| CRISPR-AnalyzeR-package | 拼车-用于共用屏幕的CRISPR分析器 | ||
| aggregatetogenes | 将CRISPR筛选sgRNA数据聚合到基因数据 | ||
| carpools.hit.overview | 分析：使用Wilcoxon检验对CRISPR筛选数据进行汇总分析 | ||
| carpools.hit.scatter | 绘图：为所有提供的样本绘制命中候选基因的散点图 | ||
| carpools.hit.sgrna | 绘制所有候选基因或单个基因的sgRNA效应图 | ||
| carpools.hitident | Wilcox、DESeq2和MAGeCK进行的命中分析可视化 | ||
| carpools.raw.genes | 绘制特定基因的sgRNA表型效应图 | ||
| carpools.read.count.vs | QC：读取计数散点图 | ||
| carpools.read.depth | QC：绘图顺序读取深度 | ||
| carpools.read.distribution | QC：绘图读取计数分布 | ||
| carpools.reads.genedesigns | QC：每个基因的sgrna的图表示 | ||
| carpools.sgrna.table | 表sgRNA效应和靶序列输出 | ||
| carpools.waterfall.pval | p值分布的可视化 | ||
| check.caRpools | 测试拼车安装和相关软件 | ||
| compare.analysis | 导出命中候选基因信息 | ||
| CONTROL1 | 读取未处理样本的计数数据，复制1 | ||
| CONTROL1.g | 读取未处理样本的计数数据，复制1 | ||
| CONTROL2 | 读取未处理样本的计数数据，复制2 | ||
| CONTROL2.g | 读取未处理样本的计数数据，复制2 | ||
| CRISPR-AnalyzeR | 拼车-用于共用屏幕的CRISPR分析器 | ||
| d.CONTROL1 | 未处理样本的读取计数数据的名称，复制1 | ||
| d.CONTROL2 | 未处理样本的读取计数数据的名称，复制2 | ||
| d.TREAT1 | 已处理样本的读取计数数据的名称，复制1 | ||
| d.TREAT2 | 已处理样本的读取计数数据的名称，复制2 | ||
| data.extract | 从NGS FASTQ文件中提取sgRNA信息以创建用于拼车分析的读取计数文件 | ||
| final.table | CaRpools：生成包含所有方法的分析信息的表 | ||
| gene.remove | 从sgRNA中删除基因信息数据框 | ||
| generate.hits | 从拼车分析中检索重叠点击 | ||
| get.gene.info | 从BiomaRt检索基因注释和基因标识符转换 | ||
| libFILE | 包含als-sgRNA靶序列和标识符的文件。用于映射和sgRNA表。 | ||
| load.file | 装载数据，特别是拼车 | ||
| load.packages | 装载和安装用于拼车的包裹 | ||
| referencefile | 没有扩展名的引用文件的名称。 | ||
| stat.DESeq | 分析：集合CRISPR NGS数据的DESeq2分析 | ||
| stat.mageck | 分析：使用MAGeCK分析CRISPR筛选数据 | ||
| stat.wilcox | 分析：使用Wilcoxon检验对CRISPR筛选数据进行汇总分析 | ||
| stats.data | 计算数据集统计信息 | ||
| TREAT1 | 读取处理样本的计数数据，复制1 | ||
| TREAT1.g | 读取处理样本的计数数据，复制1 | ||
| TREAT2 | 读取处理样本的计数数据，复制2 | ||
| TREAT2.g | 读取处理样本的计数数据，复制2 | ||
| unmapped.genes | sgRNAs无读数 | ||
| use.caRpools | 从R控制台开始生成caRpools eport |