R语言circlize包说明文档（版本 0.4.11）

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circlize-package R中的圆形可视化
add_transparency 为颜色添加透明度
adjacencyList2Matrix 将邻接列表转换为邻接矩阵
adjacencyMatrix2List 将邻接矩阵转换为邻接列表
calc_gap 计算间距以制作相同比例的两张弦图
CELL_META 在当前单元格中获取元数据的简单方法
chordDiagram 绘制弦图
chordDiagramFromDataFrame 从数据框绘制弦图
chordDiagramFromMatrix 从邻接矩阵绘制弦图
circlize 转换为极坐标系
circos.arrow 画与圆圈平行的箭头
circos.axis 绘制x轴
circos.barplot 绘制条形图
circos.boxplot 绘制箱线图
circos.clear 重置圆形布局参数
circos.dendrogram 添加圆形树状图
circos.genomicAxis 添加基因组轴
circos.genomicDensity 计算并添加基因组密度轨迹
circos.genomicHeatmap 为选定区域添加热图
circos.genomicIdeogram 添加表意字符轨迹
circos.genomicInitialize 用任何基因组数据初始化循环图
circos.genomicLabels 为指定的基因组区域添加标签
circos.genomicLines 为绘图区域添加线条，特别是基因组图形
circos.genomicLink 从两组基因组位置添加链接
circos.genomicPoints 为绘图区域添加点，特别是基因组图形
circos.genomicPosTransformLines 在轨道之间添加基因组位置转换线
circos.genomicRainfall 基因组降雨图
circos.genomicRect 绘制矩形网格，专门用于基因组图形
circos.genomicText 在细胞中绘制文本，特别是基因组图形
circos.genomicTrack 为基因组图形创建轨迹
circos.genomicTrackPlotRegion 为基因组图形创建轨迹
circos.heatmap 制作圆形热图
circos.heatmap.initialize 初始化循环热图
circos.heatmap.link 在圆形热图中的两个矩阵行之间绘制链接
circos.info 获取圆形图的信息
circos.initialize 初始化圆形布局
circos.initializeWithIdeogram 用象形文字初始化圆形布局
circos.lines 向打印区域添加线
circos.link 在点或/和间隔之间绘制链接
circos.nested 使用两个圆形绘图进行嵌套缩放
circos.par 圆形布局的参数
circos.points 向打印区域添加点
circos.polygon 绘制多边形
circos.raster 添加光栅图像
circos.rect 绘制矩形网格
circos.segments 通过成对的点绘制线段
circos.text 在单元格中绘制文本
circos.track 为整个轨迹创建打印区域
circos.trackHist 在整个轨迹的单元格中绘制直方图
circos.trackLines 向同一轨迹中的打印区域添加线
circos.trackPlotRegion 为整个轨迹创建打印区域
circos.trackPoints 向同一轨迹中的打印区域添加点
circos.trackText 在整个轨迹的单元格中绘制文本
circos.triangle 画三角形
circos.update 为整个轨迹创建打印区域
circos.updatePlotRegion 更新现有单元格中的打印区域
circos.violin 画小提琴情节
circos.xaxis 绘制x轴
circos.yaxis 绘制y轴
cm_h 换算单位
cm_x 在数据坐标中转换x方向上的单位
cm_y 在数据坐标中y方向上转换单位
col2value 从颜色转换回值
colorRamp2 颜色插值
convert_height 换算单位
convert_length 换算单位
convert_x 在数据坐标中转换x方向上的单位
convert_y 在数据坐标中y方向上转换单位
cytoband.col 根据Giemsa染色结果为细胞遗传带（hg19）指定颜色
degree 将该值标记为度值
draw.sector 把扇形或环形画成一个圆
fontsize 将fontsize转换为cex
generateRandomBed 生成随机基因组数据
genomicDensity 计算基因组区域密度
get.all.sector.index 获取所有部门的索引
get.all.track.index 获取所有曲目的索引
get.cell.meta.data 获取单元格的元数据
get.current.chromosome 获取当前染色体名称
get.current.sector.index 获取当前扇区索引
get.current.track.index 获取当前曲目索引
getI 那是什么数据panel.fun公司'正在使用
highlight.chromosome 突出显示染色体
highlight.sector 突出显示扇区和轨迹
inches_h 换算单位
inches_x 在数据坐标中转换x方向上的单位
inches_y 在数据坐标中y方向上转换单位
inch_h 换算单位
inch_x 在数据坐标中转换x方向上的单位
inch_y 在数据坐标中y方向上转换单位
mm_h 换算单位
mm_x 在数据坐标中转换x方向上的单位
mm_y 在数据坐标中y方向上转换单位
names.CELL_META 当前单元格中所有元数据的名称
posTransform.default 基因组位置转换功能
posTransform.text 特定于文本的基因组位置转换功能
print.CELL_META 打印filename_points_covered_by_landmarks
rainfallTransform 计算基因组区域间的距离
rand_color 生成随机颜色
read.chromInfo 从数据帧/文件/UCSC数据库读取/解析chromInfo数据
read.cytoband 从数据帧/文件/UCSC数据库读取/解析细胞带数据
reverse.circlize 转换为数据坐标系
set.current.cell 将标志设置为当前单元格
set_track_gap 设置轨迹之间的间距
show.index 在每个单元格上标记扇区索引和磁道索引
smartAlign 调整文本位置
Subset.CELL_META 在当前单元格中获取元数据的简单方法
uh 换算单位
ux 在数据坐标中转换x方向上的单位
uy 在数据坐标中y方向上转换单位
$.CELL_META 在当前单元格中获取元数据的简单方法