| dBUMfit | β均匀混合模型下p值分布的拟合函数 | ||
| dBUMscore | 函数根据拟合的beta均匀混合模型和/或在控制错误发现率后将p值转换为分数 | ||
| dCheckParallel | 函数来检查是否应该使用并行计算以及如何使用 | ||
| dCommSignif | 函数来测试图中社区的重要性 | ||
| dContrast | 函数来帮助构建对比度矩阵 | ||
| dDAGancestor | 函数从直接非循环图（DAG）中查找两个项/节点的共同祖先 | ||
| dDAGannotate | 函数生成由输入注释数据导出的直接无环图（DAG）的子图 | ||
| dDAGgeneSim | 函数用于基于带注释数据的直接无环图（DAG）计算基因间的成对语义相似性 | ||
| dDAGinduce | 函数生成由给定顶点诱导的直接无环图（DAG）的子图 | ||
| dDAGlevel | 函数定义/计算直接非循环图（DAG）中的节点级别 | ||
| dDAGreverse | 函数来反转直接无环图（DAG）的边方向 | ||
| dDAGroot | 函数来查找直接无环图（DAG）的根节点 | ||
| dDAGtermSim | 函数，用于基于带注释数据的直接无环图（DAG）计算输入项之间的成对语义相似性 | ||
| dDAGtip | 函数以查找直接无环图（DAG）的尖端节点 | ||
| dEnricher | 函数对给定的输入数据和查询中的本体进行丰富分析 | ||
| dEnricherView | 函数查看dEnricher的富集结果 | ||
| dFDRscore | 函数根据真阳性和假阳性之间的对数似然比和/或在控制错误发现率后将fdr转换为分数 | ||
| dFunArgs | 函数为输入函数指定（和计算）带有默认值的参数 | ||
| dGSEA | 函数对给定的输入数据和查询中的本体进行基因集富集分析 | ||
| dGSEAview | 函数以特定于示例的方式查看浓缩结果 | ||
| dGSEAwrite | 函数写出浓缩结果 | ||
| dNetConfidence | 函数将源图中的置信度信息附加到目标图中 | ||
| dNetFind | 寻找启发式最大得分子图的函数 | ||
| dNetInduce | 函数生成由给定顶点及其k近邻诱导的子图 | ||
| dNetPipeline | 函数用于设置管道，以便从输入图及其节点上施加的符号中查找最大得分子图 | ||
| dNetReorder | 函数来重新排序板材形状矩形网格中的多个图形颜色 | ||
| dPvalAggregate | 函数来聚合p值 | ||
| dRDataLoader | 加载dnet内置RData的函数 | ||
| dRWR | 函数在输入图上实现带重新启动的随机游动（RWR） | ||
| dRWRcontact | 函数用于从输入基因样本数据矩阵、输入图及其预先计算的亲和矩阵估计样本之间基于RWR的接触强度 | ||
| dRWRpipeline | 函数用于设置一个管道，以估计输入基因样本数据矩阵和输入图形中样本之间基于RWR的接触强度 | ||
| dSVDsignif | 函数从输入基因样本矩阵中获取基于奇异值分解的基因显著性 | ||
| ig.HPPA | 人类表型异常（HPPA）。 | ||
| org.Hs.egHPPA | 人类表型异常（HPPA）对人类Entrez基因（EG）的注释。 | ||
| visBoxplotAdv | 函数使用高级箱线图可视化数据帧 | ||
| visDAG | 函数用于根据指定的输入数据向量（如果提供）可视化具有节点颜色的直接非循环图（DAG） | ||
| visGSEA | 函数用于可视化给定样本和基因集的运行富集分数 | ||
| visNet | 函数来可视化“igraph”或“graphNEL”类的图形对象 | ||
| visNetAnimate | 函数来设置同一图形的动画，但根据输入数据矩阵使用多个图形节点颜色 | ||
| visNetArc | 函数通过弧图可视化igraph对象 | ||
| visNetCircle | 函数通过圆图可视化igraph对象 | ||
| visNetMul | 函数可根据输入数据矩阵显示同一图形，但具有多个图形节点颜色 | ||
| visNetReorder | 函数以可视化在图纸形状矩形网格中重新排列的多个图形颜色 |