| allmaxdist | 计算系统发育中所有分类群对的最大距离。 | ||
| ancestrallineages | 从他们最近的共同祖先中提取导致两个尖端t1和t2的谱系。 | ||
| calcchanges | 计算在系统发育的所有分支上发生的所有表型变化。 | ||
| convnum | 通过收敛事件的数量来量化收敛 | ||
| convnumsig | 使用模拟和convnum度量评估收敛进化的重要性 | ||
| convrat | 如Stayton（2015）所述，使用C1、C2、C3和C4度量量化趋同进化。 | ||
| convratsig | 通过当前与最大过去表型距离的比值来检验收敛进化的显著性 | ||
| findanc | 在系统发育史中找到给定节点的祖先 | ||
| labelstonumbers | 将分类单元名称转换为尖端/边缘编号 | ||
| maxdist | 计算导致一对分类群的谱系之间的最大表型距离。 | ||
| multianc | 为多个字符重建祖先状态 | ||
| plotellipse | 绘制椭圆 |