R语言dendextend包说明文档(版本 1.14.0)

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dendextend-package 扩展树状图对象的函数
all.equal.dendlist 两个(或更多)树状图的全局比较
all.equal.dendrogram 两个(或更多)树状图的全局比较
all_couple_rotations_at_k 为k旋转树枝
all_unique 检查向量中的所有元素是否唯一
as.dendlist 试着强迫某件事成为一个密谋者
as.ggdend 使用ggplot创建树状图。
as.ggdend.dendrogram 使用ggplot创建树状图。
as.phylo.dendrogram 将树状图转换成系统图
assign_dendextend_options 将dendextend函数填充到filename_points_covered_by_landmarks中
assign_values_to_branches_edgePar 将值赋给树状图分支的边par
assign_values_to_leaves_edgePar 将值赋给树状图叶的边部
assign_values_to_leaves_nodePar 将值赋给树状图叶的nodePar
assign_values_to_nodes_nodePar 为树状图节点的nodePar赋值
as_hclust_fixed 将树状图对象转换为类hclust
bakers_gamma_for_2_k_matrix 两k矩阵的Bakers-Gamma
Bk Bk—计算两个树状图的Fowlkes-Mallows指数
Bk_permutations Bk置换-计算两个树状图的Fowlkes-Mallows指数
Bk_plot Bk图-绘制不同k的两个树状图的Fowlkes-Mallows指数
branches_attr_by_clusters 基于集群更改分支的col/lwd/lty
branches_attr_by_labels 更改符合标签条件的分支的列/长宽/长度
branches_attr_by_lists 将分支的col/lwd/lty从根向下更改为由相应成员的标签列表定义的集群
branches_color 根据子聚类对树的分支进行着色
circlize_dendrogram 绘制一个圈出的树状图
click_rotate 交互式旋转树对象
click_rotate.default 交互式旋转树对象
click_rotate.dendrogram 交互式旋转树对象
collapse_branch 折叠公差级别下的分支
colored_bars 向树状图添加彩色条
colored_dots 在树状图旁边添加彩色点
color_branches 根据子聚类对树的分支进行着色
color_labels 根据子簇给dend的标签上色
color_unique_labels 在树状图中给唯一的标签上色
colour_branches 根据子聚类对树的分支进行着色
colour_labels 根据子簇给dend的标签上色
common_subtrees_clusters 查找公共子树簇
cor.dendlist 树列表之间的相关矩阵。
cor_bakers_gamma 贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.default 贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.dendlist 贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.dendrogram 贝克伽马相关系数
cor_bakers_gamma.hclust 贝克伽马相关系数
cor_common_nodes 两棵树之间公共节点的比例
cor_cophenetic 两棵树的共生相关
cor_cophenetic.default 两棵树的共生相关
cor_cophenetic.dendlist 两棵树的共生相关
cor_FM_index 某些k的filename_edges_strength相关性
count_terminal_nodes 统计终端节点数(合并0个节点!)
cutree 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.agnes 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.default 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.dendrogram 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.diana 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.hclust 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree.phylo 将树(树状图/hclust/philo)分成数据组
cutree_1h.dendrogram 树状图的切割树(仅按1个高度!)
cutree_1k.dendrogram 树状图的割树(仅按1 k值!)
cut_lower_fun 切割一个树状图-并在输出上运行一个函数
dendbackback 缠结图
dendextend 扩展树状图对象的函数
dendextend_cut_lower_fun 切割一个树状图-并在输出上运行一个函数
dendextend_heights_per_k.dendrogram 对于一个树状图,哪个高度会导致哪个k
dendextend_options 访问filename_points_covered_by_landmarks
dendlist 从多个树状图创建dendlist对象
DendSer.dendrogram 尝试在树状图上运行DendSer
dend_diff 并排绘制两棵树,以红色突出显示每棵树的唯一边。
dend_diff.dendlist 并排绘制两棵树,以红色突出显示每棵树的唯一边。
dend_diff.dendrogram 并排绘制两棵树,以红色突出显示每棵树的唯一边。
dend_expend 为一个地区找到一个“好”的树状图
dist.dendlist 两个树状图之间的拓扑距离
distinct_edges 在一棵树中查找与另一棵树不同的边
dist_long 将dist对象转换为“long”表
duplicate_leaf 将一片叶子复制X次
entanglement 测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.dendlist 测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.dendrogram 测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.hclust 测量两棵树之间的纠缠度
entanglement.phylo 测量两棵树之间的纠缠度
fac2num 把一个因子变成一个数
find_dend 为一个地区找到一个“好”的树状图
find_dendrogram 搜索由选定标签组成的子树状图结构
find_k 使用平均轮廓宽度找到树状图的(估计)簇数
fix_members_attr.dendrogram 在树状图中固定成员属性
flatten.dendrogram 把树状图的根的分枝弄平
flip_leaves 翻树叶
FM_index 计算Fowlkes-Mallows指数
FM_index_permutation H0下Fowlkes-Mallows指数的计算
FM_index_R R中Fowlkes-Mallows指数的计算
get_branches_heights 从树状图中获取高度属性
get_childrens_heights 从树状图的子对象中获取高度属性
get_leaves_attr 获取/设置树状图叶的属性
get_leaves_branches_attr 获取树状图叶的分支的属性
get_leaves_branches_col 得到一个树状图的叶子的分支的颜色
get_leaves_edgePar 得到树状图的叶子边缘图
get_leaves_nodePar 获取树状图叶子的节点图
get_nodes_attr 获取树状图节点的属性
get_nodes_xy 得到树状图节点的x-y坐标
get_root_branches_attr 从树状图的根获取属性(!)分支
get_subdendrograms 从给定的树状图对象中提取procedure个子树状图列表
ggdend 使用ggplot创建树状图。
ggplot.dendrogram 使用ggplot创建树状图。
ggplot.ggdend 使用ggplot创建树状图。
hang.dendrogram 挂树形叶
has_component_in_attribute 树状图是否有edgePar/nodePar组件?
has_edgePar 树状图是否有edgePar/nodePar组件?
has_nodePar 树状图是否有edgePar/nodePar组件?
heights_per_k.dendrogram 对于一个树状图,哪个高度会导致哪个k
highlight_branches 通过颜色和线宽高亮显示树状图的分支高度
highlight_branches_col 通过颜色和线宽高亮显示树状图的分支高度
highlight_branches_lwd 通过颜色和线宽高亮显示树状图的分支高度
highlight_distinct_edges 高亮显示树中的不同边(与另一个相比)
highlight_distinct_edges.dendlist 高亮显示树中的不同边(与另一个相比)
highlight_distinct_edges.dendrogram 高亮显示树中的不同边(与另一个相比)
identify.dendrogram 确定树状图中的簇(非hclust)
intersect_trees 相交树
is.dendlist 是某个类的对象
is.dendrogram 是某个类的对象
is.dist 是某个类的对象
is.hclust 是某个类的对象
is.natural.number 检查数字是否自然
is.phylo 是某个类的对象
is_null_list 检查值是否为空且列表为()
is_some_class 是某个类的对象
khan 来自Khan等人的微阵列基因表达数据集,2001年。306个基因的子集。
labels.hclust “标签”赋值运算符
labels.phylo “标签”赋值运算符
labels “标签”赋值运算符
labels “标签”赋值运算符
labels “标签”赋值运算符
labels “标签”赋值运算符
labels “标签”赋值运算符
labels_cex 检索/分配cex到树状图的标签
labels_cex 检索/分配cex到树状图的标签
labels_col 检索/分配树状图标签的颜色
labels_colors 检索/分配树状图标签的颜色
labels_colors 检索/分配树状图标签的颜色
ladderize 使树变绿
ladderize.dendlist 使树变绿
ladderize.dendrogram 使树变绿
ladderize.phylo 使树变绿
leaf_Colors 返回树状图的叶颜色
leaf_colors 返回树状图的叶颜色
lowest_common_branch 找到两个项目共享的最低公共分支
match_order_by_labels 根据另一个树状图调整一个树状图的顺序(使用标签)
match_order_dendrogram_by_old_order 根据另一个树状图调整一个树状图的顺序(使用顺序)
max_depth 找到树状图的最小/最大深度
min_depth 找到树状图的最小/最大深度
na_locf 上次观察结转
nleaves 计算树上叶子的数目
nleaves.default 计算树上叶子的数目
nleaves.dendlist 计算树上叶子的数目
nleaves.dendrogram 计算树上叶子的数目
nleaves.hclust 计算树上叶子的数目
nleaves.phylo 计算树上叶子的数目
nnodes 计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.default 计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.dendrogram 计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.hclust 计算树中节点(顶点)的数量
nnodes.phylo 计算树中节点(顶点)的数量
noded_with_condition 查找满足条件的节点
order.dendrogram 有序树状图
order.hclust 叶序的树状图
partition_leaves 带有每个子树(边)标签的列表
place_labels 在树状图中设置/放置新标签
plot.dendlist 从多个树状图创建dendlist对象
plot.find_k 使用平均轮廓宽度找到树状图的(估计)簇数
plot_horiz.dendrogram 绘制左尖调整水平树状图
prepare.ggdend 使用ggplot创建树状图。
print.ggdend 使用ggplot创建树状图。
prune 修剪树(使用树叶的标签)
prune.default 修剪树(使用树叶的标签)
prune.dendrogram 修剪树(使用树叶的标签)
prune.hclust 修剪树(使用树叶的标签)
prune.phylo 修剪树(使用树叶的标签)
prune.rpart 修剪树(使用树叶的标签)
prune_common_subtrees.dendlist 把树修剪成它们共同的子树
prune_leaf 从树状图上剪下一片叶子
pvclust_edges 获取Pvclust边信息
pvclust_show_signif 基于pvclust对象的树状图中的重要分支
pvclust_show_signif_gradient 树状图中分支的显著性梯度(通过pvclust)
pvrect2 围绕具有高/低P值的树状图簇绘制矩形
raise.dendrogram 提高树形图树的高度
rank_branches 给树枝的高度排序
rank_order.dendrogram 固定树图中叶序值的秩
rank_values_with_clusters 基于聚类对向量进行排序
rect.dendrogram 围绕树状图的簇绘制矩形
reindex_dend 重新索引修剪后的树状图
remove_branches_edgePar 从树状图的分支中删除所有edgePar值
remove_leaves_nodePar 从树状图的叶中删除所有nodePar值
remove_nodes_nodePar 从树状图的节点中删除所有nodePar值
rev.hclust 旋转树对象
rllply 递归地在列表上应用函数
rotate 旋转树对象
rotate.default 旋转树对象
rotate.dendrogram 旋转树对象
rotate.hclust 旋转树对象
rotate.phylo 旋转树对象
rotate_DendSer 基于DendSer旋转dend
sample.dendrogram 取样一棵树
seriate_dendrogram 基于距离矩阵的系列化旋转树状图
set 将(/update)功能设置为树状图
set.data.table 将(/update)功能设置为树状图
set.dendlist 将(/update)功能设置为树状图
set.dendrogram 将(/update)功能设置为树状图
set_labels 在树状图中设置/放置新标签
shuffle 树木的随机轮换
shuffle.default 树木的随机轮换
shuffle.dendlist 树木的随机轮换
shuffle.dendrogram 树木的随机轮换
shuffle.hclust 树木的随机轮换
shuffle.phylo 树木的随机轮换
sort.dendlist 旋转树对象
sort.dendrogram 旋转树对象
sort.hclust 旋转树对象
sort_2_clusters_vectors 按名称对两个簇进行排序
sort_dist_mat 按行和列名称对距离矩阵排序
sort_levels_values 对向量中的值进行级别排序
tanglegram 缠结图
tanglegram.default 缠结图
tanglegram.dendlist 缠结图
tanglegram.dendrogram 缠结图
tanglegram.hclust 缠结图
tanglegram.phylo 缠结图
theme_dendro 在ggplot中创建完全空白的主题
unbranch 不分枝的树
unbranch.default 不分枝的树
unbranch.dendrogram 不分枝的树
unbranch.hclust 不分枝的树
unbranch.phylo 不分枝的树
unclass_dend 解开整个树状图树
untangle 解开树状图
untangle.default 解开树状图
untangle.dendlist 解开树状图
untangle.dendrogram 解开树状图
untangle_DendSer 尝试在树状图上运行DendSer
untangle_labels 解开树状图
untangle_random_search 解开-随机搜索
untangle_step_rotate_1side 逐步解开一棵树与另一棵树的关系
untangle_step_rotate_2side 一次一棵逐步解开两棵树
which_leaf 哪个节点是叶子?
which_node 一组标签共用哪个节点id