R语言ggstatsplot包 ggbetweenstats函数使用说明

返回R语言ggstatsplot包函数列表


功能\作用概述:

一个组合的盒子和小提琴的情节连同抖动的数据点之间的主题设计与统计细节包括在情节作为副标题。


语法\用法:

ggbetweenstats(
data,
x,
y,
plot.type = "boxviolin",
type = "parametric",
pairwise.comparisons = TRUE,
pairwise.display = "significant",
p.adjust.method = "holm",
effsize.type = "unbiased",
bf.prior = 0.707,
bf.message = TRUE,
results.subtitle = TRUE,
xlab = NULL,
ylab = NULL,
caption = NULL,
title = NULL,
subtitle = NULL,
sample.size.label = TRUE,
k = 2L,
var.equal = FALSE,
conf.level = 0.95,
nboot = 100L,
tr = 0.1,
mean.plotting = TRUE,
mean.ci = FALSE,
mean.point.args = list(size = 5, color = "darkred"),
mean.label.args = list(size = 3),
notch = FALSE,
notchwidth = 0.5,
outlier.tagging = FALSE,
outlier.label = NULL,
outlier.coef = 1.5,
outlier.shape = 19,
outlier.color = "black",
outlier.label.args = list(size = 3),
outlier.point.args = list(),
point.args = list(position = ggplot2::position_jitterdodge(dodge.width = 0.6), alpha
= 0.4, size = 3, stroke = 0),
violin.args = list(width = 0.5, alpha = 0.2),
ggsignif.args = list(textsize = 3, tip_length = 0.01),
ggtheme = ggplot2::theme_bw(),
ggstatsplot.layer = TRUE,
package = "RColorBrewer",
palette = "Dark2",
ggplot.component = NULL,
output = "plot",
...
)


参数说明:

data : 从中获取指定变量的数据帧(或tible)。不接受矩阵或表格。

x : dataframe数据中的分组变量。

y : 来自数据框数据的响应(也称为结果或因变量)。

plot.type : 描述情节类型的字符。当前支持的绘图有“box”(用于纯boxplots)、“vionion”(用于纯vionio绘图)和“boxvionion”(用于box和vionio绘图的组合;默认设置)。

type : 期望的统计类型(“参数”或“非参数”或“稳健”或“贝叶斯”)。也接受相应的缩写:“p”(参数)、“np”(非参数)、“r”(稳健)或“bf”resp。

pairwise.comparisons : 决定是否显示成对比较的逻辑(默认值:TRUE)。请注意,默认情况下只显示重要的比较。要更改此行为,请使用选择适当的选项成对显示争论。逐段比较数据帧是使用配对比较:filename_edges_strength功能。有关成对比较的更多详细信息,请参阅该函数的文档。

pairwise.display : 决定要进行哪些成对比较显示。可用选项为“重要”(缩写接受:“s”)或“非重要”(缩写接受:“ns”)或“所有”/“所有”。默认值为“重要”。你可以使用这个参数来确保当你有多个组被比较并且成对比较的分数被显示出来时,你的情节不会混乱。

p.adjust.method : 多重比较p值的调整方法。可能的方法有:“holm”(默认)、“hochberg”、“hommel”、“bonferroni”、“BH”、“BY”、“fdr”、“none”。

effsize.type : 参数测试所需的效应大小类型。参数可以是“有偏的”(相当于“d”表示科恩的d福特检验;“eta”表示部分eta的平方表示方差分析)或“无偏的”(相当于“g”表示t检验;“omega”表示部分omega的平方表示方差分析)。

bf.prior : 一个介于0.5和2之间的数字(默认值为0.707),用于计算贝叶斯因子的先验宽度。

bf.message : 逻辑上决定是否显示贝叶斯因子对零假设的偏好。此参数仅与参数测试相关(默认值:TRUE)。

results.subtitle : 决定是否将统计测试的结果显示为副标题(默认值:TRUE)。如果设置为FALSE,则只返回绘图。

xlab, ylab : x轴和y轴变量的标签。如果为NULL(默认值),将使用x和y的变量名。

caption : 绘图标题的文本。

title : 情节标题的文本。

subtitle : 情节副标题的文本。只起作用ifresults.subtitle文件=错误。

sample.size.label : 决定是否应为分组变量x的每个级别显示样本大小信息的逻辑(默认值:TRUE).

k : 小数点后的位数(应为整数)(默认值:k=2L)。

var.equal : 一个逻辑变量,指示是否将样本中的方差视为相等。如果为真,则执行单向方差分析中平均数相等的简单Ftest。如果为假,则采用Welch(1951)的近似方法,将已知的2样本Welch检验推广到任意多个样本的情况。

conf.level : 0和1之间的标量。如果未指定,则默认值返回95%置信区间/可信区间(0.95)。

nboot : 用于计算效果大小的置信区间的引导样本数(默认值:100)。

tr : 进行稳健测试时平均值的微调水平。如果您得到错误,说明“由于Winsorizedvariance为0(例如,由于关系),无法计算标准错误”。尝试降低微调级别。”,尝试使用tr的值,默认设置为0.1。降低值可能会有所帮助。

mean.plotting : 决定是否高亮显示平均值及其显示值的逻辑(默认值:TRUE)。

mean.ci : 决定是否显示95%置信区间formean的逻辑值(默认值:FALSE)。

mean.point.args, mean.label.args : 要传递给的附加参数的列表图2::filename_vertices和格排斥::filename_edges_strength几何涉及平均值绘图。

notch : 合乎逻辑的。如果为FALSE(默认),将显示标准方框图。如果为真,将使用带缺口的方框图。切口用于比较组;如果两个盒子的切口不重叠,则表明中间带明显不同。在缺口盒形图中,缺口延伸1.58*IQR/sqrt(n)。这为比较中位数提供了大约95%的置信区间。IQR:四分位间距。

notchwidth : 对于凹口长方体图,凹口相对于主体的宽度(默认值为0.5)。

outlier.tagging : 决定是否应标记异常值(默认值:FALSE).

outlier.label : 标签以放置已标记的异常值。这不能和x参数相同。

outlier.coef : 基于Tukey的离群点检测系数方法Tukey方法,异常值低于(第1个四分位数)或高于(第3个四分位数)离群系数乘以四分位间距(IQR)(默认值:1.5).

outlier.shape : 隐藏异常值可以通过设置outlier.shape=不适用。重要的是,这不会删除异常值,它只会隐藏它们,因此为y轴计算的范围将与显示的异常值和隐藏的异常值相同。

outlier.color : 异常值的默认美学(默认值:“黑色”)。

outlier.point.args, outlier.label.args : 要传递给的其他美学论据的列表图2::filename_vertices以及ggrepel::filename_points_covered_by_landmarks geomsinvolved异常值绘制。

point.args : 要传递给filename_edges_strength的其他美学参数的列表,显示原始数据。

violin.args : 要传递给filename_points_covered_by_landmarks的其他美学参数的列表。

ggsignif.args : 要传递给的附加参数的列表签名:filename_edges_strength。

ggtheme : 一个函数,ggplot2主题名。默认值isggplot2::BallMapper(). 允许使用任何ggplot2主题或扩展包中的主题(例如。,主题::filename_points_covered_by_landmarks(),hrbr主题::filename_edges_strength()等)。

ggstatsplot.layer : 决定filename_points_covered_by_landmarks元素是否与所选主题一起显示的逻辑元素(默认值:TRUE)。filename_edges_strength是一个固执己见的主题层,它覆盖了所选主题的某些方面。

package, palette : 要从中提取给定调色板的包的名称。runningView可以检查可用的选项板和包(调色板::filename_points_covered_by_landmarks).

ggplot.component : 要添加到由ggstatsplot准备的绘图的ggplot组件。此参数主要用于当前函数的procedure variantof。默认值为空。参数应作为函数输入。

output : 描述要返回内容的字符:可以是“plot”(默认值)或“subtitle”或“caption”。将其设置为“subtitle”将返回包含统计结果的表达式。如果你准备好了结果.副标题=FALSE,则返回空。设置此到“caption”将返回包含Bayes Factor analysis详细信息的表达式,但仅在type=“parametric”时有效和bf.message=TRUE,否则将返回NULL。对于函数sgpiestats和ggbarstats,设置output=“proptest”将返回包含比例测试结果的adataframe。

... : 当前已忽略。


示例\实例:


# to get reproducible results from bootstrapping
set.seed(123)
library(ggstatsplot)

# simple function call with the defaults
ggstatsplot::ggbetweenstats(
data = mtcars,
x = am,
y = mpg,
title = "Fuel efficiency by type of car transmission",
caption = "Transmission (0 = automatic, 1 = manual)"
)

# more detailed function call
ggstatsplot::ggbetweenstats(
data = datasets::morley,
x = Expt,
y = Speed,
type = "nonparametric",
plot.type = "box",
xlab = "The experiment number",
ylab = "Speed-of-light measurement",
pairwise.comparisons = TRUE,
p.adjust.method = "fdr",
outlier.tagging = TRUE,
outlier.label = Run,
ggtheme = ggplot2::theme_grey(),
ggstatsplot.layer = FALSE
)