灭绝率
print.bitsplits 分裂频率和分裂类间的转换
print.chronos 惩罚似然法和极大似然法测定分子年龄
print.compar.gee 与GEEs的对比分析
print.comparePhylo 比较两个“phylo”对象
print.corphylo 系统发育信号与多性状间的相关性
print.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
print.evonet 进化网络
print.lmorigin 原点多元回归
print.multiPhylo 系统发育的紧凑显示
print.parafit 寄主-寄生虫共进化试验
print.phylo 系统发育的紧凑显示
print.phymltest 适合一组带有PhyML的模型
print.prop.part 树二分与自举系统发育
prop.clades 树二分与自举系统发育
prop.part 树二分与自举系统发育
rbdtree 时间相关生灭模型下的树模拟
rbind.AAbin 氨基酸序列
rbind.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
rcoal 生成随机树
rDNAbin 随机DNA序列
read.caic 读取CAIC格式的树文件
read.dna 读取文件中的DNA序列
read.evonet 进化网络
read.FASTA 读取文件中的DNA序列
read.fastq 读取文件中的DNA序列
read.GenBank 通过互联网从GenBank读取DNA序列
read.gff 读取GFF文件
read.nexus 读取Nexus格式的树文件
read.nexus.data 以NEXUS格式读取字符数据
read.tree 读取插入格式的树文件
reconstruct 连续祖先特征估计
reorder.evonet 进化网络
reorder.multiPhylo 树的内部重新排序
reorder.phylo 树的内部重新排序
richness.yule.test 用Yule法进行多元化转移试验
ring 树批注
rlineage 时间相关生灭模型下的树模拟
rmtree 生成随机树
root 根系统发育树
root.multiPhylo 根系统发育树
root.phylo 根系统发育树
rotate 交换姐妹枝
rotateConstr 交换姐妹枝
rphylo 时间相关生灭模型下的树模拟
rTraitCont 连续字符模拟
rTraitDisc 离散字符模拟
rTraitMult 多元字符模拟
rtree 生成随机树
rtt 逐根回归
SDM 用SDM构造一致距离矩阵
seg.sites 找到DNA序列中的分离位点
skyline 有效种群规模的天际线图估计
skyline.coalescentIntervals 有效种群规模的天际线图估计
skyline.collapsedIntervals 有效种群规模的天际线图估计
skyline.phylo 有效种群规模的天际线图估计
skylineplot 绘制天际线图
skylineplot.deluxe 绘制天际线图
slowinskiguyer.test 同质多样化的Slowinski-Guyer检验
sort.bitsplits 分裂频率和分裂类间的转换
speciesTree 树种估算
str.multiPhylo 系统发育的紧凑显示
stree 生成系统规则树
stripLabel 标签管理
subtreeplot 通过连续的点击放大系统发育的一部分
subtrees 系统发育树的所有子树
summary.phylo 打印系统发育摘要
summary.phymltest 适合一组带有PhyML的模型
summary.prop.part 树二分与自举系统发育
tcoffee 与外部应用程序的多序列比对
tiplabels 标记树的节点、尖端和边
trans 从DNA到氨基酸序列的翻译
treePop 爆树
trex 具有多个设备的树资源管理器
triangMtd 基于三角形法的树重建
triangMtds 基于三角形法的树重建
ultrametric 不完全距离矩阵填充
unique.multiPhylo Revomes复制树
unroot 根系统发育树
unroot.multiPhylo 根系统发育树
unroot.phylo 根系统发育树
updateLabel 更新标签
updateLabel.AAbin 更新标签
updateLabel.character 更新标签
updateLabel.data.frame 更新标签
updateLabel.DNAbin 更新标签
updateLabel.evonet 更新标签
updateLabel.matrix 更新标签
updateLabel.phylo 更新标签
varcomp 计算方差分量估计
varCompPhylip 具有正交对比度的方差分量
vcv 系统发育方差协方差或相关矩阵
vcv.corPhyl 系统发育方差协方差或相关矩阵
vcv.phylo 系统发育方差协方差或相关矩阵
vcv2phylo 方差-协方差矩阵到树
weight.taxo 定义相似矩阵
weight.taxo2 定义相似矩阵
where 在DNA序列中寻找模式
which.edge 标识树的边
woodmouse 小鼠细胞色素b基因序列分析
write.dna 在文件中写入DNA序列
write.evonet 进化网络
write.FASTA 在文件中写入DNA序列
write.nexus 以Nexus格式写入树文件
write.nexus.data 以NEXUS格式写入字符数据
write.tree 以插入格式写入树文件
Xplor 浏览文件的工具
Xplorefiles 浏览文件的工具
yule 将Yule模型与系统发育树相匹配
yule.cov 用协变量拟合Yule模型
yule.time 符合时间相关的Yule模型
zoom 放大系统发育的一部分
$.multiPhylo 操纵树列表
$ 操纵树列表
+.phylo 绑定树
.compressTipLabel 构建树列表
.uncompressTipLabel 构建树列表
[.AAbin 氨基酸序列
[.DNAbin 以位级格式操作DNA序列
[.multiPhylo 操纵树列表
[ 操纵树列表
[[.multiPhylo 操纵树列表
[[ 操纵树列表