| allAF | 获取肿瘤数据的等位基因频率 | ||
| bootstrapEventTiming | 引导事件计时的结果 | ||
| contAF | 获取肿瘤数据的等位基因频率 | ||
| decontAF | 获取肿瘤数据的等位基因频率 | ||
| divideGenome | 用于打印的辅助函数 | ||
| errorAF | 获取肿瘤数据的等位基因频率 | ||
| eventTiming | 估计肿瘤数据中的事件时间 | ||
| eventTimingOverList | 多个样本和区域的事件计时 | ||
| getPi0Summary | 多个样本和区域的事件计时 | ||
| hg19chromosomes | 染色体的p、q和着丝粒的定义 | ||
| labelSeg | 用于打印的辅助函数 | ||
| makeEventHistory | 创建事件历史矩阵 | ||
| mleAF | 估计最可能的等位基因频率 | ||
| multidensity | 绘制多个密度函数 | ||
| mut2Seg | 将突变与片段对齐 | ||
| mutData | 突变数据示例 | ||
| numChromosome | 用于打印的辅助函数 | ||
| plotAlleleByPosition | 按位置绘制等位基因频率图 | ||
| plotAlleleDensity | 等位基因频率图密度/直方图 | ||
| plotCopies | 将分割值相对绘制 | ||
| plotPi0 | pi$0的置信区间￥ | ||
| plotSegmentation | 根据位置绘制分段 | ||
| plotSeqCount | 绘制肿瘤与正常覆盖率的基本函数 | ||
| readSimulation | 基于事件矩阵模拟读取 |