R语言dendextend包说明文档(版本 1.14.0)
返回R语言所有包列表
dendextend-package
扩展树状图对象的函数
all.equal.dendlist
两个(或更多)树状图的全局比较
all.equal.dendrogram
两个(或更多)树状图的全局比较
all_couple_rotations_at_k
为k旋转树枝
all_unique
检查向量中的所有元素是否唯一
as.dendlist
试着强迫某件事成为一个密谋者
as.ggdend
使用ggplot创建树状图。
as.ggdend.dendrogram
使用ggplot创建树状图。
as.phylo.dendrogram
将树状图转换成系统图
assign_dendextend_options
将dendextend函数填充到filename_points_covered_by_landmarks中
assign_values_to_branches_edgePar
将值赋给树状图分支的边par
assign_values_to_leaves_edgePar
将值赋给树状图叶的边部
assign_values_to_leaves_nodePar
将值赋给树状图叶的nodePar
assign_values_to_nodes_nodePar
为树状图节点的nodePar赋值
as_hclust_fixed
将树状图对象转换为类hclust
bakers_gamma_for_2_k_matrix
两k矩阵的Bakers-Gamma
Bk
Bk—计算两个树状图的Fowlkes-Mallows指数
Bk_permutations
Bk置换-计算两个树状图的Fowlkes-Mallows指数
Bk_plot
Bk图-绘制不同k的两个树状图的Fowlkes-Mallows指数
branches_attr_by_clusters
基于集群更改分支的col/lwd/lty
branches_attr_by_labels
更改符合标签条件的分支的列/长宽/长度
branches_attr_by_lists
将分支的col/lwd/lty从根向下更改为由相应成员的标签列表定义的集群
branches_color
根据子聚类对树的分支进行着色
circlize_dendrogram
绘制一个圈出的树状图
click_rotate
交互式旋转树对象
click_rotate.default
交互式旋转树对象
click_rotate.dendrogram
交互式旋转树对象
collapse_branch
折叠公差级别下的分支
colored_bars
向树状图添加彩色条
colored_dots
在树状图旁边添加彩色点
color_branches
根据子聚类对树的分支进行着色
color_labels
根据子簇给dend的标签上色
color_unique_labels
在树状图中给唯一的标签上色
colour_branches
根据子聚类对树的分支进行着色
colour_labels
根据子簇给dend的标签上色
common_subtrees_clusters
查找公共子树簇
cor.dendlist
树列表之间的相关矩阵。
cor_bakers_gamma
贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.default
贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.dendlist
贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.dendrogram
贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.hclust
贝克伽马相关系数
cor_common_nodes
两棵树之间公共节点的比例
cor_cophenetic
两棵树的共生相关
cor_cophenetic.default
两棵树的共生相关
cor_cophenetic.dendlist
两棵树的共生相关
cor_FM_index
某些k的filename_edges_strength相关性
count_terminal_nodes
统计终端节点数(合并0个节点!)
cutree
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.agnes
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.default
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.dendrogram
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.diana
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.hclust
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.phylo
将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree_1h.dendrogram
树状图的切割树(仅按1个高度!)
cutree_1k.dendrogram
树状图的割树(仅按1 k值!)
cut_lower_fun
切割一个树状图-并在输出上运行一个函数
dendbackback
缠结图
dendextend
扩展树状图对象的函数
dendextend_cut_lower_fun
切割一个树状图-并在输出上运行一个函数
dendextend_heights_per_k.dendrogram
对于一个树状图,哪个高度会导致哪个k
dendextend_options
访问filename_points_covered_by_landmarks
dendlist
从多个树状图创建dendlist对象
DendSer.dendrogram
尝试在树状图上运行DendSer
dend_diff
并排绘制两棵树,以红色突出显示每棵树的唯一边。
dend_diff.dendlist
并排绘制两棵树,以红色突出显示每棵树的唯一边。
dend_diff.dendrogram
并排绘制两棵树,以红色突出显示每棵树的唯一边。
dend_expend
为一个地区找到一个“好”的树状图
dist.dendlist
两个树状图之间的拓扑距离
distinct_edges
在一棵树中查找与另一棵树不同的边
dist_long
将dist对象转换为“long”表
duplicate_leaf
将一片叶子复制X次
entanglement
测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.dendlist
测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.dendrogram
测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.hclust
测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.phylo
测量两棵树之间的纠缠度
fac2num
把一个因子变成一个数
find_dend
为一个地区找到一个“好”的树状图
find_dendrogram
搜索由选定标签组成的子树状图结构
find_k
使用平均轮廓宽度找到树状图的(估计)簇数
fix_members_attr.dendrogram
在树状图中固定成员属性
flatten.dendrogram
把树状图的根的分枝弄平
flip_leaves
翻树叶
FM_index
计算Fowlkes-Mallows指数
FM_index_permutation
H0下Fowlkes-Mallows指数的计算
FM_index_R
R中Fowlkes-Mallows指数的计算
get_branches_heights
从树状图中获取高度属性
get_childrens_heights
从树状图的子对象中获取高度属性
get_leaves_attr
获取/设置树状图叶的属性
get_leaves_branches_attr
获取树状图叶的分支的属性
get_leaves_branches_col
得到一个树状图的叶子的分支的颜色
get_leaves_edgePar
得到树状图的叶子边缘图
get_leaves_nodePar
获取树状图叶子的节点图
get_nodes_attr
获取树状图节点的属性
get_nodes_xy
得到树状图节点的x-y坐标
get_root_branches_attr
从树状图的根获取属性(!)分支
get_subdendrograms
从给定的树状图对象中提取procedure个子树状图列表
ggdend
使用ggplot创建树状图。
ggplot.dendrogram
使用ggplot创建树状图。
ggplot.ggdend
使用ggplot创建树状图。
hang.dendrogram
挂树形叶
has_component_in_attribute
树状图是否有edgePar/nodePar组件?
has_edgePar
树状图是否有edgePar/nodePar组件?
has_nodePar
树状图是否有edgePar/nodePar组件?
heights_per_k.dendrogram
对于一个树状图,哪个高度会导致哪个k
highlight_branches
通过颜色和线宽高亮显示树状图的分支高度
highlight_branches_col
通过颜色和线宽高亮显示树状图的分支高度
highlight_branches_lwd
通过颜色和线宽高亮显示树状图的分支高度
highlight_distinct_edges
高亮显示树中的不同边(与另一个相比)
highlight_distinct_edges.dendlist
高亮显示树中的不同边(与另一个相比)
highlight_distinct_edges.dendrogram
高亮显示树中的不同边(与另一个相比)
identify.dendrogram
确定树状图中的簇(非hclust)
intersect_trees
相交树
is.dendlist
是某个类的对象
is.dendrogram
是某个类的对象
is.dist
是某个类的对象
is.hclust
是某个类的对象
is.natural.number
检查数字是否自然
is.phylo
是某个类的对象
is_null_list
检查值是否为空且列表为()
is_some_class
是某个类的对象
khan
来自Khan等人的微阵列基因表达数据集,2001年。306个基因的子集。
labels.hclust
“标签”赋值运算符
labels.phylo
“标签”赋值运算符
labels
“标签”赋值运算符
labels
“标签”赋值运算符
labels
“标签”赋值运算符
labels
“标签”赋值运算符
labels
“标签”赋值运算符
labels_cex
检索/分配cex到树状图的标签
labels_cex
检索/分配cex到树状图的标签
labels_col
检索/分配树状图标签的颜色
labels_colors
检索/分配树状图标签的颜色
labels_colors
检索/分配树状图标签的颜色
ladderize
使树变绿
ladderize.dendlist
使树变绿
ladderize.dendrogram
使树变绿
ladderize.phylo
使树变绿
leaf_Colors
返回树状图的叶颜色
leaf_colors
返回树状图的叶颜色
lowest_common_branch
找到两个项目共享的最低公共分支
match_order_by_labels
根据另一个树状图调整一个树状图的顺序(使用标签)
match_order_dendrogram_by_old_order
根据另一个树状图调整一个树状图的顺序(使用顺序)
max_depth
找到树状图的最小/最大深度
min_depth
找到树状图的最小/最大深度
na_locf
上次观察结转
nleaves
计算树上叶子的数目
nleaves.default
计算树上叶子的数目
nleaves.dendlist
计算树上叶子的数目
nleaves.dendrogram
计算树上叶子的数目
nleaves.hclust
计算树上叶子的数目
nleaves.phylo
计算树上叶子的数目
nnodes
计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.default
计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.dendrogram
计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.hclust
计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.phylo
计算树中节点(顶点)的数量
noded_with_condition
查找满足条件的节点
order.dendrogram
有序树状图
order.hclust
叶序的树状图
partition_leaves
带有每个子树(边)标签的列表
place_labels
在树状图中设置/放置新标签
plot.dendlist
从多个树状图创建dendlist对象
plot.find_k
使用平均轮廓宽度找到树状图的(估计)簇数
plot_horiz.dendrogram
绘制左尖调整水平树状图
prepare.ggdend
使用ggplot创建树状图。
print.ggdend
使用ggplot创建树状图。
prune
修剪树(使用树叶的标签)
prune.default
修剪树(使用树叶的标签)
prune.dendrogram
修剪树(使用树叶的标签)
prune.hclust
修剪树(使用树叶的标签)
prune.phylo
修剪树(使用树叶的标签)
prune.rpart
修剪树(使用树叶的标签)
prune_common_subtrees.dendlist
把树修剪成它们共同的子树
prune_leaf
从树状图上剪下一片叶子
pvclust_edges
获取Pvclust边信息
pvclust_show_signif
基于pvclust对象的树状图中的重要分支
pvclust_show_signif_gradient
树状图中分支的显著性梯度(通过pvclust)
pvrect2
围绕具有高/低P值的树状图簇绘制矩形
raise.dendrogram
提高树形图树的高度
rank_branches
给树枝的高度排序
rank_order.dendrogram
固定树图中叶序值的秩
rank_values_with_clusters
基于聚类对向量进行排序
rect.dendrogram
围绕树状图的簇绘制矩形
reindex_dend
重新索引修剪后的树状图
remove_branches_edgePar
从树状图的分支中删除所有edgePar值
remove_leaves_nodePar
从树状图的叶中删除所有nodePar值
remove_nodes_nodePar
从树状图的节点中删除所有nodePar值
rev.hclust
旋转树对象
rllply
递归地在列表上应用函数
rotate
旋转树对象
rotate.default
旋转树对象
rotate.dendrogram
旋转树对象
rotate.hclust
旋转树对象
rotate.phylo
旋转树对象
rotate_DendSer
基于DendSer旋转dend
sample.dendrogram
取样一棵树
seriate_dendrogram
基于距离矩阵的系列化旋转树状图
set
将(/update)功能设置为树状图
set.data.table
将(/update)功能设置为树状图
set.dendlist
将(/update)功能设置为树状图
set.dendrogram
将(/update)功能设置为树状图
set_labels
在树状图中设置/放置新标签
shuffle
树木的随机轮换
shuffle.default
树木的随机轮换
shuffle.dendlist
树木的随机轮换
shuffle.dendrogram
树木的随机轮换
shuffle.hclust
树木的随机轮换
shuffle.phylo
树木的随机轮换
sort.dendlist
旋转树对象
sort.dendrogram
旋转树对象
sort.hclust
旋转树对象
sort_2_clusters_vectors
按名称对两个簇进行排序
sort_dist_mat
按行和列名称对距离矩阵排序
sort_levels_values
对向量中的值进行级别排序
tanglegram
缠结图
tanglegram.default
缠结图
tanglegram.dendlist
缠结图
tanglegram.dendrogram
缠结图
tanglegram.hclust
缠结图
tanglegram.phylo
缠结图
theme_dendro
在ggplot中创建完全空白的主题
unbranch
不分枝的树
unbranch.default
不分枝的树
unbranch.dendrogram
不分枝的树
unbranch.hclust
不分枝的树
unbranch.phylo
不分枝的树
unclass_dend
解开整个树状图树
untangle
解开树状图
untangle.default
解开树状图
untangle.dendlist
解开树状图
untangle.dendrogram
解开树状图
untangle_DendSer
尝试在树状图上运行DendSer
untangle_labels
解开树状图
untangle_random_search
解开-随机搜索
untangle_step_rotate_1side
逐步解开一棵树与另一棵树的关系
untangle_step_rotate_2side
一次一棵逐步解开两棵树
which_leaf
哪个节点是叶子?
which_node
一组标签共用哪个节点id