R语言diversitree包说明文档(版本 0.9-15)

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diversitree-package 多元化的比较“系统发育”分析
anova.fit.mle 极大似然推理
argnames 向量参数函数的参数名称
argnames.constrained 向量参数函数的参数名称
argnames 向量参数函数的参数名称
argnames 向量参数函数的参数名称
asr 祖国重建
asr.bisse 比塞统治下的宗族国家重建
asr.joint 祖国重建
asr.marginal 祖国重建
asr.marginal.bisse 比塞统治下的宗族国家重建
asr.marginal.musse 比塞统治下的宗族国家重建
asr.mkn Mk2/Mkn下的宗族国家重建
asr.musse 比塞统治下的宗族国家重建
asr.stoch 祖国重建
check.fftC 检查Diversietree安装的功能
clades.from.classification 做一棵“树枝树”
clades.from.polytomies 做一棵“树枝树”
coef.fit.mle 极大似然推理
combine 乘法组合若干似然函数
constant.x 准随机模型的支持函数
constrain 模型的约束参数
constrain.i 模型的约束参数
diversitree 多元化的比较“系统发育”分析
drop.likelihood 效用函数
expand.parameters 效用函数
find.mle 极大似然推理
get.descendants 效用函数
get.likelihood 效用函数
history.from.sim.discrete 从模拟中提取角色历史
logLik.fit.mle 极大似然推理
make.asr.joint 祖国重建
make.asr.joint.mk2 Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.joint.mkn Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.marginal 祖国重建
make.asr.marginal.bisse 比塞统治下的宗族国家重建
make.asr.marginal.mk2 Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.marginal.mkn Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.marginal.musse 比塞统治下的宗族国家重建
make.asr.stoch 祖国重建
make.asr.stoch.mk2 Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.stoch.mkn Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.bd 恒速生灭模型
make.bd.split 恒速生灭模型:分裂模型
make.bd.t 时变生灭模型
make.bisse 二元态物种形成和灭绝模型
make.bisse.split 二元态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.bisse.t 二元态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.bisse.td 二元态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.bisse.uneven 二元态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.bisseness 二元态物种形成和灭绝(节点增强态移)模型
make.bm 布朗运动及其特征演化模型
make.brownian.with.drift 准随机模型的支持函数
make.clade.tree 做一棵“树枝树”
make.classe 枝晶状态变化物种形成和灭绝模型
make.eb 布朗运动及其特征演化模型
make.geosse 地理状态物种形成和灭绝模型
make.geosse.split 地理状态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.geosse.t 地理状态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.geosse.uneven 地理状态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.lambda 布朗运动及其特征演化模型
make.linear.x 准随机模型的支持函数
make.mk2 Mk2和Mk-n字符演化模型
make.mkn Mk2和Mk-n字符演化模型
make.mkn.meristic Mk2和Mk-n字符演化模型
make.mkn.multitrait 多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
make.musse 贻贝:多态物种形成与灭绝
make.musse.multitrait 多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
make.musse.split 多态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.musse.t 多态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.musse.td 多态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.ou 布朗运动及其特征演化模型
make.pgls 系统发育广义最小二乘法
make.prior 简单先验函数
make.prior.exponential 简单先验函数
make.prior.uniform 简单先验函数
make.quasse 定量态物种形成和灭绝模型
make.quasse.split 定量态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.sim.character 模拟树上的角色分布
make.yule 恒速生灭模型
mcmc 切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
mcmc.default 切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
mkn.multitrait.translate 多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
musse.multitrait.translate 多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
noroptimal.x 准随机模型的支持函数
plot.history 绘制角色历史
profiles.plot 从MCMC绘制边际分布图
prune 进化生死树
run.cached 效用函数
sampler.norm 切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
sampler.slice 切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
set.defaults 设置函数的默认参数
sigmoid.x 准随机模型的支持函数
sigmoid2.x 准随机模型的支持函数
sim.character 模拟树上的角色分布
starting.point.bd 恒速生灭模型
starting.point.bisse 二元态物种形成和灭绝模型
starting.point.classe 枝晶状态变化物种形成和灭绝模型
starting.point.geosse 地理状态物种形成和灭绝模型
starting.point.musse 贻贝:多态物种形成与灭绝
starting.point.musse.multitrait 多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
starting.point.quasse 定量态物种形成和灭绝模型
stepf.x 准随机模型的支持函数
trait.plot 绘制系统发育图和特征图
tree.bd 进化生死树
tree.bisse 进化生死树
tree.bisseness 进化生死树
tree.classe 进化生死树
tree.geosse 进化生死树
tree.musse 进化生死树
tree.musse.multitrait 进化生死树
tree.quasse 进化生死树
tree.yule 进化生死树
trees 进化生死树