| cubfits-package | 密码子偏向用法 | ||
| AllDataFormats | 数据格式 | ||
| asl.optim | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| b | 数据格式 | ||
| b.Init | 演示数据集 | ||
| bVec | 数据格式 | ||
| calc_cai_values | 密码子适应指数（CAI）函数 | ||
| calc_scuo_values | 同义密码子使用顺序（SCUO）索引函数 | ||
| calc_scu_values | 密码子使用选择功能（SCU） | ||
| codon.low2up | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| codon.up2low | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.b.to.bVec | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.bVec.to.b | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.n.to.list | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.reu13.df.to.list | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.seq.data.to.string | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.y.to.list | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| convert.y.to.scuo | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| cubappr | 无表达式ORFs的密码子使用偏向近似 | ||
| cubfits | 密码子使用偏倚适合观察到的ORFs和表达 | ||
| cubmultichain | Cedric收敛实用程序 | ||
| cubpred | 观察到的orf密码子使用偏差预测 | ||
| cubsinglechain | Cedric收敛实用程序 | ||
| dasl | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| dasla | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| DataConverting | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| DataGenerating | 生成数据结构 | ||
| DataIO | 输入和输出实用程序 | ||
| dmixnormerr | 混合正态优化 | ||
| dna.low2up | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| dna.up2low | 将数据帧转换为其他格式 | ||
| estimatePhi | Phi初始化（通用） | ||
| ex.test | 演示数据集 | ||
| ex.train | 演示数据集 | ||
| fitMultinom | 拟合多项式模型（通用） | ||
| gen.n | 生成数据结构 | ||
| gen.phi.Obs | 生成数据结构 | ||
| gen.reu13.df | 生成数据结构 | ||
| gen.reu13.list | 生成数据结构 | ||
| gen.scuo | 生成数据结构 | ||
| gen.y | 生成数据结构 | ||
| get.expath | 输入和输出实用程序 | ||
| init.function | 密码子使用偏好拟合的初始泛型函数 | ||
| isConverged | Cedric收敛实用程序 | ||
| mixnormerr.optim | 混合正态优化 | ||
| n | 数据格式 | ||
| n.list | 数据格式 | ||
| normalizeDataSet | Cedric IO实用程序 | ||
| pasl | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| pasla | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| phi.df | 数据格式 | ||
| phi.Obs | 数据格式 | ||
| plotaddmodel | 曲线拟合模型 | ||
| plotbin | 绘制装箱结果 | ||
| plotCUB | Cedric绘图实用程序 | ||
| plotExpectedPhiTrace | Cedric绘图实用程序 | ||
| plotmodel | 曲线拟合模型 | ||
| plotprxy | 预测X-Y图 | ||
| plotPTraces | Cedric绘图实用程序 | ||
| plotTraces | Cedric绘图实用程序 | ||
| print.mixnormerr | 按类打印对象的函数 | ||
| prop.bin.roc | 绘制装箱结果 | ||
| prop.model.roc | 曲线拟合模型 | ||
| qasl | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| qasla | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| rasl | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| rasla | 非对称拉普拉斯分布 | ||
| read.phi.df | 输入和输出实用程序 | ||
| read.seq | 输入和输出实用程序 | ||
| readGenome | Cedric IO实用程序 | ||
| rearrange.n | 按ORF名称重新排列数据结构 | ||
| rearrange.phi.Obs | 按ORF名称重新排列数据结构 | ||
| rearrange.reu13.df | 按ORF名称重新排列数据结构 | ||
| rearrange.y | 按ORF名称重新排列数据结构 | ||
| reu13.df | 数据格式 | ||
| reu13.list | 数据格式 | ||
| scuo | 数据格式 | ||
| scuo.random | 生成随机SCUO索引 | ||
| seq.data | 数据格式 | ||
| seq.string | 数据格式 | ||
| simu.mixnormerr | 模拟ORF和表达式数据 | ||
| simu.orf | 模拟ORF和表达式数据 | ||
| simu.phi.Obs | 模拟ORF和表达式数据 | ||
| write.phi.df | 输入和输出实用程序 | ||
| write.seq | 输入和输出实用程序 | ||
| y | 数据格式 | ||
| y.list | 数据格式 | ||
| yassour | Yassour2009酵母实验数据集 | ||
| yassour.info | Yassour2009酵母实验数据集的后验结果 | ||
| yassour.PM.appr | Yassour2009酵母实验数据集的后验结果 | ||
| yassour.PM.fits | Yassour2009酵母实验数据集的后验结果 | ||
| .CF.AC | 默认控制选项 | ||
| .CF.CONF | 默认控制选项 | ||
| .CF.CT | 默认控制选项 | ||
| .CF.DP | 默认控制选项 | ||
| .CF.GV | 默认控制选项 | ||
| .CF.OP | 默认控制选项 | ||
| .CF.PARAM | 默认控制选项 | ||
| .CF.PT | 默认控制选项 | ||
| .CO.CT | 默认控制选项 | ||
| .cubfitsEnv | 默认控制选项 |