| acceptanceProbability | 计算每个更新设计的接受概率 | ||
| arrayUpdate | 更新数组分配 | ||
| conditionAllocation | 将选定的RIL分配到不同的条件中 | ||
| conditionCombination | 生成一个矩阵，指出所有可能的环境因素水平 | ||
| conditionLevel | 所有环境因素的水平 | ||
| conditionUpdate | 更新条件分配 | ||
| design genetical genomics experiment | 遗传基因组学实验的优化设计 | ||
| designGG | 遗传基因组学实验的优化设计 | ||
| designScore | 根据当前的实验设计计算A-或D-最优分数 | ||
| exampleArrayDesignTable | ArrayDesignTable数据输出示例 | ||
| exampleConditionDesignTable | 示例ConditionDesignTable数据 | ||
| examplePlotObj | PlotObj数据示例 | ||
| experimentDesignTable | 基于设计矩阵的实验台制作 | ||
| genotype | 基因型数据示例 | ||
| initialDesign | 初始化实验设计矩阵 | ||
| interactionLevel | 为所有相互作用的因素生成级别 | ||
| pairLevel | 成对RIL（或品系）的成对水平 | ||
| plotAllScores | 绘制分数配置文件 | ||
| temperatureStep | 模拟退火过程降温步骤的计算 | ||
| updateDesign | 更新当前设计 | ||
| variableNames | 为所有因子生成变量名 | ||
| variableNumber | 计算实验中的变量数 |