bedr-package | 一种用于研究R基因范围的bedtools包装器 | ||
%in.region% | 检查对象a中的区域是否在对象b中找到 | ||
bed2index | 将数据帧添加到索引字符串 | ||
bed2vcf | 将床转换为vcf | ||
bedr | 主bedtools包装器函数。 | ||
bedr.join.multiple.region | 连接多个区域对象 | ||
bedr.join.region | 使用左外连接连接两个区域对象 | ||
bedr.merge.region | 合并,即折叠覆盖区域 | ||
bedr.plot.region | 可视化区域或间隔 | ||
bedr.setup | 初始化bedr的一些配置设置 | ||
bedr.snm.region | 对区域文件排序 | ||
bedr.sort.region | 对区域文件排序 | ||
bedr.subtract.region | 从对象a中减去对象b中的特征或范围 | ||
catv | 如果设置了详细标志,则输出文本 | ||
check.binary | 检查路径中是否有二进制文件 | ||
cluster.region | 群集间隔 | ||
convert2bed | 将对象转换为床格式 | ||
create.tmp.bed.file | 将R对象输出为tmpfiles | ||
determine.input | 确定输入格式 | ||
df2list | 数据帧到列表转换 | ||
download.datasets | 下载一些有用的数据集 | ||
flank.region | 从区域获得相邻的侧翼 | ||
get.chr.length | 获取一个物种/构建的每个染色体的长度 | ||
get.example.regions | 为示例和单元测试返回一组区域 | ||
get.fasta | 查询fasta序列 | ||
get.random.regions | 生成一组随机区域 | ||
grow.region | 从区域获得相邻的侧翼 | ||
in.region | 检查对象a中的区域是否在对象b中找到 | ||
index2bed | 将区域索引转换为bed文件数据帧 | ||
is.merged.region | 检查区域文件是否合并 | ||
is.sorted.region | 检查区域文件是否已排序 | ||
is.valid.ref | 验证vcf中的参考序列 | ||
is.valid.region | 检查区域/索引是否有效 | ||
is.valid.seq | 验证给定坐标和参考的序列是否正确 | ||
jaccard | 计算两组间隔之间的距离 | ||
modifyList2 | R的修改列表接口 | ||
order.region | 获取与order命令类似的区域索引的排序顺序 | ||
permute.region | 排列一组区域 | ||
process.input | 过程输入 | ||
query.ucsc | 将ucsc表格读入R | ||
read.vcf | 将vcf读入R | ||
reldist | 计算两组间隔之间的相对距离 | ||
size.region | 获取区域大小 | ||
strsplit2matrix | 将字符串向量拆分为表格数据 | ||
tabix | 主bedtools包装器函数。 | ||
table2venn | 绘制维恩图 | ||
test.region.similarity | 通过jaccard和相对距离使用排列比较区域集 | ||
vcf2bed | 将vcf转换为bed文件 | ||
write.vcf | 写入vcf对象 |