| aroma.affymetrix-package | 包裹芳香剂 | ||
| AbstractProbeSequenceNormalization | AbstractProbeSequenceNormalization类 | ||
| AdditiveCovariatesNormalization | AdditiveVariatesNormalization类 | ||
| AffineCnPlm | AffineCnPlm类 | ||
| AffinePlm | AffinePlm类 | ||
| AffineSnpPlm | 仿射NPPLM类 | ||
| AffymetrixCdfFile | AffymetrixCdfFile类 | ||
| AffymetrixCelFile | AffymetrixCelFile类 | ||
| AffymetrixCelSet | AffymetrixCelSet类 | ||
| AffymetrixCelSetReporter | AffymetrixCelSetReporter类 | ||
| AffymetrixCelSetTuple | AffymetrixCelSetTuple类 | ||
| AffymetrixCnChpSet | AffymetrixCnChpSet类 | ||
| AffymetrixFile | 抽象AffymetrixFile类 | ||
| AffymetrixFileSet | AffymetrixFileSet类 | ||
| AffymetrixFileSetReporter | AffymetrixFileSetReporter类 | ||
| AffymetrixPgfFile | affymetrixpgfile类 | ||
| AlleleSummation | 求和类 | ||
| AllelicCrosstalkCalibration | AllelicCrosstalkCalibration类 | ||
| aroma.affymetrix | 包裹芳香剂 | ||
| AromaChipTypeAnnotationFile | AromaChipTypeAnnotationFile类 | ||
| ArrayExplorer | ArrayExplorer类 | ||
| AvgCnPlm | AvgCnPlm类 | ||
| AvgPlm | AvgPlm类 | ||
| AvgSnpPlm | AvgSnpPlm类 | ||
| BackgroundCorrection | 背景修正课 | ||
| BaseCountNormalization | BaseCountNormalization类 | ||
| BasePositionNormalization | BasePositionNormalization类 | ||
| ChipEffectFile | ChipEffectFile类 | ||
| ChipEffectSet | 芯片集类 | ||
| ChipEffectTransform | ChipEffectTransform类 | ||
| CnagCfhFile | CnagCfhFile类 | ||
| CnagCfhSet | CnagCfhSet类 | ||
| CnChipEffectFile | CnChipEffectFile类 | ||
| CnChipEffectSet | CnChipEffectSet类 | ||
| CnPlm | CnPlm类 | ||
| CnProbeAffinityFile | CnProbeAffinityFile类 | ||
| CrlmmParametersFile | CrlmmParametersFile类 | ||
| CrlmmParametersSet | CrlmmParametersSet类 | ||
| DChipCdfBinFile | dchipcdfbinle类 | ||
| DChipDcpFile | dchippfile类 | ||
| DChipDcpSet | DChipDcpSet类 | ||
| DChipGenomeInformation | DChipGenomeInformation类 | ||
| DChipQuantileNormalization | dchipQuantialNormalization类 | ||
| DChipSnpInformation | DChipSnpInformation类 | ||
| doASCRMAv1 | 单基因座水平上原始拷贝数的估计和评估（CRMA v1） | ||
| doASCRMAv1.default | 单基因座水平上原始拷贝数的估计和评估（CRMA v1） | ||
| doASCRMAv2 | 从Affymetrix基因分型阵列估算全分辨率原始拷贝数的单阵列预处理方法（CRMA v2） | ||
| doASCRMAv2.default | 从Affymetrix基因分型阵列估算全分辨率原始拷贝数的单阵列预处理方法（CRMA v2） | ||
| doCRMAv1 | 单基因座水平上原始拷贝数的估计和评估（CRMA v1） | ||
| doCRMAv1.AffymetrixCelSet | 单基因座水平上原始拷贝数的估计和评估（CRMA v1） | ||
| doCRMAv1.default | 单基因座水平上原始拷贝数的估计和评估（CRMA v1） | ||
| doCRMAv2 | 从Affymetrix基因分型阵列估算全分辨率原始拷贝数的单阵列预处理方法（CRMA v2） | ||
| doCRMAv2.AffymetrixCelSet | 从Affymetrix基因分型阵列估算全分辨率原始拷贝数的单阵列预处理方法（CRMA v2） | ||
| doCRMAv2.default | 从Affymetrix基因分型阵列估算全分辨率原始拷贝数的单阵列预处理方法（CRMA v2） | ||
| doFIRMA | 使用稳健多芯片分析（FIRMA）寻找异构体 | ||
| doFIRMA.AffymetrixCelSet | 使用稳健多芯片分析（FIRMA）寻找异构体 | ||
| doFIRMA.default | 使用稳健多芯片分析（FIRMA）寻找异构体 | ||
| doGCRMA | 稳健多芯片分析（GCRMA） | ||
| doGCRMA.AffymetrixCelSet | 稳健多芯片分析（GCRMA） | ||
| doGCRMA.default | 稳健多芯片分析（GCRMA） | ||
| doRMA | 稳健多芯片分析（RMA） | ||
| doRMA.AffymetrixCelSet | 稳健多芯片分析（RMA） | ||
| doRMA.default | 稳健多芯片分析（RMA） | ||
| ExonChipEffectFile | ExonChipeEffectFile类 | ||
| ExonChipEffectSet | ExonChipeEffectSet类 | ||
| ExonProbeAffinityFile | ExonProbeAffinityFile类 | ||
| ExonRmaPlm | ExonRmaPlm类 | ||
| FirmaFile | FirmaFile类 | ||
| FirmaModel | FirmaModel类 | ||
| FirmaSet | FirmaSet类 | ||
| FragmentEquivalentClassNormalization | FragmentEquivalentClassNormalization类 | ||
| FragmentLengthNormalization | FragmentLengthNormalization类 | ||
| GcContentNormalization | GcContentNormalization类 | ||
| GcContentNormalization2 | GcContentNormalization2类 | ||
| GcRmaBackgroundCorrection | GcRmaBackgroundCorrection类 | ||
| GenericReporter | GenericReporter类 | ||
| GenomeInformation | 基因信息类 | ||
| HetLogAddCnPlm | HetLogAddCnPlm类 | ||
| HetLogAddPlm | HetLogAddPlm类 | ||
| HetLogAddSnpPlm | HetLogAddSnpPlm类 | ||
| justRMA | 再现affy包的鲁棒多芯片分析（RMA） | ||
| justRMA.AffymetrixCelSet | 再现affy包的鲁棒多芯片分析（RMA） | ||
| justRMA.default | 再现affy包的鲁棒多芯片分析（RMA） | ||
| LimmaBackgroundCorrection | LimmaBackgroundCorrection类 | ||
| LinearModelProbeSequenceNormalization | LinearModelProbeSequenceNoMalization类 | ||
| MatNormalization | MatNormalization类 | ||
| MatSmoothing | MatSmoothing类 | ||
| MbeiCnPlm | MbeiCnPlm类 | ||
| MbeiPlm | MbeiPlm类 | ||
| MbeiSnpPlm | MbeiSnpPlm类 | ||
| Model | 模型类 | ||
| MultiArrayUnitModel | MultiArrayUnitModel类 | ||
| NormExpBackgroundCorrection | 背景修正课 | ||
| OpticalBackgroundCorrection | 光学背景校正类 | ||
| ParameterCelFile | ParameterCelFile类 | ||
| ParameterCelSet | ParameterCelSet类 | ||
| ProbeAffinityFile | ProbeAffinityFile类 | ||
| ProbeLevelModel | ProbeLevel模型类 | ||
| ProbeLevelTransform | ProbeLevelTransform类 | ||
| ProbeLevelTransform3 | ProbeLevelTransform3类 | ||
| QualityAssessmentFile | QualityAssessmentFile类 | ||
| QualityAssessmentModel | 质量评估模型类 | ||
| QualityAssessmentSet | QualityAssessmentSet类 | ||
| QuantileNormalization | 量子化类 | ||
| ReseqCrosstalkCalibration | ReseqCrosstalkCalibration类 | ||
| ResidualFile | 剩余文件类 | ||
| ResidualSet | 剩余集类 | ||
| RmaBackgroundCorrection | 背景修正课 | ||
| RmaCnPlm | RmaCnPlm类 | ||
| RmaPlm | RmaPlm类 | ||
| RmaSnpPlm | RmaSnpPlm类 | ||
| ScaleNormalization | ScaleNormalization类 | ||
| ScaleNormalization3 | ScaleNormalization3类 | ||
| SingleArrayUnitModel | SingleArrayUnitModel类 | ||
| SmoothMultiarrayModel | SmoothMultiarrayModel类 | ||
| SmoothRmaModel | SmoothRmaModel类 | ||
| SnpChipEffectFile | SnpChipEffectFile类 | ||
| SnpChipEffectSet | SnpChipEffectSet类 | ||
| SnpInformation | 信息类 | ||
| SnpPlm | SnpPlm接口类 | ||
| SnpProbeAffinityFile | SnpProbeAffinityFile类 | ||
| SpatialReporter | SpatialReporter类 | ||
| TransformReport | TransformReport类 | ||
| UgpGenomeInformation | UgpGenomeInformation类 | ||
| UnitModel | UnitModel类 | ||
| UnitTypeScaleNormalization | UnitTypeScaleNoMalization类 | ||
| WeightsFile | WeightsFile类 | ||
| WeightsSet | WeightsSet类 |