R语言castor包函数列表及帮助文档

R语言castor包说明文档（版本 1.6.4）

		castor-package	大型系统发育树的高效计算。
		asr_empirical_probabilities	经验祖先状态概率。
		asr_independent_contrasts	通过系统发育独立对比重建祖先状态。
		asr_max_parsimony	最大节俭祖国重建。
		asr_mk_model	基于Mk模型的祖先状态重构与重定位
		asr_squared_change_parsimony	方变节俭祖国重建。
		asr_subtree_averaging	子树平均法重建祖先状态。
		castor	大型系统发育树的高效计算。
		collapse_monofurcations	从树上去掉分叉。
		collapse_tree_at_resolution	以系统发育的方式折叠树的节点。
		congruent_divergence_times	使用日期参考树为目标树提取日期锚定
		count_lineages_through_time	通过时间（LTT）计算沿袭的数量。
		count_tips_per_node	数一数下降的小费。
		count_transitions_between_clades	计算提示或节点之间的状态转换数。
		date_tree_red	根据相对的进化差异给树定日期。
		evaluate_spline	在任意位置计算标量样条曲线。
		exponentiate_matrix	使矩阵指数化。
		extend_tree_to_height	把有根的树延伸到一个特定的高度。
		extract_fasttree_constraints	以FastTree对齐格式提取树约束。
		find_farthest_tips	在树的99999节点处找到每个尖端的最远尖端。
		find_nearest_tips	在树的99999节点上查找到每个提示最近的提示。
		find_root	找到树根。
		find_root_of_monophyletic_tips	找到节点或尖端，作为根，将使一组目标尖端单系。
		fit_and_compare_bm_models	拟合并比较两个数据集多元性状进化的布朗运动模型。
		fit_and_compare_sbm_const	拟合并比较两个数据集之间扩散地理扩散的球形布朗运动模型。
		fit_bm_model	拟合多元性状进化的布朗运动模型。
		fit_hbds_model_on_grid	在离散时间网格上拟合同质生灭抽样模型。
		fit_hbds_model_parametric	将参数同质生灭抽样模型拟合到时间树上。
		fit_hbd_model_on_grid	在离散时间网格上拟合同质生灭模型。
		fit_hbd_model_parametric	将参数同质生灭模型拟合到时间树上。
		fit_hbd_pdr_on_grid	在时间网格上拟合出生死亡率模型。
		fit_hbd_pdr_parametric	拟合参数化出生死亡率模型。
		fit_hbd_psr_on_grid	在时间网格上拟合出生死亡模型的物种形成率。
		fit_mk	拟合离散性状演化的Markov（Mk）模型。
		fit_musse	通过极大似然法拟合离散状态依赖的多样化模型。
		fit_sbm_const	在树上拟合球形布朗运动模型。
		fit_sbm_linear	在树上拟合扩散率线性变化的球形布朗运动模型。
		fit_sbm_on_grid	在树上拟合具有分段线性扩散率的球形布朗运动模型。
		fit_sbm_parametric	在树上拟合一个含时的球形布朗运动模型。
		fit_tree_model	将分支模型拟合到现有树。
		gamma_statistic	计算树的gamma统计量。
		generate_gene_tree_msc	基于多物种融合模型生成基因树。
		generate_gene_tree_msc_hgt_dl	基于多物种合并、水平基因转移和复制/丢失生成基因树。
		generate_random_tree	使用泊松物种形成/灭绝模型生成一棵树。
		generate_tree_hbds	在正向时间内从出生死亡抽样模型生成一棵树。
		generate_tree_hbd_reverse	从出生-死亡模型以相反的时间生成一棵树。
		generate_tree_with_evolving_rates	生成具有进化物种形成/灭绝率的随机树。
		geographic_acf	地理位置的系统发育自相关函数。
		get_all_distances_to_root	获取所有尖端和节点到根的距离。
		get_all_node_depths	获取树中每个节点的系统发育深度。
		get_all_pairwise_distances	获取所有尖端和/或节点对之间的距离。
		get_clade_list	将树表示为列出提示/节点的表。
		get_independent_contrasts	连续性状的系统发育独立对比。
		get_mrca_of_set	一组提示/节点的最新共同祖先。
		get_pairwise_distances	获取两对尖端或节点之间的距离。
		get_pairwise_mrcas	获取尖端/节点对的最新公共祖先。
		get_random_diffusivity_matrix	为布朗运动模型创建一个随机扩散率矩阵。
		get_random_mk_transition_matrix	为Mk模型创建一个随机转移矩阵。
		get_reds	计算树的相对进化差异。
		get_stationary_distribution	马尔可夫转移矩阵的平稳分布。
		get_subtrees_at_nodes	从特定节点提取子树。
		get_subtree_at_node	从特定节点提取一个子树。
		get_subtree_with_tips	提取一个子树横跨一个特定的子集提示。
		get_tips_for_mrcas	找到特定的最近共同祖先的提示。
		get_trait_acf	数字性状的系统发育自相关函数。
		get_trait_depth	计算二元性状的系统发育保守性深度。
		get_trait_stats_over_time	计算日期树上数字特征随时间变化的平均值&标准偏差。
		get_transition_index_matrix	为马尔可夫转移模型创建索引矩阵。
		get_tree_span	获取任何尖端到根部的最小和最大距离。
		get_tree_traversal_root_to_tips	从树根到树梢横移。
		hsp_binomial	基于二项分布的二元性状隐态预测。
		hsp_empirical_probabilities	基于经验概率的隐状态预测。
		hsp_independent_contrasts	通过独立于系统发育的对比进行隐藏状态预测。
		hsp_max_parsimony	基于最大简约的隐状态预测。
		hsp_mk_model	基于Mk模型的隐状态预测与重定位
		hsp_nearest_neighbor	基于最近邻的隐藏状态预测。
		hsp_squared_change_parsimony	基于平方变化简约的隐状态预测。
		hsp_subtree_averaging	基于子树平均的隐状态预测。
		is_monophyletic	确定一组提示是否是单系的。
		loglikelihood_hbd	计算同质生灭模型的对数似然。
		map_to_state_space	将离散特征的状态映射为整数。
		merge_short_edges	通过将节点合并为多个分支来消除树中的短边。
		multifurcations_to_bifurcations	将“多分支”展开为“分支”。
		pick_random_tips	在树上随机选取提示子集。
		read_tree	以Newick（插入）格式从字符串或文件加载树。
		reconstruct_past_diversification	从多元化时间序列重构过去的多元化动态。
		reorder_tree_edges	按前序或后序对树边重新排序。
		root_at_midpoint	在中点节点上根目录树或重新根目录树。
		root_at_node	在特定节点上为树建立根或重新建立根。
		root_in_edge	在树的边缘中间扎根或重新扎根。
		root_via_outgroup	根据外组提示为树添加根或重新添加根。
		simulate_bm_model	模拟多元性状协同进化的布朗运动模型。
		simulate_deterministic_hbd	模拟确定性同质生灭模型。
		simulate_deterministic_hbds	模拟确定性同质生灭抽样模型。
		simulate_diversification_model	模拟确定性的均匀物种形成/灭绝模型。
		simulate_dsse	模拟离散态物种形成和灭绝（dSSE）模型。
		simulate_mk_model	模拟离散性状进化的Mk模型。
		simulate_musse	模拟离散态物种形成和灭绝（dSSE）模型。
		simulate_ou_model	模拟连续性状进化的Ornstein-Uhlenbeck模型。
		simulate_rou_model	模拟连续性状进化的反射Ornstein-Uhlenbeck模型。
		simulate_sbm	在树上模拟球形布朗运动。
		simulate_tdsse	模拟与时间相关的离散态物种形成和灭绝（tdSSE）模型。
		split_tree_at_height	把一棵树分成特定高度的子树。
		tree_distance	计算两棵树之间的距离。
		tree_from_branching_ages	生成具有特定分支年龄的随机时间树。
		tree_from_sampling_branching_ages	生成具有特定提示/采样和节点/分支年龄的随机时间树。
		tree_imbalance	计算树的各种不平衡统计。
		trim_tree_at_height	把有根的树修剪到一定的高度。
		write_tree	用Newick（插入）格式写一棵树。