| bio3d-package | 生物结构分析 | ||
| aa.index | 氨基酸索引数据库 | ||
| aa.table | 相关氨基酸表 | ||
| aa123 | 在1个字母和3个字母的氨基酸代码之间转换 | ||
| aa2index | 将氨基酸序列转换为氨基酸索引值 | ||
| aa2mass | 氨基酸残基质量转换器 | ||
| aa321 | 在1个字母和3个字母的氨基酸代码之间转换 | ||
| aanma | 全原子简正模分析 | ||
| aanma.pdb | 全原子简正模分析 | ||
| aanma.pdbs | 全原子ENM的系综简正模分析 | ||
| aln2html | 为给定的对齐方式创建HTML页 | ||
| amsm.xyz | GeoStaS域查找器 | ||
| angle.xyz | 计算三个原子之间的夹角 | ||
| annotation | Bio3d示例数据 | ||
| as.fasta | 与对象对齐 | ||
| as.pdb | 转换为PDB格式 | ||
| as.pdb.default | 转换为PDB格式 | ||
| as.pdb.mol2 | 转换为PDB格式 | ||
| as.pdb.prmtop | 转换为PDB格式 | ||
| as.select | 将原子索引转换为选定对象 | ||
| as.xyz | 是“xyz”类的对象吗？ | ||
| atom.index | 原子名称/类型 | ||
| atom.select | PDB和PRMTOP结构对象的原子选择 | ||
| atom.select.mol2 | PDB和PRMTOP结构对象的原子选择 | ||
| atom.select.pdb | PDB和PRMTOP结构对象的原子选择 | ||
| atom.select.pdbs | PDB和PRMTOP结构对象的原子选择 | ||
| atom.select.prmtop | PDB和PRMTOP结构对象的原子选择 | ||
| atom2ele | 原子名称/类型到原子符号转换器 | ||
| atom2ele.default | 原子名称/类型到原子符号转换器 | ||
| atom2ele.pdb | 原子名称/类型到原子符号转换器 | ||
| atom2mass | 原子名称/类型到质量转换器 | ||
| atom2mass.default | 原子名称/类型到质量转换器 | ||
| atom2mass.pdb | 原子名称/类型到质量转换器 | ||
| atom2xyz | 在原子和xyz索引之间转换 | ||
| basename.pdb | 操作PDB文件名 | ||
| bhattacharyya | Bhattacharyya系数 | ||
| bhattacharyya.array | Bhattacharyya系数 | ||
| bhattacharyya.enma | Bhattacharyya系数 | ||
| bhattacharyya.matrix | Bhattacharyya系数 | ||
| bhattacharyya.nma | Bhattacharyya系数 | ||
| bhattacharyya.pca | Bhattacharyya系数 | ||
| binding.site | 结合位点残基 | ||
| bio3d | 生物结构分析 | ||
| biounit | 生物单元建设 | ||
| blast.pdb | NCBI爆炸序列搜索与命中统计汇总图 | ||
| bounds | 数值向量的界 | ||
| bounds.sse | 从SSE序列向量获取SSE对象 | ||
| build.hessian | 正态模态分析 | ||
| bwr.colors | 颜色面板组 | ||
| cat.pdb | 连接多个PDB对象 | ||
| chain.pdb | 查找可能的PDB断链 | ||
| check.utility | 检查缺少的实用程序 | ||
| clean.pdb | 检查并清理PDB对象 | ||
| cmap | 联系人地图 | ||
| cmap.default | 联系人地图 | ||
| cmap.pdb | 联系人地图 | ||
| cmap.xyz | 联系人地图 | ||
| cna | 蛋白质动态相关网络构建及群落分析。 | ||
| cna.dccm | 蛋白质动态相关网络构建及群落分析。 | ||
| cna.ensmb | 蛋白质动态相关网络构建及群落分析。 | ||
| cnapath | 相关网络的次优路径分析 | ||
| com | 质心 | ||
| com.pdb | 质心 | ||
| com.xyz | 质心 | ||
| combine.select | 结合PDB结构中的原子选择 | ||
| community.aln | 将两个或多个网络中的社区对齐 | ||
| community.tree | 为CNA类对象重建Girvan-Newman社区树。 | ||
| consensus | 对齐的顺序一致性 | ||
| conserv | 在路线中的每个位置上的分数剩余守恒 | ||
| convert.pdb | 重新编号并在各种PDB格式之间转换 | ||
| core | Bio3d示例数据 | ||
| core.cmap | 接触图核心位置的识别 | ||
| core.find | 不变核位置的识别 | ||
| core.find.default | 不变核位置的识别 | ||
| core.find.pdb | 不变核位置的识别 | ||
| core.find.pdbs | 不变核位置的识别 | ||
| cov.enma | 从正常模式计算协方差矩阵 | ||
| cov.nma | 从正常模式计算协方差矩阵 | ||
| covsoverlap | 协方差重叠 | ||
| covsoverlap.enma | 协方差重叠 | ||
| covsoverlap.nma | 协方差重叠 | ||
| dccm | 动态互相关矩阵 | ||
| dccm.egnm | 高斯网络模型的动态互相关 | ||
| dccm.enma | 集合NMA的互相关（eNMA） | ||
| dccm.gnm | 高斯网络模型的动态互相关 | ||
| dccm.nma | 正态模态分析的动态互相关 | ||
| dccm.pca | 基于主成分分析的动态互相关矩阵 | ||
| dccm.xyz | 笛卡尔坐标系下的动态互相关矩阵 | ||
| deformation.nma | 变形分析 | ||
| diag.ind | 矩阵的对角指数 | ||
| difference.vector | 差分向量 | ||
| dist.xyz | 计算两个矩阵行之间的距离 | ||
| dm | 距离矩阵分析 | ||
| dm.pdb | 距离矩阵分析 | ||
| dm.pdbs | 距离矩阵分析 | ||
| dm.xyz | 距离矩阵分析 | ||
| dssp | 二级结构分析的DSSP或STRIDE方法 | ||
| dssp.pdb | 二级结构分析的DSSP或STRIDE方法 | ||
| dssp.pdbs | 二级结构分析的DSSP或STRIDE方法 | ||
| dssp.xyz | 二级结构分析的DSSP或STRIDE方法 | ||
| elements | 元素周期表 | ||
| entropy | 香农熵得分 | ||
| example.data | Bio3d示例数据 | ||
| ff.aaenm | ENM力场装载机 | ||
| ff.aaenm2 | ENM力场装载机 | ||
| ff.anm | ENM力场装载机 | ||
| ff.calpha | ENM力场装载机 | ||
| ff.pfanm | ENM力场装载机 | ||
| ff.reach | ENM力场装载机 | ||
| ff.sdenm | ENM力场装载机 | ||
| filter.cmap | 联系人地图共识过滤 | ||
| filter.dccm | 互相关矩阵滤波器（Cij） | ||
| filter.identity | 百分比标识筛选器 | ||
| filter.rmsd | RMSD滤波器 | ||
| fit.xyz | 坐标叠加 | ||
| fluct.nma | NMA波动 | ||
| formula2mass | 化学式质量转换器 | ||
| gap.inspect | 对齐间隙摘要 | ||
| geostas | GeoStaS域查找器 | ||
| geostas.default | GeoStaS域查找器 | ||
| geostas.enma | GeoStaS域查找器 | ||
| geostas.nma | GeoStaS域查找器 | ||
| geostas.pdb | GeoStaS域查找器 | ||
| geostas.pdbs | GeoStaS域查找器 | ||
| geostas.xyz | GeoStaS域查找器 | ||
| get.blast | NCBI爆炸序列搜索与命中统计汇总图 | ||
| get.pdb | 下载PDB坐标文件 | ||
| get.seq | 下载FASTA序列文件 | ||
| gnm | 高斯网络模型 | ||
| gnm.pdb | 高斯网络模型 | ||
| gnm.pdbs | 高斯网络模型 | ||
| hclustplot | 带聚类注释的树状图 | ||
| hivp | Bio3d示例数据 | ||
| hmmer | HMMER序列搜索 | ||
| identify.cna | 确定CNA蛋白质结构网络图中的点 | ||
| inner.prod | 质量加权内积 | ||
| inspect.connectivity | 检查蛋白质结构的连接性 | ||
| is.gap | 间隙字符 | ||
| is.mol2 | 是“mol2”类的对象吗？ | ||
| is.pdb | 是“pdb（s）”类的对象吗？ | ||
| is.pdbs | 是“pdb（s）”类的对象吗？ | ||
| is.select | 是“select”类的对象吗？ | ||
| is.xyz | 是“xyz”类的对象吗？ | ||
| kinesin | Bio3d示例数据 | ||
| layout.cna | 蛋白质结构网络布局 | ||
| lbio3d | 列出bio3d包中的所有函数 | ||
| load.enmff | ENM力场装载机 | ||
| mask | 遮罩DCCM对象中的原子子集。 | ||
| mask.dccm | 遮罩DCCM对象中的原子子集。 | ||
| mktrj | PCA/NMA原子位移轨迹 | ||
| mktrj.enma | PCA/NMA原子位移轨迹 | ||
| mktrj.nma | PCA/NMA原子位移轨迹 | ||
| mktrj.pca | PCA/NMA原子位移轨迹 | ||
| mono.colors | 颜色面板组 | ||
| motif.find | 找到序列基序。 | ||
| mustang | 基于结构的MUSTANG序列比对 | ||
| network.amendment | 根据输入社区成员向量修正CNA网络。 | ||
| nma | 正态模态分析 | ||
| nma.pdb | 正态模态分析 | ||
| nma.pdbs | 系综正模分析 | ||
| normalize.vector | 质量加权归一化向量 | ||
| orient.pdb | 确定PDB结构的方向 | ||
| overlap | 重叠分析 | ||
| pairwise | 成对指数 | ||
| pca | 主成分分析 | ||
| pca.array | 矩阵阵列的主成分分析 | ||
| pca.pdbs | 主成分分析 | ||
| pca.tor | 主成分分析 | ||
| pca.xyz | 主成分分析 | ||
| pdb.annotate | 从PDB或PFAM数据库获取可定制的注释 | ||
| pdb.pfam | 从PDB或PFAM数据库获取可定制的注释 | ||
| pdb2aln | 将PDB结构与现有对齐方式对齐 | ||
| pdb2aln.ind | 从排列位置到PDB原子指数的映射 | ||
| pdb2sse | 从PDB对象获取SSE序列向量 | ||
| pdbaln | PDB文件的序列比对 | ||
| pdbfit | PDB文件坐标叠加 | ||
| pdbfit.pdb | PDB文件坐标叠加 | ||
| pdbfit.pdbs | PDB文件坐标叠加 | ||
| pdbs | Bio3d示例数据 | ||
| pdbs2pdb | PDB到PDB转换器 | ||
| pdbs2sse | PDBs对象的SSE注释 | ||
| pdbseq | 从PDB对象中提取氨基酸序列 | ||
| pdbsplit | 将PDB文件拆分为单独的文件，每个链一个。 | ||
| pfam | 下载Pfam-FASTA序列比对 | ||
| plot.bio3d | 带边缘SSE注释的绘图 | ||
| plot.blast | NCBI爆炸序列搜索与命中统计汇总图 | ||
| plot.cmap | 绘制接触矩阵 | ||
| plot.cna | 二维和三维蛋白质结构网络图。 | ||
| plot.core | 绘制岩心拟合进度 | ||
| plot.dccm | DCCM图 | ||
| plot.dmat | 绘图距离矩阵 | ||
| plot.enma | 绘制eNMA结果 | ||
| plot.fasta | 绘制多重序列比对图 | ||
| plot.fluct | 曲线图波动 | ||
| plot.geostas | 绘图作为结果 | ||
| plot.hmmer | 绘制HMMER命中统计的摘要。 | ||
| plot.matrix.loadings | 绘制剩余矩阵载荷 | ||
| plot.nma | 绘制NMA结果 | ||
| plot.pca | 绘制PCA结果 | ||
| plot.pca.loadings | 绘制沿PC1至PC3的残留量 | ||
| plot.pca.score | 绘制PCA结果 | ||
| plot.pca.scree | 绘制PCA结果 | ||
| plot.rmsip | 绘制RMSIP结果 | ||
| plotb3 | 带边缘SSE注释的绘图 | ||
| print.cna | 总结并打印cna网络图的特征 | ||
| print.cnapath | 相关网络的次优路径分析 | ||
| print.core | 打印核心位置和返回索引 | ||
| print.enma | 系综正模分析 | ||
| print.fasta | 打印顺序对齐 | ||
| print.geostas | GeoStaS域查找器 | ||
| print.mol2 | 读取MOL2文件 | ||
| print.nma | 正态模态分析 | ||
| print.pca | 主成分分析 | ||
| print.pdb | 读取PDB文件 | ||
| print.prmtop | 读取琥珀色参数/拓扑文件 | ||
| print.rle2 | 带索引的游程编码 | ||
| print.select | PDB和PRMTOP结构对象的原子选择 | ||
| print.sse | 二级结构分析的DSSP或STRIDE方法 | ||
| print.xyz | 打印XYZ坐标 | ||
| project.pca | 将数据投影到主成分上 | ||
| prune.cna | 修剪cna网络对象 | ||
| pymol | PyMOL生物分子可视化 | ||
| pymol.dccm | PyMOL生物分子可视化 | ||
| pymol.modes | PyMOL生物分子可视化 | ||
| pymol.nma | PyMOL生物分子可视化 | ||
| pymol.pca | PyMOL生物分子可视化 | ||
| pymol.pdbs | PyMOL生物分子可视化 | ||
| read.all | 读取对齐的结构数据 | ||
| read.cif | 读取mmCIF文件 | ||
| read.crd | 从琥珀色或Charmm读取坐标数据 | ||
| read.crd.amber | 读取琥珀色坐标文件 | ||
| read.crd.charmm | 读取CRD文件 | ||
| read.dcd | 读取CHARMM/X-PLOR/NAMD二进制DCD文件 | ||
| read.fasta | 读取FASTA格式化序列 | ||
| read.fasta.pdb | 读取对齐的结构数据 | ||
| read.mol2 | 读取MOL2文件 | ||
| read.ncdf | 读取琥珀色二进制netCDF文件 | ||
| read.pdb | 读取PDB文件 | ||
| read.pdb2 | 读取PDB文件 | ||
| read.pdcBD | 从pdcBD文件读取PQR输出 | ||
| read.pqr | 读取PQR文件 | ||
| read.prmtop | 读取琥珀色参数/拓扑文件 | ||
| rgyr | 回转半径 | ||
| rle2 | 带索引的游程编码 | ||
| rmsd | 均方根偏差 | ||
| rmsf | 原子均方根涨落 | ||
| rmsip | 均方根内积 | ||
| rmsip.default | 均方根内积 | ||
| rmsip.enma | 均方根内积 | ||
| rot.lsq | 坐标叠加 | ||
| rtb | 全原子简正模分析 | ||
| sdENM | sdENM ff索引 | ||
| seq2aln | 向现有AlignNet添加序列 | ||
| seqaln | 肌肉序列比对 | ||
| seqaln.pair | 相同蛋白质序列的序列比对 | ||
| seqbind | 按行组合序列而不循环使用 | ||
| seqidentity | 同一性百分比 | ||
| setup.ncore | 使用多个CPU核运行Bio3D函数的设置 | ||
| sip | 方形内积 | ||
| sip.default | 方形内积 | ||
| sip.enma | 方形内积 | ||
| sip.nma | 方形内积 | ||
| sse.bridges | SSE骨架氢键 | ||
| store.atom | 存储来自PDB对象的所有atom数据 | ||
| stride | 二级结构分析的DSSP或STRIDE方法 | ||
| struct.aln | 两个PDB文件的结构对齐 | ||
| summary.cna | 总结并打印cna网络图的特征 | ||
| summary.cnapath | 相关网络的次优路径分析 | ||
| summary.pdb | 读取PDB文件 | ||
| torsion.pdb | 计算主链和侧链扭转/二面角 | ||
| torsion.xyz | 计算扭转/二面角 | ||
| transducin | Bio3d示例数据 | ||
| trim | 将PDB对象修剪为原子的子集。 | ||
| trim.mol2 | 将MOL2对象修剪为原子子集。 | ||
| trim.pdb | 将PDB对象修剪为原子的子集。 | ||
| trim.pdbs | 过滤或修剪PDBs对象 | ||
| trim.xyz | 修剪笛卡尔坐标系的XYZ对象。 | ||
| unbound | 从边界向量生成序列 | ||
| uniprot | 获取UniProt条目数据。 | ||
| var.pdbs | 笛卡尔坐标系下的成对距离方差 | ||
| var.xyz | 笛卡尔坐标系下的成对距离方差 | ||
| vec2resno | 按剩余向量值复制 | ||
| vmd | 在VMD中查看CNA蛋白质结构网络社区输出 | ||
| vmd.cna | 在VMD中查看CNA蛋白质结构网络社区输出 | ||
| vmd.cnapath | 在VMD中查看CNA蛋白质结构网络社区输出 | ||
| vmd_colors | VMD调色板 | ||
| wrap.tor | 包裹扭转角数据 | ||
| write.crd | 写入CRD文件 | ||
| write.fasta | 写入FASTA格式化序列 | ||
| write.mol2 | 写入MOL2格式的坐标文件 | ||
| write.ncdf | 写入琥珀色二进制netCDF文件 | ||
| write.pdb | 编写PDB格式的坐标文件 | ||
| write.pir | 写入PIR格式化序列 | ||
| write.pqr | 编写PQR格式的坐标文件 | ||
| xyz2atom | 在原子和xyz索引之间转换 | ||
| xyz2z.pca | 将数据投影到主成分上 | ||
| z2xyz.pca | 将数据投影到主成分上 | ||
| .print.fasta.ali | 打印顺序对齐 |