R语言biomartr包说明文档(版本 0.9.2)

返回R语言所有包列表

biomartr-package 基因组数据检索
biomart 主要生物量查询功能
biomartr 基因组数据检索
clean.retrieval '格式'元检索'输出
download.database 将NCBI数据库下载到本地硬盘
download.database.all 下载NCBI数据库的所有元素
getAssemblyStats 基因组装配统计检索
getAttributes 检索特定数据集的所有可用属性
getCDS 编码序列检索
getCDSSet 多物种的CDS检索
getCollection 检索一个集合:基因组,蛋白质组,CDS,RNA,GFF,Repeat Masker,AssemblyStats
getDatasets 检索BioMart数据库的所有可用数据集
getENSEMBLGENOMESInfo 检索ENSEMBLGENOMES信息文件
getENSEMBLInfo 检索ENSEMBL信息文件
getFilters 检索特定数据集的所有可用筛选器
getGenome 基因组检索
getGENOMEREPORT 检索NCBIfilename_points_covered_by_landmarks文件
getGenomeSet 多物种基因组检索
getGFF 基因组注释检索(GFF3)
getGFFSet 多物种GFF检索
getGO 基因本体查询
getGroups 检索生命王国的可用组(仅适用于NCBI RefSeq和NCBI Genbank)
getGTF 基因组注释检索(GTF)
getKingdomAssemblySummary 从NCBI检索并汇总所有王国的filename_points_covered_by_landmarks.txt文件
getKingdoms 检索可用的生命王国
getMarts 检索有关可用Ensembl Biomart数据库的信息
getMetaGenomeAnnotations 从NCBI Genbank检索亚基因组注释*.gff文件
getMetaGenomes 从NCBI-Genbank检索亚基因组
getMetaGenomeSummary 从NCBI genbank metagenomes检索filename_points_covered_by_landmarks.txt文件
getProteome 蛋白质组检索
getProteomeSet 多物种蛋白质组检索
getReleases 检索可用的数据库版本或ENSEMBL版本
getRepeatMasker 重复掩蔽恢复
getRNA RNA序列检索
getRNASet 多物种RNA检索
getSummaryFile 帮助函数从NCBI检索filename_points_covered_by_landmarks.txt文件
is.genome.available 检查基因组可用性
listDatabases 检索可用NCBI数据库的列表以供下载
listGenomes 列出所有可用的基因组
listGroups 列出每组中可用的基因组数
listKingdoms 列出每个生命王国中可用的基因组数量
listMetaGenomes 列出NCBI Genbank上可用的亚基因组
listNCBIDatabases 检索可用NCBI数据库的列表以供下载
meta.retrieval 执行元基因组检索
meta.retrieval.all 对所有生命王国中的所有生物进行元基因组检索
organismAttributes 检索查询的Ensembl Biomart属性
organismBM 检索查询生物体的Ensembl生物标记集市和数据集
organismFilters 检索qyery生物体的Ensembl Biomart过滤器
read_assemblystats 导入程序集统计文件
read_cds 导入CD作为biostring或数据表对象
read_genome 导入基因组组装为Biostrings或数据表对象
read_gff 导入GFF文件
read_proteome 导入蛋白质组作为生物串或数据表对象
read_rm 导入重复遮罩输出文件
read_rna 导入RNA作为生物串或数据表对象
refseqOrganisms 检索存储在refseq上的所有有机体名称
summary_cds 检索编码序列(CDS)文件的摘要统计信息
summary_genome 检索基因组程序集文件的摘要统计信息