| are_beast2_input_lines | 这些文本行在写入文件时是否会生成有效的BEAST2输入文件？ | ||
| are_beast2_input_lines_deep | 这些文本行在写入文件时是否会生成有效的BEAST2输入文件？ | ||
| are_beast2_input_lines_fast | 这些文本行在写入文件时是否会生成有效的BEAST2输入文件？ | ||
| are_identical_alignments | 确定两条路线是否相等 | ||
| beast2_internal_filenames_to_table | 将filename_points_covered_by_landmarks转换为表 | ||
| beast2_options_to_table | 将filename_points_covered_by_landmarks转换为表 | ||
| beastier | “beastier”：调用BEAST2的包。 | ||
| beastier_report | 创建beastier报告，用于报告bug | ||
| check_beast2 | 检查“BEAST2”是否正确安装。 | ||
| check_beast2_internal_filenames | 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的BEAST2内部文件名对象。 | ||
| check_beast2_internal_filenames_data_types | 检查filename_points_covered_by_landmarks（一个列表）是否具有正确数据类型的所有元素 | ||
| check_beast2_internal_filenames_filenames_differ | 检查filename_points_covered_by_landmarks中的文件名是否不同 | ||
| check_beast2_internal_filenames_names | 检查filename_points_covered_by_landmarks（一个列表）是否包含所有需要的元素。 | ||
| check_beast2_options | 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的BEAST2 options对象。 | ||
| check_beast2_optionses | 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的BEAST2 options对象。 | ||
| check_beast2_options_data_types | 检查filename_points_covered_by_landmarks（一个列表）是否具有正确数据类型的所有元素 | ||
| check_beast2_options_do_not_overwrite_existing_files | 当“overwrite”选项设置为“FALSE”时，检查filename_points_covered_by_landmarks是否不会覆盖现有文件 | ||
| check_beast2_options_filenames_differ | 检查filename_points_covered_by_landmarks中的文件名是否不同 | ||
| check_beast2_options_names | 检查filename_points_covered_by_landmarks（一个列表）是否包含所有需要的元素。 | ||
| check_beast2_path | 检查BEAST2.jar路径。如果BEAST2“.jar”路径有问题，将停止。 | ||
| check_can_create_file | 检查是否可以在特定路径创建文件。 | ||
| check_input_filename | 检查输入文件名。如果输入文件名有问题，将停止。 | ||
| check_n_threads | 检查输入的线程数是否有效。 | ||
| check_os | 检查是否支持操作系统 | ||
| check_rng_seed | 检查输入是否为有效的RNG种子。 | ||
| create_beast2_internal_filenames | 用内部使用的BEAST2文件名创建一个列表 | ||
| create_beast2_options | 函数创建一组BEAST2选项。 | ||
| create_beast2_run_cmd | 创建终端命令以运行BEAST2 | ||
| create_beast2_validate_cmd | 创建终端命令以验证BEAST2输入文件 | ||
| create_beast2_validate_cmd_bin | 创建终端命令，使用对启动器.jar'文件 | ||
| create_beast2_validate_cmd_jar | 创建终端命令，使用对启动器.jar'文件 | ||
| create_beast2_version_cmd | 创建终端命令以版本BEAST2输入文件 | ||
| create_beast2_version_cmd_bin | 创建终端命令以使用对启动器.jar'文件 | ||
| create_beast2_version_cmd_jar | 创建终端命令以使用对启动器.jar'文件 | ||
| create_mcbette_beast2_options | 为“mcbette”创建filename_points_covered_by_landmarks结构 | ||
| create_temp_input_filename | 为BEAST2 XML文件名创建临时文件名 | ||
| create_temp_state_filename | 为存储其状态的beast2xml输出文件创建一个临时文件。 | ||
| default_params_doc | 此函数不起任何作用。它旨在继承is参数的文档。 | ||
| do_minimal_run | 至少做一次BEAST2跑步 | ||
| get_alignment_ids_from_xml_filename | 从具有一个对齐方式的文件中获取对齐方式ID | ||
| get_beast2_example_filename | 获取BEAST2示例文件的完整路径 | ||
| get_beast2_example_filenames | 获取包含所有BEAST2示例文件名的完整路径的列表 | ||
| get_beast2_main_class_name | 获取BEAST2主类名。 | ||
| get_beast2_options_filenames | 从filename_points_covered_by_landmarks中提取文件名 | ||
| get_beast2_version | 获取BEAST2版本 | ||
| get_beastier_path | 获取“inst/extdata”文件夹中文件的完整路径 | ||
| get_beastier_paths | 获取“inst/extdata”文件夹中文件的完整路径 | ||
| get_default_beast2_bin_path | 获取默认的BEAST2二进制文件（“beast”，即）路径 | ||
| get_default_beast2_download_url | 获取默认的BEAST2下载URL，这取决于操作系统 | ||
| get_default_beast2_download_url_linux | 获取用于Linux的BEAST2下载URL | ||
| get_default_beast2_download_url_win | 获取用于Windows的BEAST2下载URL | ||
| get_default_beast2_folder | 获取此包默认安装BEAST2的文件夹的路径 | ||
| get_default_beast2_jar_path | 获取默认beast2jar文件的路径 | ||
| get_default_beast2_path | 获取默认BEAST2路径 | ||
| get_default_beast2_version | 获取beastier使用的默认BEAST2版本 | ||
| get_default_java_path | 获取Java可执行文件的默认路径 | ||
| get_duplicate_param_ids | 查找重复的“RealParameter”ID | ||
| get_java_version | 获取Java版本 | ||
| get_trees_filenames | 获取BEAST2将生成的.trees文件名 | ||
| gives_beast2_warning | 确定使用BEAST2 XML输入文件时BEAST2是否发出警告 | ||
| has_unique_ids | 确定XML文本是否具有唯一的参数ID | ||
| install_beast2 | Install BEAST2安装默认版本的BEAST2（请参见filename_points_covered_by_landmarks），但也可以指定其他版本 | ||
| is_alignment | 确定输入是否是DNAbin类型的对齐 | ||
| is_beast2_input_file | 文件是有效的BEAST2输入文件吗？ | ||
| is_beast2_installed | 检查是否安装了BEAST2 | ||
| is_bin_path | 路径是指向BEAST2二进制文件的路径吗？不检查该路径上的文件是否存在 | ||
| is_jar_path | 这个路径是beast2jar文件的路径吗？不检查该路径上的文件是否存在 | ||
| is_on_appveyor | 确定环境是否为AppVeyor | ||
| is_on_ci | 确定环境是否为持续集成服务 | ||
| is_on_travis | 确定环境是否为Travis CI | ||
| print_beast2_internal_filenames | 将filename_points_covered_by_landmarks打印为表格 | ||
| print_beast2_options | 漂亮的印花filename_points_covered_by_landmarks | ||
| remove_file_if_present | 删除文件（如果存在） | ||
| rename_beast2_options_filenames | 重命名BEAST2选项中的文件名 | ||
| run_beast2 | 跑步BEAST2 | ||
| run_beast2_from_options | 跑步BEAST2 | ||
| save_lines | 将文本（字符串的容器）保存到文件中 | ||
| save_nexus_as_fasta | 将NEXUS文件另存为FASTA文件 | ||
| uninstall_beast2 | 卸载BEAST2 | ||
| update_beastier | 通过安装beastier的最新版本来更新所有beastier依赖项 | ||
| upgrade_beast2 | 升级BEAST2。 |