| bios2mds-package | 从生物序列到多维尺度 | ||
| bios2mds | 从生物序列到多维尺度 | ||
| col.group | 将mmds对象中的元素链接到特定的组和颜色 | ||
| dif | 差分 | ||
| dis | 差异性得分 | ||
| export.fasta | 以FASTA格式写入MSA文件 | ||
| extract.cluster | 聚类比对的提取 | ||
| gpcr | 预分析G蛋白偶联受体（GPCR）数据集 | ||
| import.fasta | 以FASTA格式读取文件 | ||
| import.msf | 读取MSF格式的多序列比对文件 | ||
| kmeans.run | 多重K-均值分析 | ||
| mat.dif | 序列间差分矩阵 | ||
| mat.dis | 氨基酸序列间相异得分矩阵 | ||
| mmds | 度量多维标度 | ||
| mmds.2D.multi | 将mmds坐标绘制到二维空间 | ||
| mmds.2D.plot | 将mmds坐标绘制到二维空间 | ||
| mmds.3D.plot | 在三维空间上显示mmds坐标 | ||
| mmds.plot | 绘制mmds结果的摘要 | ||
| mmds.project | 度量多维标度投影 | ||
| random.msa | 随机排列 | ||
| scree.plot | 绘制MDS分析的eingenvalues | ||
| sil.score | 轮廓分数 | ||
| sub.mat | 氨基酸取代矩阵 | ||
| write.mmds.pdb | 写入PDB文件 |