R语言bqtl包说明文档(版本 1.0-32)

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bqtl-package 一些介绍性意见
%equiv% 内部BQTL功能
add 遗传模型公式的查找位点或效应
adjust.linear.bayes 使用拉普拉斯近似来改进后验概率的线性近似
bc1.levels 定义标记级别代码
bqtl 贝叶斯QTL模型拟合
bqtl.fitter 获取常见形式的许多模型的似然性
coef.bqtl 从拟合对象中提取系数
coef.bqtl.list 从拟合对象中提取系数
configs 遗传模型公式的查找位点或效应
covar 将基因座视为协变量
dom 遗传模型公式的查找位点或效应
f2.levels 定义标记级别代码
fitted.bqtl QTL模型拟合值
fitted.linear.bayes 残差或预测值线性贝叶斯物体
formula.bqtl 从bqtl对象提取公式
lapadj 所选模型的近似边缘后验概率
linear.bayes 基于线性化似然的贝叶斯QTL定位
little.ana.bc 模拟数据集
little.ana.f2 模拟数据集
little.bc.markers 模拟标记数据
little.bc.pheno 模拟表型数据
little.f2.markers 模拟标记数据
little.f2.pheno 模拟表型数据
little.map.dx 模拟数据的标记地图描述
little.map.frame 模拟标记地图信息包
little.mf.5 模拟标记地图信息包
locus 遗传模型公式的查找位点或效应
loglik 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
loglik.bqtl 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
loglik.bqtl.list 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
loglik.default 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
logpost 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
logpost.bqtl 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
logpost.bqtl.list 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
logpost.default 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
make.analysis.obj 建立QTL定位数据
make.loc.right 跟踪充分信息的标记或状态
make.location.prior 提供默认优先级
make.map.frame 创建标记映射规范
make.marker.numeric 翻译marker.frame.object对象到数值矩阵
make.regressor.matrix 使用预期的标记值创建回归程序
make.state.matrix 创建状态.matrix.object
make.varcov 创建力矩矩阵
map.dx 内部BQTL功能
map.index 查找地图位置的数字索引
map.index.analysis.object 查找地图位置的数字索引
map.index.default 查找地图位置的数字索引
map.loc 报告地图位置
map.location 报告地图位置
map.location.analysis.object 报告地图位置
map.location.bqtl 报告地图位置
map.location.bqtl.list 报告地图位置
map.location.default 报告地图位置
map.names 查找标记或位点的名称
map.names.analysis.object 查找标记或位点的名称
map.names.bqtl 查找标记或位点的名称
map.names.bqtl.list 查找标记或位点的名称
map.names.default 查找标记或位点的名称
map.names.map.frame 查找标记或位点的名称
marker.fill 在标记之间映射位置
marker.levels 定义标记级别代码
plot.analysis.object 按染色体位置绘图
plot.map.frame 按染色体位置绘图
posterior 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
posterior.bqtl 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
posterior.bqtl.list 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
posterior.default 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验
predict.bqtl QTL模型拟合值
predict.linear.bayes 残差或预测值线性贝叶斯物体
residuals.bqtl QTL模型的残差
residuals.linear.bayes 残差或预测值线性贝叶斯物体
rhs.bqtl 内部BQTL功能
ri.levels 定义标记级别代码
summary.adj 拉普拉斯近似
summary.analysis.object 基本数据对象的摘要方法
summary.bqtl 汇总bqtl对象
summary.map.frame 基本数据对象的摘要方法
summary.swap 总结k基因模型的Gibbs样本
swap 多基因模型的MCMC抽样
swapbc1 样本BC1或重组自交系基因座经近似后验。
swapf2 样本F2基因座通过近似后验检验
twohk 线性化后验概率的单基因和双基因模型
twohkbc1 线性化后验概率的单基因和双基因模型
twohkf2 线性化后验概率的单基因和双基因模型
uniq.config 内部BQTL功能
varcov 创建力矩矩阵
version.bqtl 内部BQTL功能
zero.dup 内部BQTL功能