biomartr-package | 基因组数据检索 | ||
biomart | 主要生物量查询功能 | ||
biomartr | 基因组数据检索 | ||
clean.retrieval | '格式'元检索'输出 | ||
download.database | 将NCBI数据库下载到本地硬盘 | ||
download.database.all | 下载NCBI数据库的所有元素 | ||
getAssemblyStats | 基因组装配统计检索 | ||
getAttributes | 检索特定数据集的所有可用属性 | ||
getCDS | 编码序列检索 | ||
getCDSSet | 多物种的CDS检索 | ||
getCollection | 检索一个集合:基因组,蛋白质组,CDS,RNA,GFF,Repeat Masker,AssemblyStats | ||
getDatasets | 检索BioMart数据库的所有可用数据集 | ||
getENSEMBLGENOMESInfo | 检索ENSEMBLGENOMES信息文件 | ||
getENSEMBLInfo | 检索ENSEMBL信息文件 | ||
getFilters | 检索特定数据集的所有可用筛选器 | ||
getGenome | 基因组检索 | ||
getGENOMEREPORT | 检索NCBIfilename_points_covered_by_landmarks文件 | ||
getGenomeSet | 多物种基因组检索 | ||
getGFF | 基因组注释检索(GFF3) | ||
getGFFSet | 多物种GFF检索 | ||
getGO | 基因本体查询 | ||
getGroups | 检索生命王国的可用组(仅适用于NCBI RefSeq和NCBI Genbank) | ||
getGTF | 基因组注释检索(GTF) | ||
getKingdomAssemblySummary | 从NCBI检索并汇总所有王国的filename_points_covered_by_landmarks.txt文件 | ||
getKingdoms | 检索可用的生命王国 | ||
getMarts | 检索有关可用Ensembl Biomart数据库的信息 | ||
getMetaGenomeAnnotations | 从NCBI Genbank检索亚基因组注释*.gff文件 | ||
getMetaGenomes | 从NCBI-Genbank检索亚基因组 | ||
getMetaGenomeSummary | 从NCBI genbank metagenomes检索filename_points_covered_by_landmarks.txt文件 | ||
getProteome | 蛋白质组检索 | ||
getProteomeSet | 多物种蛋白质组检索 | ||
getReleases | 检索可用的数据库版本或ENSEMBL版本 | ||
getRepeatMasker | 重复掩蔽恢复 | ||
getRNA | RNA序列检索 | ||
getRNASet | 多物种RNA检索 | ||
getSummaryFile | 帮助函数从NCBI检索filename_points_covered_by_landmarks.txt文件 | ||
is.genome.available | 检查基因组可用性 | ||
listDatabases | 检索可用NCBI数据库的列表以供下载 | ||
listGenomes | 列出所有可用的基因组 | ||
listGroups | 列出每组中可用的基因组数 | ||
listKingdoms | 列出每个生命王国中可用的基因组数量 | ||
listMetaGenomes | 列出NCBI Genbank上可用的亚基因组 | ||
listNCBIDatabases | 检索可用NCBI数据库的列表以供下载 | ||
meta.retrieval | 执行元基因组检索 | ||
meta.retrieval.all | 对所有生命王国中的所有生物进行元基因组检索 | ||
organismAttributes | 检索查询的Ensembl Biomart属性 | ||
organismBM | 检索查询生物体的Ensembl生物标记集市和数据集 | ||
organismFilters | 检索qyery生物体的Ensembl Biomart过滤器 | ||
read_assemblystats | 导入程序集统计文件 | ||
read_cds | 导入CD作为biostring或数据表对象 | ||
read_genome | 导入基因组组装为Biostrings或数据表对象 | ||
read_gff | 导入GFF文件 | ||
read_proteome | 导入蛋白质组作为生物串或数据表对象 | ||
read_rm | 导入重复遮罩输出文件 | ||
read_rna | 导入RNA作为生物串或数据表对象 | ||
refseqOrganisms | 检索存储在refseq上的所有有机体名称 | ||
summary_cds | 检索编码序列(CDS)文件的摘要统计信息 | ||
summary_genome | 检索基因组程序集文件的摘要统计信息 |