bqtl-package | 一些介绍性意见 | ||
%equiv% | 内部BQTL功能 | ||
add | 遗传模型公式的查找位点或效应 | ||
adjust.linear.bayes | 使用拉普拉斯近似来改进后验概率的线性近似 | ||
bc1.levels | 定义标记级别代码 | ||
bqtl | 贝叶斯QTL模型拟合 | ||
bqtl.fitter | 获取常见形式的许多模型的似然性 | ||
coef.bqtl | 从拟合对象中提取系数 | ||
coef.bqtl.list | 从拟合对象中提取系数 | ||
configs | 遗传模型公式的查找位点或效应 | ||
covar | 将基因座视为协变量 | ||
dom | 遗传模型公式的查找位点或效应 | ||
f2.levels | 定义标记级别代码 | ||
fitted.bqtl | QTL模型拟合值 | ||
fitted.linear.bayes | 残差或预测值线性贝叶斯物体 | ||
formula.bqtl | 从bqtl对象提取公式 | ||
lapadj | 所选模型的近似边缘后验概率 | ||
linear.bayes | 基于线性化似然的贝叶斯QTL定位 | ||
little.ana.bc | 模拟数据集 | ||
little.ana.f2 | 模拟数据集 | ||
little.bc.markers | 模拟标记数据 | ||
little.bc.pheno | 模拟表型数据 | ||
little.f2.markers | 模拟标记数据 | ||
little.f2.pheno | 模拟表型数据 | ||
little.map.dx | 模拟数据的标记地图描述 | ||
little.map.frame | 模拟标记地图信息包 | ||
little.mf.5 | 模拟标记地图信息包 | ||
locus | 遗传模型公式的查找位点或效应 | ||
loglik | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
loglik.bqtl | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
loglik.bqtl.list | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
loglik.default | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
logpost | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
logpost.bqtl | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
logpost.bqtl.list | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
logpost.default | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
make.analysis.obj | 建立QTL定位数据 | ||
make.loc.right | 跟踪充分信息的标记或状态 | ||
make.location.prior | 提供默认优先级 | ||
make.map.frame | 创建标记映射规范 | ||
make.marker.numeric | 翻译marker.frame.object对象到数值矩阵 | ||
make.regressor.matrix | 使用预期的标记值创建回归程序 | ||
make.state.matrix | 创建状态.matrix.object | ||
make.varcov | 创建力矩矩阵 | ||
map.dx | 内部BQTL功能 | ||
map.index | 查找地图位置的数字索引 | ||
map.index.analysis.object | 查找地图位置的数字索引 | ||
map.index.default | 查找地图位置的数字索引 | ||
map.loc | 报告地图位置 | ||
map.location | 报告地图位置 | ||
map.location.analysis.object | 报告地图位置 | ||
map.location.bqtl | 报告地图位置 | ||
map.location.bqtl.list | 报告地图位置 | ||
map.location.default | 报告地图位置 | ||
map.names | 查找标记或位点的名称 | ||
map.names.analysis.object | 查找标记或位点的名称 | ||
map.names.bqtl | 查找标记或位点的名称 | ||
map.names.bqtl.list | 查找标记或位点的名称 | ||
map.names.default | 查找标记或位点的名称 | ||
map.names.map.frame | 查找标记或位点的名称 | ||
marker.fill | 在标记之间映射位置 | ||
marker.levels | 定义标记级别代码 | ||
plot.analysis.object | 按染色体位置绘图 | ||
plot.map.frame | 按染色体位置绘图 | ||
posterior | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
posterior.bqtl | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
posterior.bqtl.list | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
posterior.default | 从拟合模型中提取对数似然、对数后验或后验 | ||
predict.bqtl | QTL模型拟合值 | ||
predict.linear.bayes | 残差或预测值线性贝叶斯物体 | ||
residuals.bqtl | QTL模型的残差 | ||
residuals.linear.bayes | 残差或预测值线性贝叶斯物体 | ||
rhs.bqtl | 内部BQTL功能 | ||
ri.levels | 定义标记级别代码 | ||
summary.adj | 拉普拉斯近似 | ||
summary.analysis.object | 基本数据对象的摘要方法 | ||
summary.bqtl | 汇总bqtl对象 | ||
summary.map.frame | 基本数据对象的摘要方法 | ||
summary.swap | 总结k基因模型的Gibbs样本 | ||
swap | 多基因模型的MCMC抽样 | ||
swapbc1 | 样本BC1或重组自交系基因座经近似后验。 | ||
swapf2 | 样本F2基因座通过近似后验检验 | ||
twohk | 线性化后验概率的单基因和双基因模型 | ||
twohkbc1 | 线性化后验概率的单基因和双基因模型 | ||
twohkf2 | 线性化后验概率的单基因和双基因模型 | ||
uniq.config | 内部BQTL功能 | ||
varcov | 创建力矩矩阵 | ||
version.bqtl | 内部BQTL功能 | ||
zero.dup | 内部BQTL功能 |